(一)抽　查
　　福建商检机构1955年开始将一些出口商品的产地检验工作转移给工厂自检后，加强检验工作监督检查和管理。1955年柑桔改各厂自检，检验合格并填写申请单后，商检机构进行抽验，合格的准入库待运出口；厦门商检处还加强港口和火车站的抽验工作，经抽验合格后发证放行。1957年茶叶由工厂自检后，福、厦商检机构每年派员到厂进行一至二次巡回监督检验。1959年上杭、南平松香厂实行工厂自检后，商检机构加强了对其产品抽验和换证出口工作。同年，福州、厦门、泉州、漳州、龙溪等皮革、皮件厂对出口皮鞋实行自检，商检机构定期、不定期下厂巡回检查或在发运点进行抽查；抽查中发现的问题及时反馈给工厂，促使其注意改进，从而提高了出口皮鞋的质量。1960年到1990年，对于实行法定检验的出口商品都在产地或发运点进行抽查。
　　(二)驻厂监管
　　1987年12月，福建商检局根据国家商检局、国家经委、外经贸部《关于颁布〈对重要出口商品生产企业派驻质量监督员试行办法〉的通知》的要求，派出茶叶检验工程师和助理工程师各一人，进驻福州茶叶加工厂任质量监督员，执行出口茶叶质量检验工作的监督管理。1988年，厦门和泉州商检局(处)派出质量监督员分别进驻厦门电池厂、泉州罐头厂、德化瓷厂、德化第二瓷厂执行质量监督管理。1989年12月，福建商检局派出罐头检验助理工程师进驻福州罐头厂，执行对罐头质量的监督管理。
　　(三)颁发质量许可证
　　1987年，福建商检机构开始按照国家商检局《出口商品质量许可证管理办法》的规定，对生产出口重点商品的厂矿企业的生产设备、生产技术、质量管理、检验条件、产品质量等进行考核评定，符合规定要求的，颁发质量许可证。首批进行出口质量许可证考核的商品有陶瓷、纺织品、服装、机电等55家工厂。经过考核评定，给29家服装工厂、企业颁发了质量许可证。1987年12月到1988年3月，福建商检局、省陶瓷工业公司和中国工艺品进出口公司福建分公司，组成质量许可证考核组，按有关规定，对生产出口陶瓷的工厂进行考核，结果有3家瓷厂获得出口质量许可证。1988年福建商检局又发给经考核合格的8家服装工厂、企业质量许可证。根据《出口服装质量监督管理办法》的规定，对服装企业实行分类管理：凡属一类企业，外贸部门优先安排生产；而未取得出口服装质量许可证的企业，则不再安排生产出口服装。1989年福建商检局、省纺织工业公司和省纺织品出口公司组成福建省出口纺织品生产及质量许可证考核小组，对第一批申请生产出口纺织品的企业，按照有关标准和规定进行考核，经考核合格的14家企业获得质量许可证。至1990年底，全省获得出口产品质量许可证的有纺织品厂17家、服装厂42家、陶瓷厂4家、机械厂6家、家用电器厂3家、化工厂1家、包装纸箱厂29家。
　　(四)食品卫生检查
　　1951年福建商检机构对出口茶叶中的非茶类夹杂物进行检验；1956年对出口罐头中的微生物进行检测。嗣后凡是食品类和饮料都进行卫生检验。1961年发现安溪茶厂生产的出口茶叶中有夹杂物，于是会同省外贸局下厂检查，并通报所有茶厂以引起重视。1976年成立福建省食品卫生管理工作领导小组。接着福州商检局和有关单位建立了食品卫生检验网，并配合省轻工业厅、省外贸局和中国粮油食品进出口公司福建分公司等有关单位组成小组，对全省6个罐头厂和冻鱼、冻菜、茶叶、米面制品等工厂进行卫生质量检查，还为有关食品厂举办了4期食品微生物检验短训班和2期农药残留量检测短训班。到1976年底，福州口岸30个出口食品厂都建立了食品卫生管理制度，95%的食品厂配备了专职食品检测人员。1977年，福建商检机构组织检验人员，深入工厂、车间，针对出口罐头卫生质量上存在的问题，配合工厂进行质量分析，查找原因，研究解决的措施，先后帮助三沙罐头厂解决清水笋罐头腐烂和胖听的问题，使腐烂率和胖听率从1976年的8.2%降到0.2%；帮助厦门罐头厂采取措施防止出口磨菇罐头和香菜心罐头出现平酸腐败和污染杂质等现象，使产品合格率从7月份的82%提高到100%。
　　1983年8月，福州商检局、省食品工业公司和中国粮油食品进出口公司福建分公司共同抽调11人组成卫生质量检验组，到福州罐头厂作样板检查，边检查，边评类，以统一检查尺度；然后分成3组，分赴11个出口罐头厂进行检查，最后评出二类厂9个，三类厂2个。同年10月，福州商检局、省水产进出口公司和省水产供销公司组成出口水产品加工厂食品卫生检查组，对各厂厂区卫生、车间卫生、加工工艺卫生、冷冻冷藏卫生和厂检机构等五个方面进行检查，结果评为三类厂的有9个，评为四类厂的有5个，有8个厂尚未建立起独立的检验机构和检验制度，未评级次。
　　1984年6、7月间，根据《中华人民共和国食品卫生法》和《商检条例》关于对一切出口食品实施法定检验的规定，福建商检机构和省粮油食品进出口公司联合对厦门、漳州、泉州、福清、马尾、福州等6个加工出口速冻蔬菜的外贸冷冻厂进行首次食品卫生检查，通过检查推动和提高了全省速冻蔬菜的卫生质量管理工作。
　　1985年，福建商检局根据国家商检局《关于对出口食品厂、库办理注册问题的通知》的精神，结合福建的具体情况，从1月份起，对全省出口食品厂、库，分商品类别办理注册，并组织有关人员学习《食品卫生法》和卫生注册有关文件，帮助厂、库按《出口食品厂、库最低卫生要求》制订改进措施；并按有关法规要求，逐项检查，作出评价。对评为一、二类的厂、库，发给卫生注册证书和批准编号，准许生产和储存出口食品。为了抓好第一批厂、库的卫生注册工作，同年5月福建商检局成立了“注册领导小组”，制订了卫生注册方案，派出考核小组，分赴申请卫生注册的33个工厂，帮助做好注册前准备工作。经过考核审批后，召开发证大会，会上发给卫生注册编号证书的有10个出口罐头厂和13个水产加工厂、库。其中福州、厦门、漳州、宁德、莆田、建阳等罐头厂还向国外办理了卫生注册工作。1986年8月到9月，国家商检局、商业部、轻工部、农牧渔业部和外经贸部组成出口食品质量检查小组，对福建省已获得注册编号的出口食品厂、库，进行了一次全面检查，检查结果没有发现不符合要求的现象。1987年3月，福建商检局组织人员深入沿海和闽北地区21个县、市的100多个生产出口罐头、水产品、清水笋、干果、茶叶的乡镇加工厂，帮助健全检验室，无菌实验室，成品保温库，制订各项工作岗位责任制，作为卫生注册前的预查工作。1988年，福建商检机构发现建瓯罐头厂生产的出口罐头，无法保证产品质量，决定吊销1986年2月发给该厂的卫生注册编号证书，并从当年11月起，该厂生产的一切罐头产品，外贸经营部门不得收购出口，商检部门不接受报验。1989年，福建商检局派出技术人员，深入全省150多个养鳗场进行卫生普查和卫生登记管理。帮助提高管理养殖水平，改善环境卫生，到年底已具备条件办理卫生登记的有40个养鳗场，并由商检局向日本推荐，在日本卫生当局注册。
　　到1990年底，全省获得出口食品卫生注册编号的有30个罐头厂、55个水产冷冻厂、7个冻菜厂、40个茶厂、8个脱水蔬菜厂、6个粮食制品厂、5个糖果蜜饯厂、3个食品仓库、1个饮料厂、5个调味品厂、5个营养液厂、56个水煮笋厂和112个养鳗场。