顺治二年(1645年)
　　闰六月二十七日，南明在福州立朱聿键为唐王，改年号为隆武元年。年内进驻连江县城，改按察和布政分司署为王府。
　　顺治三年(1646年)
　　八月，清军入福州，下檄文定连江。时唐王在侯官战坂，遣军攻连江县城。因失内应配合，退潘渡后被清军击溃。
　　顺治四年(1647年)
　　春，南明监国鲁王自厦门随军驻扎连江长门。九月，派郑彩攻下连江县城，拘清知县宋人望，杀县丞、典史、教谕等3人。
　　顺治五年(1648年)
　　六月六日，清提督刘忠率兵攻破连江县城，屯兵近郊，次日入城，纵兵淫掠，城内士民死者无算。妇女不肯受污，或被杀，或跳井、投江，死节可记者59家。
　　顺治十年(1653年)
　　八月，郑成功水军攻下黄岐堡。
　　顺治十一年(1654年)
　　六月，郑成功水军攻东岱堡。清连江营游击宋天禄奔救，激战岱江，郑军被杀数百，死尸趁潮漂至通济桥下。
　　顺治十二年(1655年)
　　正月，大雪，平地雪深3尺。
　　顺治十三年(1656年)
　　八月初四日，郑成功部万余人攻克连江县城，清知县杨继生自缢。十六日，攻克东岱堡。十九日，清提督马得功夺取县城后移兵东岱，苦攻十余日不下，后掘地□炮轰城，杀戮居民无数，尸横遍野，邑生员王治观变卖家产收埋。
　　九月中旬，郑成功退驻定海等地，并在壶江设临时指挥部。派左冲镇洪善、右冲镇杨朝栋率部再次攻克连江县城。
　　顺治十四年(1657年)
　　自春三月至秋七月未下雨，大旱。
　　清廷在闽江口长门和金牌修筑两座炮台，为闽江口第一道门户。
　　顺治十六年(1659年)
　　十二月三十日，清军中营游击何成及右营游击刘升率水师与郑成功水军海战于定海湾。郑军因逆风行驶而受挫。
　　顺治十七年(1660年)
　　八月，郑成功部将陈尧策，由琅崎驻地率兵攻连江马鼻及透堡。
　　顺治十八年(1661年)
　　十月，清廷为阻沿海居民与郑成功联络和接济物资，下诏大规模迁界。连江距海30里以内居民全部内迁县城附近，并设界墙21处，派兵730名把守。前沿城堡台寨一律拆毁，房舍焚弃，田园荒芜57455亩，渔业、海运受严重摧残。
　　康熙元年(1662年)
　　正月，郑成功水军攻定海、小埕，清福建总督李率泰会同靖南王耿继茂，派兵镇压。
　　康熙二年(1663年)
　　五月，郑成功水军由道澳登岸至云居山及山堂村，清连江营中军守备贺登朝追击，郑军被斩杀百人、生擒数十人。
　　康熙三年(1664年)
　　八月，大饥，民食草根。
　　同年，虎5次入县城，伤人于街市。
　　康熙五年(1666年)
　　实行田地清丈法，全县增加322.72亩。
　　康熙七年(1668年)
　　一月，西方上空出现彗星，白色，其形如刀，经旬始灭。
　　康熙九年(1670年)
　　郑经(郑成功子)退踞台湾后，总督范承谟上疏请求复界。琯头、大小澳、透堡等部分移民回迁，离县稍远的定海等地和海岛居民仍未复界。
　　康熙十一年(1672年)
　　十月十七日，昼夜地震十余次。十二月二十一日尚有小震。
　　康熙十二年(1673年)
　　五月至八月不雨，大旱。
　　康熙十三年(1674年)
　　三月二十六日，马鼻农民义军陈髟胡率众杀罗源县千总，缴获兵饷，屯兵麻坂寨。后被连江营千总刘英诱降至县城杀害，部众被杀百余人。
　　康熙十六年(1677年)
　　一月十五日，郑经水军自琯头登岸，夜攻江南铺，被清守备郑兴击退。
　　康熙十七年(1678年)
　　八月二十四日，郑经部将萧琛、萧圭章、章本镇自定海进攻幕浦堡，抓走数十人。九月，清水师联络官陈君翼率兵攻破定海，抓获章本镇，放回被抓男女。
　　康熙十八年(1679年)
　　清廷再次严申海禁，驱逼连江濒海居民迁入内地。
　　康熙十九年(1680年)
　　被迁界的沿海居民陆续回迁家乡。
　　康熙二十一年(1682年)
　　福建总督姚启圣率水军驻屯定海湾乐平沙(俗称牛皮沙，今属大埕村)，准备进军台湾。透堡生员杨慎仲因该村民田被江西垦兵夺占而据理力争被擒，鸣冤姚启圣军前。姚袒护占耕者，杖责杨慎仲，杨归后不久死亡。
　　康熙二十二年(1683年)
　　总督姚启圣捐银创设贫生田，知县王仁灏、教谕富懋业捐俸资助。共置田10.7亩，年载租3386斤，专用于资助贫生读书经费。
　　康熙二十四年(1685年)
　　春旱，至夏才播种。又遇蝗虫成灾。
　　康熙二十五年(1686年)
　　四月，沿海下冰雹，大如弹。
　　七月六日，荷兰舰船4艘停泊定海。
　　康熙三十年(1691年)
　　三月十七日夜，地大震。
　　闰七月四日，飓风毁屋，大雨滂沱，县城水高5尺。同月二十九日夜，刮大风，海水暴涨，濒海居民溺死众多。
　　康熙三十五年(1696年)
　　跨年大旱，自上年冬至是年六月六日始雨。
　　康熙三十七年(1698年)
　　建紫阳书院于崇云铺城边街(今大众巷原工农兵澡堂)。
　　康熙五十三年(1714年)
　　清廷下令各县社乡劝捐备荒社谷，连江城乡绅士捐谷820.5石。
　　康熙五十六年(1717年)
　　清廷实行海禁，连江奉闽总督罗满保令，禁双桅渔船出海。
　　康熙五十八年(1719年)
　　四月，铁匠薛彦文(福清人)，在丹阳、蓼沿一带聚集义军。连江营游击李必显率部会同督标诸军镇压，薛被抓绞杀于市，余众均被惩处。
　　雍正元年(1723年)
　　创办理学书院于龙西铺化龙桥西(今实验小学)。
　　雍正二年(1724年)
　　建育婴堂于城北万福堤，收养家贫无力扶养的初生幼儿，并允许无子女者带领养育。
　　雍正三年(1725年)
　　六月下旬至七月十二日，霪雨不止，溪流大涨。县治水深丈余，南门、平水门城墙皆塌。
　　雍正四年(1726年)
　　七月，风雨大作，大水泛滥，洪水冲坏潘渡桥及通济桥。县治水高城堞，西南城墙倒塌，田园伏沙1811亩，濒江居民淹死290余人，为明末以来百年最大之水患。
　　雍正五年(1727年)
　　大疫。
　　乾隆二年(1737年)
　　八月十五日，飓风暴雨，溺死人畜无数。
　　乾隆三年(1738年)
　　夏，饥荒，谷价每石超1两银。知县戚弢言与训导陈鹏南捐米煮粥赈济饥民。富绅捐谷500担，救济贫户，每户2升。
　　乾隆五年(1740年)
　　八月，大风雨，拔树毁屋，舟飞于山。
　　秋，知县戚弢言主修《连江县志》13卷刻印发行，为现存最早版本。
　　乾隆七年(1742年)
　　五月一日，日全食。
　　乾隆十五年(1750年)
　　八月八日，大风雨，平地水深7尺余。
　　乾隆二十四年(1759年)
　　五月四日，敖江龙舟竞渡，通济桥上挤满观众，有人谣言桥崩，观众争相奔避，互相践踏，死10余人，伤无数。
　　乾隆二十九年(1764年)
　　夏旱，五月至七月不雨。
　　乾隆三十年(1765年)
　　五月，敖江南岸金钟潭发生龙卷风，云雾迷漫，白日昏暗，风雷大作。西郊一农民被风卷起，飘坠至对江横槎岸上。
　　乾隆三十一年(1766年)
　　潘渡乡坡西村民蔡德贵，捐资独建老浦潭引水工程，灌溉附近700亩农田。为迄今留存最古引水渠道。
　　乾隆三十三年(1768年)
　　三月至五月，霪雨不止。螟虫为害。翌年大饥。
　　乾隆三十五年(1770年)
　　三月十八日，横槎渡船翻覆，溺死40余人。
　　乾隆三十八年(1773年)
　　六月十二日，大水，二十九日大风雨，十月地震。
　　乾隆四十年(1775年)
　　春、夏，大饥，斗米160钱。饥民挖食蕉根。
　　乾隆四十一年(1776年)
　　又大饥，饥民衣服、首饰典尽，继典农具，铺主因库满拒典，知县借给县署空屋藏放典物。
　　创建敖江书院于学前铺(今敖江粮站)。
　　乾隆四十二年(1777年)
　　六月，县前铺美政街(今816南路)发火，延烧店铺58间、民房100余间。
　　乾隆四十八年(1783年)
　　四月十五日，琉球(现日本国冲绳岛)商人客死定海，建“琉球墓”于定海长澳鸡姆岩山麓。
　　乾隆四十九年(1784年)
　　四月，大饥，斗米180钱。僻乡发生集众抢谷事件。五月，平粜仓谷，米价渐降。
　　乾隆五十五年(1790年)
　　奉令继续解除海禁，渔户出海捕捞可在海岛搭寮暂住。
　　乾隆五十九年(1794年)
　　自秋至次年春，潘渡、贵安、坡西一带虎患频繁，遭虎咬伤者100余人。
　　乾隆六十年(1795年)
　　夏，大饥，斗米360钱。饥民用草根、米糠和麦麸充饥。
　　嘉庆元年(1796年)
　　三月，蔡牵(嘉庆年间东南海上起义军首领)义军攻蛎坞。
　　同年，由于潭头港(又称南港)淤塞严重，琯头港(又称北港)成为福州港入海的主航道。
　　嘉庆四年(1799年)
　　六月十七日，飓风、大水。县城水深丈余，人畜溺死甚多。
　　十月，蔡牵船队驻泊竿塘。
　　嘉庆五年(1800年)
　　七月上旬，蔡牵义军攻下东坪村，船队70余艘泊蛎坞。十五日遇飓风，被狂风巨浪冲毁30余艘，溺死数百人。官舍、民居亦多毁坏。
　　嘉庆六年(1801年)
　　增设长门汛，驻兵20名，由1员千总或把总轮防。
　　嘉庆九年(1804年)
　　十月，蔡牵义军攻黄岐堡，遇堡民坚守屡攻失利而退。
　　同年，增设笔架山汛，驻千总1员，兵40名，负责出海巡防。
　　嘉庆十年(1805年)
　　三月，知县李菶主修，邑人章朝栻编纂《连江县志》10卷，刻印发行。
　　嘉庆二十一年(1816年)
　　陈亦经(福州人)在县城开设“春源堂”中药铺。
　　道光元年(1821年)
　　七月至八月，霍乱流行，居民暴死众多。
　　道光十二年(1832年)
　　八月二十日，狂风大雨，海潮顶托洪水，晚稻受淹绝收。
　　道光十四年(1834年)
　　英国走私商船，从闽江口大量输入鸦片，连江吸食鸦片的人自此猛增。
　　道光十六年(1836年)
　　七月，海潮泛滥，县城水高丈余，人畜多淹死。
　　道光二十六年(1846年)
　　自春至夏，天花流行，患病小孩多数死亡。
　　道光三十年(1850年)
　　七月，英国传教士违约强行租住福州神光、积翠二寺。林则徐联络福州士绅共举驱英。为防英国侵略者炮舰威胁，林则徐以虚弱病躯，数乘扁舟至闽江口五虎门、闽安镇诸海口阅视形势，积极设防。并写一首五虎门《观海诗》。
　　咸丰二年(1852年)
　　福州“卖人行”在县内招华工偷渡出国。
　　咸丰四年(1854年)
　　连江奉令举办团练，全县戒严，以防太平军。
　　咸丰五年(1855年)
　　春，旱，十之七八稻田无水播种。
　　咸丰六年(1856年)
　　洪秀全率太平军攻克金陵(今南京)。三月，清帅府下令征召连江绿营把总杨永泰、外委邱椿率马步兵160人开赴江苏镇压。十月兵败，杨、邱战死，连江籍官兵死60余人。
　　五月十四日至八月七日，海潮6次骤涨。九月六日和十三日敖江上游山洪奔泻，敖江下游稻田尽淹，县内连续两年歉收饥荒。
　　咸丰十年(1860年)
　　八月二十七日，知县潘恭赞在敖江横槎村勒石碑保护树木，严禁任意采伐。
　　咸丰十一年(1861年)
　　七月十四日，中国海关总税务司在福建设立闽海关(洋关)，琯头港划为海关监管区。旋在川石至马尾建造浮标18处，标桩7处。
　　同治三年(1864年)
　　秋，英国圣公会传教士胡约翰到连江发展基督教徒，在县城南门租房设点布道，后发展到丹阳、东岱、晓澳等地。同治六年(1867年)在县城资寿铺(今建国路)建“真理堂”，为县内第一座教堂。
　　同治五年(1866年)
　　九月二十八日夜，县城王巷(今玉荷西路)发火，延烧美政(今816南路)、云路(今爱民路)、兴贤(今816东路)3条街。
　　同治七年(1868年)
　　十二月三日，英传教士胡约翰无视中国主权，强行在川石岛破土建教堂，引起民众反抗。英福州领事竟下令英舰派兵登陆镇压，当场打死村民王光天(一名王克明)。时称“川石教案”。川石岛民为保卫乡土，联络各乡，组织团练，坚持十年之久。至光绪五年(1879年)，英领事终将租契交还川石人民。
　　同治八年(1869年)
　　九月十四日，闽浙总督发布告示，勒石碑于北竿塘岛塘岐、桥仔等处，规定官方配盐办法，防止盐贩帮商纷争。
　　十月，县前铺美政街发火，延烧店铺、民房200余间。
　　同治九年(1870年)
　　九月二十八日夜，海寇攻破县城南门，当铺被劫。知县、游击、守备皆受处分。
　　光绪元年(1875年)
　　邑人林长松经营福州至琯头轮船客运，始名“宝远”，后改“远宝”，为闽江下游首艘民营轮船。
　　光绪二年(1876年)
　　清廷福建通商局向丹麦大北电报公司买回福州南台至马尾罗星塔电报线后，延设至连江长门炮台，只通军政电报，为境内电报之始。
　　光绪五年(1879年)
　　清廷架设福州南台经鼓山至马尾新的电报陆线，与长门相接，在长门设电报支店(俗称官电局)。开通福州至长门电报电路。
　　同年，闽海关海务科在东引岛东坡山上建导航灯塔，塔身圆形砖造，高14.2米。
　　光绪六年(1880年)
　　清廷在长门电光山设立“闽口要塞总台部”(前为统领衙门)，配官兵49名，辖闽江口岸各炮台，兼带陆营。翌年继建礼台于长门龙头山麓，配官兵163名，属陆军建制。
　　同年，福建海关(常关)在闽江两支分流出口处的潭头和琯头设立海关支关，执行征税和缉私任务。
　　光绪七年(1881年)
　　闰七月二十九日，飓风暴发。浮曦渡船翻覆，死30余人。
　　光绪十年(1884年)
　　闰五月二十二日，法海军提督孤拔率舰队侵犯闽江口，以“游历”为名，强行经长门进抵马江，与清北洋海军福建水师对峙。扼守长门的福州将军穆图善移驻连江，全县戒严。知县刘玉璋奉令举办团练。
　　七月三日，中法马江海战爆发，福建水师惨败。同日法舰炮击琯头，张得胜所统凯字中营奋力还击，法舰未敢登陆。
　　七月五日至九日，法舰队退出马江，沿途炮击南北岸各炮台，各台寨多被轰毁。法舰退至长门口时，被长门和金牌炮台击中遁逃，法军统帅孤拔毙命。(孤拔之死历史上众说不一。本条系据林绳武《海滨大事记》(琯江留耕斋印行民国24年〈1935年〉版)和李世甲《缺嘴将军》(载全国政协《文史资料》第六十六辑)。)
　　八月二十二日，中国电报总局与英大东电报公司签订《福州电线合同》，允许大东公司沪港水线中途在川石登陆。翌年三月清廷将福州至长门陆线展设至川石岛，撤销长门官电局，改设川石官电局。
　　同年，清廷在长门划鳅港增建炮台，安装德国克虏伯21生炮1尊。翌年，又建划鳅山炮台，配官兵136人。
　　光绪十二年(1886年)
　　十月，通济铺大街(今816南路)失火，延烧南门城楼及铺户百余间。
　　光绪十三年(1887年)
　　八月二十五日，清廷敷设川石山至台北淡水海底电缆竣工，长117海里。自此福州可与台湾直通电报。
　　光绪十五年(1889年)
　　三月十二日，大雨雹，县东北田园果树伤害尤重。
　　光绪十六年(1890年)
　　七月三日，大雨，溪水暴涨，小沧居民淹死33人，漂没铺户9间，淹田园、牲畜甚多。
　　同年，闽江要塞总台部建立水雷营于长门码头右方。安装旱、水两种电控水雷，配官兵108人；并设照海灯(探照灯)，配士兵10名。
　　光绪十七年(1891年)
　　十二月，福州总督衙门营建督署经马尾至长门电报线路，并把马尾报房移设长门。
　　光绪十八年(1892年)
　　清廷重修长门电光山主炮台，安大炮5门，配兵145人，统辖电光山、划鳅、烟金(烟台、金牌)、岩石、闽安等6座炮台。
　　光绪二十年(1894年)
　　八月十八日，北洋水师超勇舰司舱刘念金(敖江上山村人)，在中日甲午辽东大东沟牙山海战中，负伤落海后仍攀木援救两名水手，被授军功五品衔。
　　光绪二十一年(1895年)
　　英国传教士岳爱美来东岱乡传播基督教，以西医治病，从此西医传入连江。
　　光绪二十二年(1896年)
　　十一月五日，琯头玄福寺(又称三官宫)演戏，悬灯坠燃酿成火灾。宫门被观众拥堵，烧死200余人。
　　光绪二十四年(1898年)
　　八月十五日，飓风大作，海潮上涌，洪水淹没县城，墙屋崩圮。化龙桥一家溺死4人。
　　秋，岳爱美在东岱创办“灵光”盲童学校，始收盲童3人，后增至17人，教汉文凸字和英语。过两年迁福州柴井。
　　十二月，清廷迫于日本压力，将川石至台北海底电报线，以10万墨洋售与日本，日仍委托英大东公司经营。
　　同年，英传教士马爱光等在县城西门外设医馆，为连江最早西医诊所。
　　同年，基督教会在西门外园林创办毓英女塾，为连江女校之始。民国2年(1913年)改名毓贤女子小学校，民国20年又改陶英小学，男女兼收。
　　同年，饥荒，饿死23人。
　　光绪二十五年(1899年)
　　清廷为表彰长门炮台统领张得胜事迹，恩谥“刚勇”，敕建专祠。六月，新任统领洪永安在建张刚勇专祠的同时捐建昭忠祠，纪祀中法海战阵亡将士。后两祠均圮，两块碑刻移存马江昭忠祠。
　　同年，天主教传入连江，在透堡、晓澳两乡建教堂。
　　光绪二十六年(1900年)
　　三月二日，琯头驶往福州的客运轮船，在芦礁翻船，乘客溺死200余人，其中连江赴省应试童生遇难10余人。
　　七月，知县丁振德召集乡绅吴庭枨等41人，筹资修建通济桥，聘马江石匠林发，用动力机械安装石梁，历3年竣工。
　　光绪二十七年(1901年)
　　七月二十五日，根据不平等的《辛丑和约》，清廷为偿还巨额赔款，把设在连江境内的琯头、东岱、可门3个常关机构，均划归闽海关税务司(洋关)兼办。同年，闽海关在琯头购地建造支关办公楼(民国9年，即1920年，建成2层洋房)。
　　十一月二十二日，福州邮政总局在琯头设立邮政局。
　　光绪二十八年(1902年)
　　十月二十一日，中国电报总局与英大东公司再订《水线登陆并借用合同》，允将福州南台至川石电报陆线，借给大东公司无偿使用。
　　同年，闽海关琯头分关征税、补水和例费三项共达5784.131库平两，东岱1989.755库平两。
　　光绪二十九年(1903年)
　　日本金和昌商船私窜连江县城、东岱等非通商口岸进行贸易，全部商品被海关缉获没收。
　　光绪三十年(1904年)
　　四月三日，设立连江县邮政代办所于县前铺河乾街(今玉荷西路)。光绪三十二年(1906年)升为邮政局，改设义井街(今816东路)。
　　光绪三十一年(1905年)
　　二月，法国人口贩子魏池在福州设立“招工所”，从连江、长乐及浙江温州等地，诱骗华工1825人，定于二月十七日集中马尾乘船启航出口，充当苦役。经福州各界及马尾镇海营水师营救，始行遣散返回原籍。
　　八月一日，暴风大作，沿海渔船沉没，溺死千人。
　　光绪三十二年(1906年)
　　八月十六日，创办敖江两等小学堂于原敖江书院，为县内第一所官办新式学校。
　　八月，大水，田禾尽淹，小沧居民漂没30多户。
　　同年，郑思肖后裔郑瑞声，与黄克安、曾守辉等人聚集透堡祇园堂，组织“广福会”秘密团体，会员50多人，以赛社方式按期集中，教习武术，聚谈反清之计。
　　同年，福建统制孙道仁在长门创设讲武堂，轮训各炮台官佐，每期6个月。同时开设目兵讲习所，对各台寨士兵进行短训。民国元年(1912年)停办。
　　光绪三十三年(1907年)
　　二月二十三日夜，琯头旧道街发火，延烧店屋100余间。
　　八月，设立县去毒支社，各乡设分社，查禁鸦片烟毒。
　　同年，总办黄书霖在长门创办闽口要塞炮科学堂，宣统元年(1909年)停办，共毕业学员100多人。
　　光绪三十四年(1908年)
　　九月，创办公立琯江两等小学堂。
　　同年，吴适被透堡“广福会”推为“大哥”(会长)，旋改名“光复会”，会员扩展到300多人。
　　宣统元年(1909年)
　　正月初三地震有声；六月旱；七月飓风大作，海潮汹涌，民舍崩塌，田园淹没，沿海船户覆溺无数；九月蝗虫成灾，受灾广而重。山下村生员曾检三联合38村耆老呈请救灾未果。继由城绅联合72村续报，经县举人、省咨议局议员吴庭枨在局提议，总督松寿始派福州知府曹桓筹办救灾事宜。后集款12000缗(每缗千文)，赈济90余村。
　　同年，黄岐半岛北茭居民与盐粮道合置小轮船，常年行驶于北茭与琯头之间。
　　宣统二年(1910年)
　　三月，设立县自治筹备处，并附设自治研究所。基层相继成立17个区自治会。
　　四月，开办巡警教练所于城隍庙。考取巡生50名，毕业29名。翌年续招30名。
　　同月，两江总督张人骏开办南洋劝业会，连江出产的鹿池茶叶、本岭茶油、琯头森利与协和两号豉油均获银牌奖。
　　五月，设立禁烟公所，知县王荣绶兼所长，举人吴庭枨为副所长。
　　同年，敖江己古村富户余二二，聘请福州艺人及当地农民创办“群乐班”闽剧团，演出《女娲氏补天》等剧目。
　　宣统三年(1911年)
　　三月上旬，吴适率领26名志士，参加孙中山领导的广州起义。三月二十九日(公历4月27日)下午，起义失利，连江志土卓秋元、魏金龙、罗乃琳、陈清畴、林西惠、陈发炎在东辕门巷战中壮烈牺牲；黄忠炳、王灿登、胡应昇被捕英勇就义。四月二十七日，9名烈士忠骸葬于广州黄花岗。吴适等17名志士，突围生还。
　　三月，外商勾结“猪仔贩”，又在马尾设“招工所”，诱招连江、琯头、东岱等青年100余人，集中马尾准备运往巴西等国。后经各界救援交涉，福州府海防厅下令遣散，返回原籍。
　　五月，设立县初级审判厅。
　　九月十九日夜，县光复会成员得悉福州举义成功，连夜云集县城，攻入县署，举五色旗巡逻要道。游击投诚、知县周之松缴印出署，杨起镛被推为义军司令兼知县。清廷在连江统治自此结束。
　　十二月，吴适在龙西铺化龙桥创办女子两等小学堂(后改公立并相继改名静致小学、致文小学)。