清顺治三年(1646年)九月，清军由漳平沿北溪南下攻占龙溪县城，九月二十八日攻占海澄县城。十月，郑成功聚兵南澳抗清，郑彩、郑联据厦门。
　　顺治四年正月，郑军永胜伯郑彩率兵攻打海澄，船泊天妃宫，郑将王来破学城。二月清副将王进率兵来援，郑军退兵。八月，郑成功率兵攻海澄。前锋将洪致被清军射杀，又退兵。
　　顺治八年六月，郑成功率兵入浮宫、峨山一带，战败清总兵王邦俊于丰田，舰船泊海澄，三天后撤离。
　　顺治九年正月初二日，郑成功率大军攻入海澄，清水师副将赫文兴献城投降。是月郑军进占江东，分兵由甘辉率领攻长泰，切断驻漳州清军的退路。清廷急派劲旅南下。三月，闽浙总督陈锦率兵2万进驻江东桥五里外的牛蹄山。郑成功亲自率兵与清军激战，清军大败，几乎全军覆没，陈锦被其侍从库成栋刺杀。郑军乘胜围攻漳州。五月，清浙镇总兵马逢知来援，入漳城固守。
　　顺治九年九月，清将固山金砺率援漳大军至泉州，郑军撤离漳州，退屯古县。十月初一日，双方在古县大战。时刮西北大风，郑军发射的火箭、火炮受大风阻力而自焚，乃被清军突入，部将黄山、陈捧、廖敬、郭廷、洪承宠皆战死。郑军退据海澄城，下令拆毁月溪西岸的九都城，使清军来攻时无险可据。
　　顺治十年五月，固山金砺率满汉步骑数万人进攻海澄城。自初四日起，清军的大小铳炮数百门，日夜轰击。郑军死战三天，三退三进，后用地炮炸死大批清军。初七日早郑军一齐冲出，打垮进犯的清军，固山金砺连夜逃回漳州。郑军遂增筑海澄城，安上大小铳炮30多门，积粮草，储军器，把海澄作为坚固的前哨据点。
　　顺治十一年正月，清廷遣使入闽，用海澄公的的爵位来引诱郑成功投降，郑成功不为所动。十二月，镇守漳州的清军千总刘国轩、魏标起义献城，郑成功军队进入漳州。
　　顺治十二年春，清郑亲王世子济度被任为定远大将军，统领八旗满兵及汉兵约三万人入闽。六月，郑军退出漳州及漳浦、南靖、长泰、诏安等县城，据守海澄、厦门、铜山等沿海地带。世子济度率兵攻打海澄时，因郑军深沟高垒，清军多伤亡。
　　顺治十三年六月廿四日，驻守海澄的郑军部将黄梧、苏明献城降清。郑军部将甘辉从厦门率兵救援不及，清兵已先入城。甘辉焚中权关，截部分粮食而回。其余粮草军械，皆为清军所获。黄梧被清廷封为海澄公。
　　顺治十六年，郑成功招募沿海居民补充军队。翌年五月，清将军达泰、总督李率泰、海澄公黄梧分督水师出海门，郑军闽安侯周瑞战死。清军直逼厦门，郑成功麾兵鏖战。时东南风大作，清军晕船，被郑军斩杀溺海近万人。
　　顺治十八年(1661年)郑成功收复台湾。康熙元年(1662年)五月郑成功病逝于台湾。
　　康熙二年十月，福建水师提督施琅与海澄公黄梧督兵出海澄，与总兵李率泰、陆路提督马得功攻厦门。马得功船被郑军困住，跳海而死。郑经弃厦门、金门，走铜山。翌年正月，郑经退据台湾。
　　康熙十三年(1674年)五月，郑经遣部将刘国轩、何佑、冯锡范率兵占据厦门。清总兵赵得胜投降，郑经授予伯爵。
　　康熙十四年五月，郑经入海澄城。六月，郑经围漳州，郑军部将万宏战死。十月初六日，清部将吴淑与弟吴潜开城门降郑经，海澄公黄芳度逃至开元寺投井死。
　　康熙十六年二月，清大将军赖喇统大军收复漳泉诸郡。郑经弃海澄，退据厦门。
　　康熙十七年二月初十日，郑军部将刘国轩、吴淑攻打海澄，十一日破玉洲、福浒，十八日毁江东桥，廿三夜破石码。清军战败，屯祖山头，以逼海澄城。清副都统孟安、陆路提督段应举、宁海将军喇哈达、平南将军赖塔会师来援，郑军退屯石码，筑垣拒守。三月，清水师提督黄芳世、陆路提督段应举连营进剿，军驻于水头。郑军刘国轩列阵于赤岭迎战。十一日黎明，刘国轩大败清军于水头，清军被郑军冲断为两段，黄芳世险被郑军所擒，败退漳州城，不久死亡，段应举败奔海澄境，据祖山头。刘国轩遣吴淑率奇兵绕道至祖山之背，夹击段应举，应举败入海澄城。刘国轩遣兵在儒山、合浦、南亘、新渡、渐山等处堵水，断共水源。清军援兵在洪礁、灶山、碧浦、北峙、祖山等处，被郑军逐一歼灭。海澄城遂被郑军数重包围，内外隔绝。
　　康熙十七年四月，清总督郎廷相被撤办，以布政司姚启圣代理，以按察使吴兴祚为巡抚，调江南提督扬捷入漳合兵救海澄。五月，郑军扎营于灯火寨(在笔架山南，山下沿溪可通海澄)。姚启圣派兵破郑军于岳岭，郑军部将张凤战死。姚仪(启圣之子)领兵突进，被郑军三重炮阵轰击，清军阻于水不能近城。六月初十日，郑军攻克海澄城，清总兵黄兰战死，提督段应举、都统穆伯希佛自缢而死。郑军围困海澄城计八十余日，城中清军粮尽，炊食马革人骨；清军入海澄城时有二万余名，至城陷时余存者不及三分之一。
　　郑军攻陷海澄后，乘胜攻长泰，战船泊于九龙江溪西。九月，姚启圣遣师偷袭溪西郑军战船，斩杀郑军数万，郑军锐气大伤。
　　康熙十八年三月，刘国轩率兵退屯果堂寨，十月筑坂尾寨(亦称肖井寨)。清军攻打不下。
　　康熙十九年二月，清军夺回海澄城，郑经退据厦门。清巡抚吴兴祚、水师提督万正色从海澄攻入厦门。廿三日，郑经率所部退据台湾。二十年正月，郑经病死。
　　康熙二十二年(1683年)六月，水师提督施琅挂靖海将军衔，自海澄誓师，会各镇官兵发铜山，破澎湖。七月，清军入台湾，郑克塽降清。