(一)县粮食局
　　1988年1月至1992年6月，县粮食局内设秘书、人保、购销、储运、财会、审计、加工等7个职能股。
　　1992年上半年，县粮食局被县政府列为全县5个机构改革试点单位之一。为精简机构，从7月起，将局机关原有内设股全部撤销，改为人秘、财会、购储、综合业务4个科。机关原有人员，年满50周岁以上的共8人作退休安置。
　　1998年3月开始，将原有内设科全部撤销，恢复成立股。到2000年底，分别设立人秘、财务审计、购销储运、军粮供应、综合业务股和党委办公室等6个职能股(室)。
　　(二)企业机构
　　1988年，县粮食局下设7个直属企业单位，即：粮油储运站、粮油中心化验站、粮油贸易公司、粮油加工厂、粮食车队、饲料公司、山珍技术开发公司。全县15个乡(镇)设粮食管理站。同年10月，成立计量检修站。
　　1989年3月，撤销粮食车队。同年6月，成立粮食系统内部资金结算中心。
　　1990年5月，由于机构改革，饲料公司和山珍技术开发公司解体。
　　1991年6月，成立粮食劳动服务公司。
　　1993年，撤销文川乡粮食管理站，设立林坊、揭乐、隔川3个乡粮食管理站，成立连龙福利轮胎翻新厂。1994年1月，成立连城县霸王酱油厂。1995年2月，撤销粮油贸易公司、粮油储运站。同年12月，成立连城县粮油购销公司。
　　1996年1月，粮食系统内部资金结算中心改为粮食局内部结算中心。1998年12月，成立连城县金谷发展有限公司。1999年1月，撤销粮食劳动服务公司。是年起，全县只设立13个乡(镇)粮食管理站。2000年6月，成立连城县军粮供应站。