一、郊 行
郊行最早是在清雍正年间台湾商人组建的带有同业公会性质的商业组织。在郊行成立之前，厦台两地的贸易往来，是由厦门殷实的商户在厦门设立商行，所有贸易船只皆由其作保，方可往来两地。厦门商行支配着两岸的贸易往来。
雍正年间，台湾出现了经营两岸贸易的“郊行”，或称“行郊”。由于台湾鹿耳门最早与厦门对渡，因而台南地区最早出现“郊”的组织，最著名的是“台南三郊”，即“北郊”、“南郊”和“糖郊”。其中，“北郊”规模最大，以苏万利为首，由专营厦门以北各港口贸易的20多家店号组成；金永顺的“南郊”则有30多家商行，专营华南各港口的贸易；“糖郊”以李胜兴为首，由50多家专营对大陆糖米出口的贸易商号组成。“三郊”是台湾最大的进出口贸易集团。“南郊”经营地区为厦门等闽南金三角地区，以及汕头、香港、南洋各地；“北郊”和“糖郊”经营范围虽不在厦门，但往来货物也都须经过厦门口岸转运北方各地。
鹿港和八里坌分别于乾隆四十九年(1784年)和五十三年先后开放对渡，往返商船剧增，两地亦先后出现“郊”的组织。鹿港有“泉郊”、“厦郊”，“泉郊”主要是与泉州地区贸易。除了以经营地区划分的郊行以外，尚有以经营行业划分的“郊”，如“糖郊”、“米郊”、“布郊”等。鹿港的“厦郊”所属商号共100多家，主要有海盛号、庆昌号、恒吉号、合和行、瑞成行、谦胜行等，“厦郊”的商号有的也兼营布郊、糖郊、染郊之贸易。鹿港泉郊、厦郊船户欲往北方贸易者，也必先到厦门，然后沿海北上。
八里坌虽在开发较晚的北部地区，但后来居上，贸易非常发达。特别是临近内河的港口艋睸及大稻埕，商业繁盛，在道光、咸丰年间，也出现了经营与厦门贸易的郊行。大稻埕大部分商号经营与厦门的贸易，设有“厦郊”，取名“金同顺”，推举大稻埕的首创者林右藻为“金同顺”的郊长。“金同顺”后与艋睸颜泉郊“金晋顺”、北郊“金万利”三郊合并，成立一社，即“金泉顺”。这就是“台北三郊”。
郊行都有系统的组织。台北大稻埕的“厦郊”设炉主、董事。郊规规定炉主的推举、轮值办法及责任，同时规定成员的加入、退出及其他权利义务，还制定郊中的各种商事规约。成员必须遵守郊规，否则受罚。
厦郊在台湾除协调管理郊内之商务外，还发挥了积极的社会作用。台湾郊行的事务和功能可分内部事务和外部事务。内部事务主要是仲裁郊商与行铺间、郊中各店号间的商务和债务纠纷，决定公平的商务原则，并负责所辖寺庙的维护、管理、祭祀事宜。外部事务是捐款并组织团练，参与地方防卫事宜；修筑寺庙，参与各种民间宗教活动；参与兴办教育；从事各种公益事业和慈善活动等。
同样，厦门也有开展与台湾贸易的郊行。厦门的郊行是由早期的行商发展起来的。由于竞争激烈，经营相同地区贸易或相同商品种类贸易的行商不得不联合起来。嘉庆八年(1803年)，厦门已有经营台商贸易的“台郊”(即台湾郊)和经营鹿港贸易的“鹿郊”(即鹿港郊)，开展与相应地区的贸易。
二、台 运
台运也称大运或专运，即军粮运输，是将台湾租赋收入(也称“正供”)由赴台贸易的商船配运回厦，作为福建一些地方的兵米兵谷。在清代厦台两地贸易中，“台运”是两地间特殊的贸易交流，始于雍正末年，最盛时期是乾隆初年。
清初，闽南地区田少山多，人稠地窄，而台湾却是地广人稀，沃野千里，“糖谷之利甲天下”，官方征收的赋米，连年有盈，贮藏都成了问题。为不致霉变，造成国赋的浪费，康熙五十二年(1713年)，清政府准“商船由台往厦，每船只许带食米六十石”。雍正二年(1724年)又增加戍台官兵家眷米谷一项，也是以台湾米谷供给，统称兵眷米谷。当时在台湾淡水设有社船，当厦漳泉发生饥荒时，可以从台湾运米接济，照市场价粜卖。乾隆十三年(1748年)久旱未雨，闽南米价腾贵，为救济灾民米禁渐开。米禁一开，台湾大米源源不继输入厦门，并由厦门转运各地。由于厦门是台湾粮食运往福建各地的中转站，在台运中扮演了重要角色，因此道光十三年(1833年)东印度公司“阿美士德”号船主胡夏米在其秘密调查报告中称厦门为“中国东海岸的粮仓”。
“台运”最终结束于光绪二十一年(1895年)日本割占台湾之后，台米从此不再由厦门转运大陆各地，而是输运到日本。
(一)港口 航线
清朝统一台湾的次年，即康熙二十三年(1684年)，清政府有限制地开放海禁，正式设立厦门与台湾鹿耳门对渡口岸。在此后100年内，厦门是大陆与台湾交通联系的惟一口岸。台湾商人将稻米分别从台湾府各县集中到鹿耳门，分派商船配运到厦门，再由厦防厅查收，然后组织转运。在单口对渡时期，鹿耳门和厦门承担着“台运”的全部任务。乾隆四十九年(1784年)和乾隆五十三年，清政府先后增开泉州的坩江口与台湾漳化的鹿港、福州的五虎门与台湾淡水的八里坌两条对渡航线。从此，台湾、凤山、嘉义、彰化4县应运往内地的眷米兵谷分派三口拨运。
(二)运输方式
清初负责台运的商船，“皆由漳泉富民所制”，从厦到台贩运一次，可获利数千金。“台运”米谷配运的数量，是以商船梁头的尺寸为标准，根据尺寸大小，每船配运100～300石不等。乾隆三十七年(1772年)，规定糖船配谷160石，横洋船配谷80石，遇闰年加倍配运。横洋船是由厦门对渡台湾鹿耳门的商船，其船身梁头在2丈以上。糖船是违例自台湾载糖到北方贸易的横洋船，其船身较大，因为违例，所以要加倍配运。后又规定鹿耳门口糖船配谷360石，横洋船配谷180石；鹿港的厦门商船配谷180石，蚶江商船配谷140石。乾隆五十九年后，由于水灾、械斗等原因，漳泉之民贫困，泛海之艘日稀。嘉庆十四年(1809年)后，规定横洋船和糖船仍照旧例配谷外，其余船只照梁头大小配谷。如果配运的是米，则运数一律减半。到后期，官兵胥吏敲诈勒索，商船获利日减，因此许多商船有意规避配运，致使台湾稻谷大量积压。为了解决台运问题，官方只好雇用商船，派遣专员输运稻谷。“专运”始于嘉庆十六年。道光年间，清政府已经雇用4000余艘军粮船，穿梭于厦门与台湾之间，输运兵眷米谷。道光七年(1827年)后，改变照梁头尺寸大小配运的办法，规定除横洋船和糖船仍照旧例配谷外，大号厦门商船配谷180石，小号配谷150石，蚶江大船配谷100石，小船配谷80石，五虎门商船一律配谷150石。
(三)运 量
厦门在“台运”过程中起着举足轻重的作用，其中厦门—鹿耳门航线，就占三口配运总额的一半以上；加上厦门商船到鹿港和八里坌配运回来的数额，以及由厦门口出入的蚶江商船配运的数额，比例就更大。
“台运”开始时，每年运谷2.1万余石，作为“班兵”(戍台士兵，3年一换，称为“班兵”)的月粮。雍正五年(1727年)，每年加谷2.4万余石,作为金厦提镇兵丁的月米。雍正十年,又加运谷1.5万余石,作为督标等四营兵丁的月粮。乾隆、嘉庆时期,“台运”达到鼎盛。乾隆十年(1745年)开始，再增加1.4万余石为闽安、南澳等营兵丁的月粮。后来再增加到每年运谷8.6万多石。乾隆四十六年，开始增加“班兵”眷口的米谷，每年需2万多石，加上福州、兴化、厦门、南澳各府厅及闽县、侯官等14个县的兵米，总计需运谷8万多石。嘉庆二十三年(1818年)，通过专运，从台湾运来的台米达7万石。道光五年(1825年)达8万多石。
(四)管 理
台运由厦门海防同知全权掌管，在当时是厦门的要政。商船从台湾出发时，先由台防同知稽查运配。商船到厦门后，再由厦防同知稽查收仓并转运福建各地。厦门城南玉沙坡的“文汛口”是盘验出入渡台商船的正口，厦防同知为司口专员，负责挂验牌照，稽查水手旅客，给照放行，并验收台运兵眷米谷。
载运到厦门的台米台谷,贮藏在厦门石浔巡检司署左侧80间官仓“恒裕仓”(俗称“厅仓”)中。据乾隆六十年(1795年)查盘仓库的记载，此年“恒裕仓”贮藏的台谷为4.4万石。到道光年间,贮藏由台湾嘉义县征收的、分配给商船入仓的台谷为2.41万石。除了厅仓外，在厦门海防署附近还建有“泉防厅仓”，在城北海岸边建有“惠济仓”和“厦门社仓”等。
厦防厅储备厦门水师提标五营及金门镇标两营的兵粮，每年由鹿耳门港运嘉义县正供谷到厦门。龙溪县所需兵粮拨自台湾县，福州、南澳、海澄、漳浦、平和、诏安等府、厅、县所需兵粮眷米拨自高雄凤山县，这些粮食全部由厦门商船配运，从鹿耳门口载到厦门，再由厦防厅拨船转运各地。鹿耳门口每年要运澎湖兵谷1.33万石,也由厦门商船配运,厦防厅负责验明造报。莆田、晋江、南安等县的兵眷米拨自嘉义县和彰化县，由鹿港配运到蚶江口再转运各地。厦门商船到鹿港贸易，或蚶江商船从厦门往来鹿港，全部听命于鹿港厅的派拨，载运兵米回厦，再由厦防厅拨船转运。厦门商船到八里坌贸易，也由淡水厅酌量配运米谷到厦，再由厦防厅拨船转运。
“台运”的运费，按规定每石谷给银6分6厘，各港情形略有不同。鹿耳门运至厦门，每石谷运费为银8分，鹿港运至蚶江每石谷为银4分4厘。而商船载货一石，运费有3～6钱不等，比“台运”价格高出几倍。由于米谷运费低，且商船还要载货远至宁波、上海、天津等地贸易，往返费时，官谷积压船仓过久会变质，负责台运查验收仓的仓吏兵丁又乘机多方挑剔、敲诈勒索，加上海上运输风险大，商船往往不愿配谷。许多商船有意规避配运，或以银折谷配运，或干脆不由正口出入，而由私口偷越。