喜马拉雅期，滨太平洋大陆边缘活动带的演化得到进一步的发展。
　　新生代第三纪时，地壳以上升为主。该时期由于剥蚀使境域内普遍缺失第三系地层。
　　早更新世时，北东向、北西向和东西向构造带都重新活动，沿北西向张性及扭性深断裂发育成木兰溪的主要支流度尾溪、大济溪、仙水溪、九鲤湖溪、延寿溪和萩芦溪；东西向断裂发育成仙游度尾—涵江三江口的木兰溪干流河段；北东向断裂则发育成木兰溪及萩芦溪的二级支流。
　　整个第四纪时期，境内地壳仍以上升为主，以致第四系沉积在大部分地区普遍缺失或极薄。仙游县鲤城南门溪第四系砂卵石层最厚仅6米左右，兴化平原东部第四系最厚也只90多米，与厚达千米的晚侏罗大山岩系相比，微不足道。