1955年8月25日，中共中央发出《关于肃清暗藏反革命分子的指示》，开始内部肃反运动。该指示明确规定：“对这次运动中清查出来的反革命分子和其他坏分子，除判死刑和因为罪状较轻、坦白彻底或因为立功而继续留用的以外，分两种办法处理。一种办法是判刑后劳动改造。另一种办法是不能判刑而政治上又不适于继续留用、放到社会上去又会增加失业的，则进行劳动教养，就是虽不判刑，虽不完全失去自由，但亦应集中起来，替国家做工，由国家发给一定的工资。”1956年10月，中共中央发出《关于各省、市均应立即着手筹办劳动教养机构的指示》。该指示对劳动教养的性质、任务、指导原则、审批权限、领导和管理等问题都作了原则规定。至此，劳动教养工作作为一项法律制度在我国确立。
　　根据中共中央的指示精神，福建省公安厅报经福建省人民委员会同意，于1956年4月30日在所属的劳动改造工作管理处设立劳动教养科，负责筹办劳动教养工作。
　　1957年，永安的文龙、将乐的三涧渡、光泽的大陂、沙县的官庄、三明的楼前、大田的东坂、邵武的谢坊、安溪的湖头等地，先后创办劳动教养农场。福建省劳动教养福州收容所也随后成立。全省劳教农业用地达23723亩，固定资产达10.3万元。此外，尚有专、县、社办的劳动教养队100多个，劳动教养人员年收容量达1000人以上，另有上海市设在福建泰宁弋口的上海闽北劳动教养农场。
　　1958年4月2日，省人民委员会决定将大陂、官庄、三涧渡、湖头、东坂、谢坊、文龙7个劳动教养农场下放归所在市、专的民政部门管理。同年9月2日，福建省劳动教养福州收容所被撤销。
　　1959年2月，中共福建省委政法小组决定劳动教养工作划归公安厅管理。各市、专的民政局的劳动教养工作同步移交同级公安处管理。劳动教养场所与劳动改造场所的界限逐渐消失、融合。6月2日，公安厅党组决定将湖头、文龙、大陂3个农场分别并入楼前、三涧渡、官庄、谢坊农场。
　　1960年，东坂、大陂、三涧渡农场相继于1月31日、2月28日、6月17日撤销。
　　1962年2月28日，上海设在泰宁弋口的闽北上海劳动教养农场撤销，将闽北农场的场址、土地、固定资产移交福建。同日，泰宁弋口劳动教养农场成立。
　　1966年下半年，“文化大革命”运动波及劳动教养场所。劳动教养场所被当作“资敌”、“养敌”场所受到质疑和冲击。1969年12月9日，中国人民解放军福州军区和福建省革命委员会决定，将劳动改造工作纳入福建省生产建设兵团建制。时有333名劳动教养人员分布于全省12个劳动改造场所。劳动教养工作随同劳动改造工作转建后，未在生产建设兵团中设置劳教工作机构和场所，劳动教养人员被遣回原籍交当地群众监督或管制。劳动教养工作实际上处于被取消状态。
　　1971年2月26日，全国第十五次公安工作会议提出“大中城市要恢复、整顿劳动教养和强制劳动”。福建省革命委员会于1973年6月19日批准省公安局《关于恢复劳动教养和少年犯管教所的请示报告》，拟把龙岩黄斜农场及明溪楼前农场改为劳动教养单位，女劳动教养人员由新垦农场收容管理教育，并将少年劳动教养人员集中省少年犯管教所管理。福州、厦门两市的公安局，也分别在福州的儒江、厦门的东渡港(后迁至园山)建立强制劳动中队和教育劳动队。
　　1980年9月15日，省公安厅决定：自10月1日起，龙岩黄斜农场划归省公安厅劳动教养工作管理处管理，对内称“龙岩黄斜劳动教养独立大队。”初步实现劳动教养人员与劳改犯人分开管理。1981年4月20日，省编委核定设置福州、厦门、南靖、泉州、南平、三明、龙岩、清流及少年劳动教养管理所9个，管理干警总编制为396名。
　　1983年5月28日，中共中央决定将劳动教养工作划归司法行政部门管理。按照中央统一部署，福建省劳动教养工作管理局及其下属单位，于同年7月1日整建制地由省公安厅移交省司法厅管理。
　　1985年5月，省人民政府根据省政协和三明市检察院、清流县检察院的调查报告及省司法厅的请示，同意清流女劳动教养管理所由清流县林畲乡迁往福州市郊，更名为福建省女劳动教养管理所。当年8月，完成搬迁工作。
　　1985年7月17日，南靖劳动教养管理所更名为漳州劳动教养管理所，并于1992年10月迁至漳州市芗城区。原有的场所及耕地移交当地人民政府用于“南一”水库库区移民安置。
　　1992年4月，为适应禁毒工作需要，省政府批准成立福建省强制戒毒劳动教养管理所。福建省强制戒毒劳动教养管理所以福州劳动教养管理所儒江大队为基础组建。该大队原有的场所、干警悉数移交强制戒毒劳动教养管理所管理。1992年6月，省政府批准福建省儒江劳动教养管理所成立，并与福建省强制戒毒劳动教养管理所合署办公。强制戒毒劳动教养管理所担负对戒毒劳动教养人员的管理教育；儒江劳动教养管理所担负对非戒毒劳动教养人员的管理教育。