比较珍贵的树种有樟、楠、檫、桂、花榈等。樟树分布在600米以下低山丘陵，散见于村庄附近。1987年定为市树后，已作为行道树广植。楠、檫、桂、花榈等天然成熟林，只在偏远地区略有所见。
　　属于国家重点保护的稀有树种有：银杏、长苞铁杉、格氏栲、金钱松、中国粗榧、江南油杉、乐东拟单性木兰、白花木笔、观光木、木芙红豆、长序榆、香果树、红皮糙果茶、沉水樟、天竺桂、闽楠、浙江楠、半枫荷、鄂西红豆、钟薯木、灰绒含笑、深山含笑、福建含笑、银钟树等，上坪乡大进村发现一片乐东拟单性木兰300余亩。长苞铁杉在天宝岩——石罗山林区有纯林200余亩，混交林1000余亩，为省内外罕见。树高15～20米的银钟树，树高20米，胸径1.12米的钟萼树在省内也比较罕见。
　　属永安首次发现的稀有树种有穗花杉、青钱柳、华南桦、亮叶水青冈、灰叶稠李、圆卤野雅椿、岭南槭、南岭槭、魿果椴、浈白珠，无梗越桔、中华越桔、茶条果、厚叶木犀、南岭杜鹃、吴茱萸五加、小叶白辛树、三峡槭粤柳等。华南桦、中华越桔还是在福建省首次发现。