北宋时，统治者为了神化皇权，仿效李唐制造“天书”下降，虚构他们的始祖赵元朗为道教尊神，以为“圣祖”降灵，封为“保生大帝”。兴修宫观，搜访有道术的道士，加赐封号，访求道经，镂版《道藏》。中国第一次正式刊本的《政和道藏》，就在福州由郡守黄裳役工镂版。元代统治者为了争取汉族人士的支持，因袭宋代崇奉道教。
　　宋、元道教分衍宗派，各派在福州活动。
　　天师道　也称正一道、金丹道。南宗的徒裔于元初“因道法相近，也有归入正一派，像彭耒吕弟子林伯廉任福州天庆观管辖兼都道正。”长乐人陈义高受学于龙虎山崇禧院李则阳。后随三十九代天师至京入觐，归领福州冲虚宫。又随天师入观，制授“灵悟元宇文泰法师、泉州路报恩光孝住持提点。”至正三年(1343年)又制授“至正文泰法师、教门高士、龙虎山繁禧观提举知观事。”陈义高“早得仙术，元世祖召赐金币，归遇贫者悉分与之。”他“又精兵机，晋王北征命从行。时方烦暑，王欲试其术，召令降雪，义高斋沐飞符麾之皂旗，雪纷纷下。后赐归，端坐而化。”
　　闾山三奶派　陈靖姑入闾山学法，许真人“尽得诸法传授”。她斩蛇除妖，为民除害，屡得封赐。他与罗源林刺史之女名九娘及连江李三娘结为姐妹，合称三奶夫人，后成为闾山三奶派，属于西山净明派。她们也是民间妇女请花、求子、保泰、佑童的崇拜偶像。传播闽台各地。
　　外丹派　宋以前有介琰在方山、董奉在福山、王霸在乌山、任放在大鹏山、章寿在凤山、林炫光在福清石竹山等地炼丹。元代松溪人吴华在闽县瑞岩修炼。
　　内丹派　南宋白玉蟾师事陈楠，承传金丹派南宗道法，号称“南宗五祖”。曾在闽清梅城芹山观修炼，住持武夷山止止庵及福州浦尾宫园前迎仙道院。南宗传至白玉蟾时始有云游道士，内丹与道法并传，兼传神霄雷法，才有了教团、靖庵。白玉蟾所治的是“碧芝靖”。白玉蟾门徒彭耒吕，闽县人，与其妻潘蕊珠一起在凤邱山修炼，治“鹤林靖”，开“细林宗”，活动于福州。其徒林伯谦治“紫光靖”，主持福州天庆观。
　　灵宝派　宋、元间以民族气节著称的福建连江人、名士郑思肖，字所南，撰有《太极祭炼内法议略》三卷，阐述灵宝度亡祭炼之术，融摄内丹、雷法及儒、释之学。天师道第四十二代天师张宇初在序其书中，高度评价其对灵宝派的贡献。郑思肖祭炼之道，为超度抗元亡魂。元代，福州府人“周颐真，少遇西蜀异人，授以隐书及壬遁返闭之秘，因自号‘山雷子’。后从开元观道士蔡术嗣学灵宝法，凡玄学运用，悉以《易》变通之。”福清石竹山有灵宝观，以祀林真人弦光。
　　神霄派　长乐人陈通“与弟灵皆有道术，能驱雷雨除崇，宣和中至京符咒辄念，徽宗悦之，俱封以王爵。”宋元之际，莫月鼎高徒欧阳器虚，福州人，善内炼精。
　　清微派　福州府人张与玉，号霸崖，“从黄宗师(雷囦)授雷法，得飞神御气之妙。岁旱，祷求立应。”福州府人张克真，号平心，“初至崇安光化寺，得黄雷囦清微雷法。”