伊斯兰教自唐初传入中国直至元初沿海穆斯林大部分为侨居的外商，被称为“蕃客”，居处称为“蕃坊”，其办事处为“蕃长司”。定居的蕃客与居民通婚，在元朝后逐渐形成中国穆斯林，揭开了回族形成的序幕。
　　福州和泉州经济繁荣、文化发达，宋末、元朝有的穆斯林相当富有，有利于伊斯兰教传播。蒲寿庚长期任泉州提举市舶使，其兄蒲寿宬为官员和著名诗人，《心泉学诗稿》和《心泉诗馀》在福州和各地流传，收入《永乐大典》和《疆村丛书》，蒲氏家人常到福州活动。元至正时福州有花剌子模籍穆斯林艾米尔·哈桑任奉政大夫福建等处行中书省左右司员外郎。
　　明朝出现伊斯兰教与中国儒家学说相结合的汉字著作，有利当局和各界人士对伊斯兰教的了解。据《重建清真寺》载，元末至明初地方文武官员15名热心教门，对建寺颇有贡献。碑记列举赵荣、赵玹、马庆亦见于泉州明正德二年(1507年)立的《重立清净寺碑》，说明两地关系密切。
　　明清时代，西北和江南一带不少穆斯林迁居福州，如田、时、贤、马、兰、常、沙、胡、刘、李等姓是从甘肃、河南、山东、安徽、江苏移居的。蒲姓是阿拉伯商人后裔从泉州来福州。清同治时福州的回民尚有千户左右，节日之夜，清真寺灯光辉煌，颂经不绝。
　　抗日战争前，福州南门兜有一开业医斯马仪，汉名文诗东，是印度穆斯林。
　　抗日战争时期，是福州穆斯林最困难之时，大批外迁。
　　中华人民共和国成立前，穆斯林主要从事小商贩、小手工业、小职员，使用汉语，但在宗教生活和民族内部还保留某些阿拉伯语词汇。
　　1958年前后，上海等地支援福建工业，搪瓷厂、玻璃厂、灯泡厂有许多穆斯林家庭。芳华越剧团、话剧团、京剧团也有回族演员。北京曲艺团团长陶湘九率团安家福州，其中有多户穆斯林。鹰厦铁路通车后，铁路员工中也有穆斯林。福州部队中有来自各省的回族子弟兵。据福州市民族主管部门统计，1963年街道居民中有回族108户451人(不包括铁路和部队)。1986年统计，福州市区回、维吾尔、柯尔克孜等族穆斯林313户728人。1990年统计市区穆斯林450户1080人。