福州佛教与全国汉传佛教一样，制度方面有剃度传戒、丛林清规、寺院管理等。中华人民共和国成立后，还对旧的制度中不合理的部分进行改革。
　　(一)剃度传戒制度
　　要求出家的人，须本人自愿，六根具足，信仰佛教，爱国守法，同时须征得父母同意。寺院在查清他的身份来历并认为符合条件后才可以接收。然后为之指定依止师，授三皈五戒，经僧团考察1年后，认为合格再正式剃度。接收徒弟的僧人称“剃度师”或“依止师”(须受戒10年以上，品德优良，具备教授弟子能力)。男众经剃度并受沙弥戒(十戒)的称沙弥，女众经剃度并受十戒的称沙弥尼。他们均须年满20岁，才能受具足戒成为比丘或比丘尼。从明末起开始实行三坛连受的传戒仪式。即初出家男女依剃度师落发时，不受十戒，俟某一丛林大寺传戒时前往求戒。在规定的戒期内，沙弥戒(或沙弥尼戒)、比丘戒(或比丘尼戒)和菩萨戒三坛同受。
　　授具足戒须有三师七证，总称十师。三师是戒和尚(正授戒律之和尚)、羯磨师(即读羯磨文的阿阇梨，主持白四羯磨授戒仪式)与教授师(教授威仪作法，为众人引导开解者)；七证师是证明受戒的七位莅会比丘。三师七证必须是爱国爱教、戒行清净、通晓教理律仪、戒腊十夏以上的僧人。
　　三坛连授仪式是：
　　初坛沙弥(或沙弥尼)戒，一般在法堂举行。引礼师云：新戒请师开示。戒和尚为开导受十戒的意义，并行三皈羯磨，接着为说十戒戒相，一一问以“尽形寿能持否?”众同答：“依教奉行”。初坛即告毕。
　　二坛具足戒，在戒坛举行。新戒迎请戒师入戒坛，十师登坛就座。戒和尚依律命羯磨作单白羯磨，差教授师下坛向诸新戒次第询问十三重难及十六轻遮(不适合受具足戒的众罪和条件)，以便决定是否允许其加入僧团。问毕，戒和尚开导明授戒体法，次依白四羯磨(三读表决法)仪式，为授具足戒；授毕，戒和尚又举淫、杀、盗、妄四重戒，说明这四条是根本戒，犯了其中任何一条，就失去比丘或比丘尼资格。
　　三坛菩萨戒，一般在大殿举行。在授菩萨戒之前，戒和尚先为受戒者开示苦行，并令每人头顶燃香，名曰“烧香疤”，或称“戒疤”。菩萨戒师开导三聚净戒(即菩萨戒法)，教以忏悔三世罪业及发十四大愿，宣说菩萨戒相，授受问答方式与受具足戒时略同。
　　三坛戒期完毕，由主办单位发给戒牒。
　　中华人民共和国成立后，福建省佛教协会先后在福州鼓山涌泉寺、瑞峰林阳寺、象峰崇福寺与闽侯雪峰崇圣寺传过戒。福建省不仅率先实行二部僧授戒制度(女众均在象峰崇福寺受戒，然后再到大德处加法)，还遵从中国佛教协会的规定，废止相沿已久的僧尼在受菩萨戒时在头顶烫香疤的做法。
　　(二)丛林清规
　　清规是禅宗创立的丛林管理制度和僧众日常言行规则，后来为各宗派寺院所通用。
　　中唐时禅宗大盛，在江西百丈山弘法的长乐县僧人怀海，深感禅僧住在律寺内，于说法住持，未合规度，遂于唐元和九年(814年)别立禅居之制，并折衷佛教大小乘经律，首创《禅门规式》。其主要内容是：尊长老(住持)为化主，处之方丈；不立佛殿，只树法堂；学众尽居僧堂(后称禅堂)，依受戒年次安排，设长连床(即广单、大单床)，供坐禅偃息；阖院大众朝参夕聚，长老上堂，徒众侧立，宾主问答，激扬宗要，示依法而住；同时斋粥随宜，二时均遍；又行普请法(集结全体僧众共同劳动)，上下均力，又将全院大小事务分置十寮，每寮设一首领负责。怀海禅师是丛林清规的创始者，世人称此清规为《百丈清规》，唐末曾推行到全国的禅宗寺院。至宋初，此清规便失传。宋代先后还出了不少清规编本，但都难以在全国通行。元至元元年(1335年)，朝廷命江西百丈山大智寿圣禅寺住持德辉禅师重编《敕修百丈清规》，为至今数百年来的全国通行本。此书记有九章，前四章为祝厘、报恩、报本与尊祖。主要规定：关于祝圣、国忌(帝王、后忌日)、祈祷、佛诞及诸祖师忌等仪式。第五章住持，规定住持的种种行法仪式。第六章两序，关于丛林两序各执事僧的规定。第七章大众，有关僧众的各种言行威仪规定。第八章节腊，有关大众入寮、结夏礼仪等规定。第九章法器，关于钟、板、鱼、磬、鼓等说明及其打法的规定。
　　福州各丛林现行的规制属于固定实施的有下列十项规式：
　　结夏与结冬。丛林每年农历四月十五日至七月十五日三个月内，为僧众“安居期”，应定居专心修道。安居开始名“结夏”，结束称“解夏”。另外，每年从十月十五日至翌年正月十五日的三个月间专心坐禅，称为“结冬”。
　　安单。“单”指禅堂东西两序的名单，僧众衣钵就挂在各人名单下的钩上。比丘可以到任何十方丛林要求共住，该寺如同意其进住，就送入禅堂正式安顿其单，简称安单。
　　大请职。这是丛林安排执事的规式，一般每年八月十六日(有的寺院正月十二日)举行。全寺执事名单提前经住持召集两序头首共议决定。大请职日僧众集会宣布，或者挂牌公布。
　　贴单。这是全寺执事及常住僧众名单的统一公布，每年十月十五日举行。名单以执事大小、受戒先后为序排列书写。凡单上有名的，都是一寺常住的正式成员。
　　打七。丛林每年从十月十五日至翌年正月初七日举行禅七，全日坐禅静修，每七天为一期，谓之打七。
　　普请。即普遍邀约大众劳作(劳动)的制度，亦称出坡，因寺院田园多在山坡，故称。
　　岁计。是丛林岁末的经济开支报告。现在丛林的会计制度，多数每月结账报告一次。
　　肃众。即僧众违犯清规的处分。古规犯事比较严重的，以柱杖杖打，抽下挂搭衣物，摈令出院。现在轻者批评、教育，重者起单开除出寺，目的为了整肃寺规，以安清众。
　　榜状牌示。丛林有事通知的方法，通常用知单、贴榜、书状和牌示等。重要佛事的举行，都用牌示方式公布，或称出牌、挂牌。挂牌地点多在斋堂与客堂前。
　　钟鼓法器。丛林钟板法器鸣扣各有常度。凡禅堂坐参、佛殿念诵、食堂斋粥、升堂集众和普请巡察等一切法事，都依钟板等号令进行。
　　福州象峰崇福寺、金鸡山地藏寺、罗山法海寺的尼众还严格遵守“布萨”的制度，即全寺尼众每半月(农历每月十五日与二十九日或三十日)集会一次，专诵戒律，称为“说戒”或“诵戒”。
　　此外，各丛林还有立于文字的各项规约，如福州鼓山涌泉寺明、清时期订有《共住规约》，清康熙年间又订有《日用堂规》(内)与《僧堂正规》(外)等。民国期间，虚云禅师主持涌泉寺时，对有关规约进行修订。中华人民共和国成立后，福州鼓山涌泉寺于1955年制定《共同生活规约》、《组织法》、《僧众劳动规则》等。
　　1985年5月30日，中国佛教协会制定《汉传佛教寺庙共住规约通则》。1989年12月，中国佛教协会又根据中华人民共和国宪法和国家有关政策、法令以及佛教规制，制定《全国汉传佛教寺院管理试行办法》，共有九章，分别是：管理体制与寺院组织，僧众修持与佛事活动，收徒传戒与僧团管理，培育僧才与学术研究，生产自养事业与布施佛事收入，接待外宾与海外联谊，文物保护与园林管理，财务制度与物资管理，做好治安与加强消防。
　　1993年10月21日，中国佛教协会第六届全国代表会议通过《全国汉传佛教寺院管理办法》与《全国汉传佛教寺院共住规约通则》，福州各寺院均及时地认真参照执行。