(一)鼠　疫
　　据记载，厦门发生鼠疫流行始于清光绪十年(1884年)，终息于1951年。首发病例在梧村双涵。首次流行是来自香港的船运传入，很快蔓延至市区与郊县，并通过水陆交通传播至邻近地区，波及全省。
　　据不完全统计，自光绪十年至1951年的68年间，厦门市鼠疫流行59年次，有2051村(街)次发生鼠疫，发病6.55万人，死亡5.88万人，病死率达89.71％。据史料记载,厦门市曾在黄胸鼠、褐家鼠、小家鼠和臭鼩鼱检出鼠疫杆菌；印鼠客蚤、缓慢细蚤、不等单蚤和优胜病蚤是主要媒介动物。
　　50～60年代，市防疫站等单位曾开展鼠疫监测工作,但均呈阴性。1979年起，市防疫站与郊区防疫站开展鼠疫监测，捕获鼠形动物数千只和大量蚤类进行检验，其中仅1987年9月23日在海沧镇石塘村捕获的1只臭鼩鼱其血清经福建省卫生防疫站作放射免疫检验呈阳性(1∶200)。此后,集美区和同安县每年均开展鼠疫监测,1991～1995年，共检鼠血清7562份，细菌培养1216份，均为阴性。
　　 (二)霍　乱
　　据记载，厦门霍乱最早出现在清道光二十三年(1843年)。据不完全统计，自道光二十三年至民国38年(1843～1949年)的107年间，共有18年次发生霍乱流行，发病1847人，死亡892人。民国21年，霍乱在厦门流行，6～10月，发生霍乱病例1648人，死亡758人，病死率46%，流行凶猛为全国历史罕见。此次霍乱流行的原因是当时驻上海的十九路军在撤退泉州时，霍乱随之传入厦门。
　　中华人民共和国成立后，厦门市政府贯彻中央提出的卫生工作四大方针，把预防工作放在首位，积极采取消灭霍乱的措施，各县区全面实行霍乱菌苗预防接种。各级卫生行政部门均成立肠道传染病防治领导小组，与泉州、漳州、汕头等地建立联防，互通信息情报，并把常年设置肠道门诊作为各医疗机构目标责任制的考核内容；各医院及时设立抢救治疗小组救治病人与隔离消毒；各级防疫站加强监督监测、卫生防病知识宣传和对各级卫生技术人员的业务培训；实行腹泻病门诊旬报、月报制；外环境与食品监测月报制和加强疫情报告网建设及疫情报告管理制度；及时开展疫点流行病学个案调查与疫点处理工作；大力开展“三管一灭”(即管水、管粪便、管理饮食和消灭苍蝇)等综合性防治措施，使该疫病得到有效控制。
　　1950～1995年，共发生流行9年次，发病371人，死亡9人。多为散在性流行，以1户1例为主。其传播途径多经水传播和食物传播。
　　 (三)天　花
　　据史料记载，清宣统元年(1909年)是厦门发生天花流行的最早年份。除发生正型天花、轻型天花外，还发生出血型天花，俗称“出乌珠”，症状凶，死亡率高。其后多次发生流行，其中民国20～21年(1931～1932年)、民国23年、民国37～38年的3次流行中,报告病例1320人，死亡398人。当年厦门被宣布为天花疫港。最后1例天花病人发生在1950年4月。
　　1950年起，实施全民义务接种牛痘及加强国境卫生检疫，有效地控制、消灭天花的发生。