唐代，设莆田行台，防范海盗非法入境走私。宋代，改设兴化水军，配置查缉舟船。南宋，增设平海、湄洲、南日烽火台(菑望哨)各1处。元代，改设兴化千户所，辖边士500人。明洪武二十一年(1388年)，改设兴化卫、平海卫，两卫驻兵11805人，辖领11个千户所，各所驻兵1000人。同时在沿海突出部设迎仙、冲沁、嵌头、青山、吉了、猴屿等6个沿海巡检司，卫、所、司之间形成犄角，以57座烟墩台烽火为号，互递信号。同年年底，设南日水寨，置舟船29艘，常驻兵4060人，协调防范兴化、平海、泉州一线海域，兼查缉走私活动。
　　清初，改设兴化守营。康熙八年(1669年)，设莆田县沿海镇戍21处，仙游县3处。领辖军士1890人。鸦片战争后，国门打开，莆田、仙游两县遂成“有边无防”，走私活动猖獗。
　　民国11年，设涵江水警分驻所及南日水警分驻所，隶于平潭水上警察署，担负沿海船舶管理和查缉走私活动。民国24年，莆田、仙游水上警察合编为福建省水警总队第二水警大队。民国26年，设莆田盐务税警队，配置缉私船1艘，查缉偷漏盐税走私。其间，缉私对象以“资敌”国货为主。民国34年，复设南日、三江口水上警察所各1处。隶晋江水上警察局，配备武装警员20人，负责查缉沿海走私。50年代初，照华东公安部《海上治安暂行条例》，对沿海船舶、港口实行强制管理。1949年9月，莆田县公安局接收南日、三江口水上警察所，改设为涵江水上派出所。次年，仙游县公安局设枫亭派出所。悉隶于福建省水上公安局(1951年5月改称福建省公安厅边防保卫局)泉州分局。同时、莆仙两县守备大队各增编1个直属机动中队，以打击海匪、海盗走私活动。
　　1951年，境内沿海设平海、南日、下埭、朱寨等沿海派出所，于海防突出部及岛屿，建立警民联防队与海防保安队，负责打击海上走私活动。1952年，撤销朱寨沿海派出所，枫亭派出所、涵江水上派出所改为公安行政派出所。同年7月，中华人民共和国涵江边防检查站成立。12月，增设公安部队莆禧边防武工队。
　　1953年，照华东公安13师指示，对沿海船舶和渔船民进行登记，设立户口簿、船籍簿和航行簿，建立船舶进出口岸申报和检查制度，有效防止不法商人的走私漏税活动。同年，复设涵江水上派出所。1954年，增设平海工地派出所。
　　1958年，恢复沿海公安派出所后，南日、石城、莆禧、湄洲、江口、东沙、枫亭等沿海派出所及涵江水上派出所相继在各自辖区港、澳口和停泊点设立3～2个船舶检查站，防范走私活动。
　　1960年3月，莆田县公安局于文甲港设海上巡逻队，配备“海克里斯”14.4匹马力机帆船二艘，编制16人，负责兴化湾、湄洲湾海面公安巡逻及缉私任务。同年，莆田县武警大队、仙游县武警中队增设边防办公室。至此，境内共有2个边防办公室、9个沿海公安派出所、1个海上巡逻队。
　　1961年，缉私改由武警部队管理，由武警部队与公安机关双重领导。1962年，江口、三江口派出所合并为江口哨所，湄洲、莆禧、东沙派出所合并为莆禧哨所，石城、南日、平海、枫亭派出所改称哨所。各哨所配备治安工作班和武装班，编制40～60人，由莆田县边防大队管理。
　　1963年，缉私改由公安机关管理。莆田县公安局组建2个边防独立连，分驻平海和莆禧。次年，莆仙二县公安局设边防股。
　　“文化大革命”初期，缉私陷于停顿。1968年12月，江口、三江口、东沙、湄洲、上林、莆禧、石城、南日、平海、枫亭等派出所相继撤销。
　　1970年4月，复设三江口派出所。次年，复设东沙、莆禧、湄洲、南日、石城、平海、江口等公安派出所，1973年，莆田地区公安处设边防保卫科，制定《沿海船只管理若干具体规定》、《船只进出境港口有关规定》，以防范边防走私及偷渡活动。
　　1980年5月，沿海公安派出所改称边防派出所，增设东吴、秀屿边防派出所。同年7月，莆田地区边防武警支队成立(对外称边防保卫分局)。同年底，边防武警支队统一缉私行动，计查获走私8起，侦破走私团伙11个，案值300万元。1981年上半年，查获走私889起，总案值450万元。1982年1月，查获走私23起，缉捕走私分子75人、走私船9艘，总案值37.8万元。
　　1983年，边防武警支队分别在莆田文甲、福清海口、长乐营前，平潭县组建海上缉私队，隶于各县武警大队建制领导。全称为：“中国人民武装警察部队××县缉私中队”(下称武警海上缉私中队)，执行海上缉私、缉毒任务，其后，莆田市工商行政管理局组建工商缉私队，执行陆上偷漏税走私的查缉。
　　1983年10月，武警莆田市边防保卫分局成立，负责对边防缉私中队的业务指导：一是加强走私情报调研，掌握走私活动动态；二是集中摧毁海上走私货物集散地；三是堵塞控制，防止走私货物出入境；四是配合海军、工商缉私部门查禁走私，组织统一缉私行动。同年，莆田地区查获手表、香烟、录音机、电视机、布匹及黄金、白银、文物等走私案件1146起，案值800多万元。
　　1985年，福建省工商行政管理局莆田县缉私队成立，同年，于枫亭设立工商检查站。
　　1987年，武警涵江区大队成立。增设湄洲秀屿、莆禧诸边防工作站。同年，市武警支队边防保卫分局发出通知，规定境内沿海653个船管站(含“橹、舵、桅干”三宝站)主要任务是协助边防派出所维护港区治安，防范、打击走私贩私及内潜外逃等违法犯罪活动。
　　1988年6月，福建省工商行政管理局莆田市缉私队成立，7月，市武警支队边防保卫分局改称武警莆田市边防支队。同年，武警缉私中队改称武警海上缉私中队，受莆田县边防大队管辖。1991年，境内缉私有武警市边防支队(含海上缉私中队)、市公安局边防分局、省工商行政管理局莆田市缉私队及莆田县缉私队。
　　1983～1991年，武警市海上缉私中队缉私单船出海4000航次，航时1万小时，航程8万海里，查获走私船100余艘，总案值3000余万元。