南安县属南亚热带雨林，据县自然资源调查，县境内原生植被残存极少，只有香樟榕树、福建青岗、黄杞、石楠、闽粤栲、竹柏、花榈木、水加橧、鹅掌紫零星分布在山区山洼和沟旁。目前，山地植被以马尾松、杉木、汕茶、相思树灌丛为多，也有一些中生、旱生的草本植物群落，以及龙眼、荔枝、芒果、橄榄等长寿龄水果，大部植被均为人工栽培。按植物界分类系统，本县共有菌藻、苔藓、蕨类、种子四种植物门，分为154科、607种类。
　　菌藻植物主要是：灵芝(木灵芝)、茯苓、紫芝，毛木耳、香菇、蘑菇，海带(昆布)，浒苔(苔条)，孔石　(白昆布)，海蒿子(海藻)，坛紫菜(紫菜)、石花菜、江蓠(海面线)。
　　苔藓植物主要是：角苔，列胞耳叶苔，大叶凤尾藓，卷叶凤尾藓，鳞叶水藓、羽枝水鲜，银叶真藓。
　　蕨类植物主要是：石松(伸筋草)，垂穗石松(铺地蜈蚣)，卷柏(还魂草)，兖州卷柏(山扁柏)，翠云草(龙爪草)，深绿卷柏(石上柏、龙鲙草)，节节草(接骨草)，笔管草(毛筒草)，瓶尔小草(蛇尾草)，海金沙(洗鼎藤)，金毛狗脊(金狗仔)，芒萁(山芒)，圆盖阴石蕨(老鼠尾)，乌蕨，贤蕨(金鸡孵蛋)，贯众，凤尾草(壁脚草)，金星蕨，半边旗，乌毛蕨，中华金粉蕨(野鸡尾、土黄莲)，掌叶铁线蕨(乌脚枪、铁扇子)，乌韭，槲蕨(石岩姜)，江南星蕨(大号石苇)，金鸡脚(鹅掌金星)，石苇(鹿含草、石剑)。
　　裸子植物主要是：苏铁(铁树)，竹柏，南洋杉，小买麻藤(山雀山)，银杏(白果)，马尾松(青松、松柏)，湿地松，火炬松，华山松，黑松，汕松，杉(杉木、刺杉)，水杉，柳杉池杉(池柏)，侧柏(扁柏)，柏木(垂丝柏、垂柏)，桧(桧柏、圆柏)，花柏、龙柏(桧柏)，福建柏。
　　双子叶植物主要是：木麻黄，五味子，穿山龙，草珊瑚(九节茶)，马兜铃(青木香)，棱枝槲寄生(柿寄生)，银桦，木防己，粉防己(石蟾蜍)，瓜馥木，三角枫(三角槭、鸡瓜槭)，杜仲，杨梅，黄杞，枫杨，枫香、□木、蚊母树，悬铃木，紫茉莉(胭脂花)，商陆(土高丽)，黄花远志(观音串)，山杜英(杜英)，石榴(射榴)，使君子(色干子)，紫树，圆叶(引水草)，白檀，山矾，南岭荛花(山埔银)，仙人掌，仙人球，番木瓜，鸡蛋果，橄榄，木棉(红棉)，凤仙花(指甲花)，睡莲，荷莲豆草，马齿苋(猪母菜)，人心果，柿树，车前(五根草)，白花败酱，星宿菜(水柯)，离根香(肉桂草)，虎皮楠，厚朴，荷叶玉兰，玉兰，含笑花，白兰(白兰花)，黄兰，火力楠、辛夷(木笔花)，八角茴香(大茴)，威灵仙，柱果铁线莲(威灵椇)、短萼黄莲(黄莲)、禺毛茛，樟(香樟)，肉桂、阴香、天竺桂(土肉桂)、豹皮樟(过山香)、无根藤、乌药(台乌)、山苍子(山鸡椒)，山□(石南藤)、风藤(海风藤)、石蝉草，扁蓄、腋花蓼(花蓼)、火炭母、刺蓼、杠板归(犁头刺)，何首乌、虎杖(土川七)、羊蹄(癣草)。十大功劳(土黄柏)、庐山小□(癣草)，桑(蚕桑)、枇芝(山荔枝)、薜荔(乒抛)、榕树(情树)、粗叶榕(大号牛乳)、爬藤榕(铁牛入石)、变叶榕(天仙果)、波罗蜜，板栗(栗子)、锥粟、闽粤栲、南岭栲、苦槠、石砾、青岗栎，李、桃、梅(酸梅)、梨、枇杷、石楠、石斑木、小果蔷薇(七姐妹)、金樱子、月季、玫瑰、寒莓、山莓、蓬□(竖藤火莓刺)、茅莓(火莓剌)、蛇莓、地榆、委陵菜、木瓜，苧麻(野山坠)、糯□(石薯)、墙草，旱柳(柳树、河柳)、垂柳(倒栽柳)，柑、桔、枸橼(香杨)、佛手(佛手柑)、柚(抛)、酸橙、代代花(枳壳)、温州蜜柑、青椒、樗叶花椒、野花椒、勒欓、两面针、枸梏(枳实)、山桔(金桔)、黄□(黄柏)，臭椿(樗)、鸦胆子(苦参子)，楝树(苦楝)、川楝、香椿(白椿根)，小果倒地铃(倒地苦楝)、无患子(肥皂树)、荔枝、龙眼、车桑子(石故纸)，土荆芥(土汕草)、地肤(扫帚草子)，土牛七、空心莲子草(水蕹菜)、莲子草、红草(红节节草)、刺苋(乌苋)、野苋(白苋)、青葙(牛尾结)、鸡冠花，铁苋菜(海蚌含珠)、金边桑(木本金线莲)、三年桐、千年桐、石粟、黑面神、重阳木(加冬)、巴豆、金刚藤(霸王鞭)、铁海棠(鸟不宿)、飞扬草(节节花)、地锦花(小号乳仔草)、毛果算盘子(山吉贝)、算盘子(山桔仔、馒头果)、白背叶(白匏仔、白背叶野桐)、石岩枫(加吊藤)、余甘子、叶下珠、蓖麻(土蓖)、乌桕(山乌桕)，南酸枣(酸枣树)、芒果(檨子)、野漆(山漆)、盐肤木(山杜仲)，毛冬青、铁冬青、小果冬青、冬青(观音茶)，哥兰叶(大叶南蛇藤)、疏花卫茅(大丁癀)、雷公藤(山砒霜)，拐枣(拐子枣)、铁包金(碎米珠)、雀梅藤，黄蜀葵、木芙蓉、玫瑰茄、朱槿、磨盘草(土砻盾)、赛葵(山桃仔、白背黄花稔、肖焚天花(山加藤)、焚天花(小山加藤)，梧桐，蛇婆子(仙人抛网)、山芝麻(山汕麻)，茶(茶树)、山茶、汕茶、木荷、柃木、细齿叶柃木、黄瑞木，葡萄、山葡萄、蘡薁(山红羊)、乌剑莓(五叶藤)、白米藤、扁担藤(扁藤)，番石榴(那佛)、桃金娘(中哖)、大叶桉、柠檬桉(蚊仔树)、柳叶桉、细叶桉、赤楠，五加、□木(刺江某)、树参、鹅掌柴，积雪草(蚶壳草)、芫荽、胡萝卜(红萝卜)、天胡荽(遍地锦)，水龙(水蕹菜)、丁香蓼(水丁香)，地艹芩(小号狗螺)、野牡丹(王不留行)、金锦香(硬地丁)，葡伏堇(疔草)、长萼堇菜(犁头草)，元宝草(对莲)、地耳草(黄花草)，阳桃(风鼓)、酢浆草(咸酸甜草)、红花酢浆草，芥菜、油菜、萝卜(菜头)、蔊菜(山芥菜)，锦地罗(金雀梅)、茅膏菜(粒蝇草)，落地生根、瓦松(窄叶荷草)，合欢、楹树、南洋楹、落花生(涂豆)、龙须藤(梅花入骨丹)、望江南(羊角豆)、决明(草决明)、刀豆、猪屎豆、野百合、木豆(观音豆)、排钱草、葫芦茶(金剑草)、扁豆(白扁豆)、刺桐、皂荚(皂角)、截叶铁扫帚(半天雷)、美丽胡枝子(胡枝子、古苏花)、香花崖豆藤(单环鸡血藤)、常春汕麻藤(黑血藤)、蔓性千斤拔(一条根)、绿豆、野葛(葛藤)、苦参、密花豆、豇豆(菜豆)、丁葵草(小一条根)、相思树、猫尾树、藤黄檀、南岭黄檀、凤凰木、花榈木、亮叶金龟子、红豆树(不知春、不见春)，忍冬山银花(金银花)、陆英(水椿根)、接骨木，杜鹃(映山红、满山红)、享利杜鹃、丁香杜鹃、羊踯躅(闹羊花)、小果南烛、乌饭、大叶乌饭、卡氏乌饭、鼠利乌饭，梓树(水桐)、木蝴蝶(故纸)，阿利藤(过山香)、长春花、羊角拗(土巴戟，羊角扭)、络石(钳壁龙)、黄花夹竹桃、酸果藤，女贞子、茉莉(茉莉花)、木犀(桂花)，野枇杷(长叶紫珠)、杜虹花(贼仔草)、过江藤(雷公锤草)、兰香草(山薄荷)、臭茉莉、海州常生、大青(山皇后)、马缨丹(臭草)、假连翅(爱国刺)、马鞭草、牡荆、蔓荆、单叶蔓荆、黄荆、山牡荆，辣椒、构杞(山构杞)、烟草、苦□(炮仔草)，少花龙葵(七粒扣)、白英(白毛藤)、紫花茄(金吊钮)、黄果茄、野茄树，泡桐、玄参、野甘草(山甘草)、独脚金(疳积草)、长果母草(见天红)、旱田草、母草、陌上番椒、阴行草(刘寄奴)、蚊母草(接骨仙桃)，朱沙根(山豆根)、百两金、凉伞树，狗肝菜(乌疔草)、爵床(麦穗癀)、穿心莲(一见喜)、马兰(青黛)、九头狮仔草(六角英)，细叶水团花(水杨梅)、白花蛇舌草、伞房花耳草、纤花耳草、黄毛耳草(过路蜈蚣)、白马骨(六月雪)、玉叶金花(甘草茶)、茜草(草本入骨丹)、钩藤(双勾)、枙子(横枙子)、蔓九节、大花枙子(水黄枙)、剑叶耳草、鸡矢藤，冬瓜，西瓜、丝瓜(鼠瓜)、茅瓜(土瓜)、木鳖、苦瓜(红羊)、双边栝楼、栝楼、王瓜(假瓜蒌)，杏叶沙参、羊乳(四叶参)、土党参、半边莲、东财山梗菜(山梗菜)、桔梗、兰花参(金丝吊葫芦)，蓟(鸡甲刺)、刺儿菜(小蓟)、夜香牛(搜山虎)、地胆草(牛托鼻)、白花地胆草(大号牛托鼻)、一点红(叶下红)、华泽兰、佩兰、六角(六达草)、芙蓉菊牡蒿、茵陈蒿、野艾(艾草)、艾(家艾)、黄花蒿、金挖耳、胜红蓟(白花臭草)、山苦荬(兔签草)、苦荬菜、向日葵、豨草(黄花右骨消)、鳢肠(田乌草)、菊(白菊花)、野菊花(草菊)、千里光(山黄菊)、一枝黄花(黄花仔)、毛大丁草(一枝香)、杏香兔耳风、三叶鬼针草、鹅不食草、香菇、白背鼠粬草(天青地白)、鼠粬草、秋鼠粬草(冲天白)、安南草、羊耳菊(生毛将军)、马兰、裸柱菊、蟛蜞菊(卤地菊)、苍耳(羊带来)，大尾摇(目鱼草)、小花琉璃草(牙痛草)，石见穿、贵州鼠尾(血盆草)、石香薷(华荠苎)、益母草、半枝莲(向天盏)、韩信草(大向天盏)、紫苏、活血丹(肺风草)、薄荷、白绒草(白花仔)、地瓜儿苗、凉粉草(新草)、罗勒(兰草、九层塔)、荆芥，打碗花(肾叶天剑)，马蹄金(黄胆草)、土丁桂(过饥草)、五爪金龙、二叶红薯(马鞍藤)、蕹菜(空心菜)、甘薯(番薯)、裂叶牵牛(牵牛子)，中华补血草(盐云参)、白雪花(千里急)。
　　单子叶植物主要是：泽泻，棕榈(棕树)、棕竹，谷精草(谷精珠)，鸭舌草(田菜)、少花鸭舌草，对叶百部(百部)，射干，香蕉(弓蕉)，灯芯草，凤梨(波萝、黄梨)，荩草、香茅(香草)、薏苡、狗牙根、牛筋草(牛顿草)、白茅(含草官)、淡竹、五节芒(竿芒)、铺地黍(竹管草)、金丝草(笔尾草)、毛竹(大竹)、芦苇(芦竹)、狗尾草、甘蔗(蔗)、鹧鸪草、细毛鸭咀草、雄割萱、咸草、麻竹、藤枝竹，莎草(土香头)、水蜈蚣(三角草)、水葱、刺子莞，芦荟、蕌头(薤白)、韭菜、葱、大蒜、天文冬、吊兰(倒吊兰)、万寿竹、萱草(金针菜)、百合、麦冬、华重楼(七叶一枝花)、多花黄精(黄精)、菝葜(狗骨刺)、草菝葜(牛尾结)、光叶菝葜(土茯苓)，菖蒲(水菖蒲)、石菖蒲(溪菖蒲)、海芋(姑婆芋)、魔芋(天南星)、粤万年青(万年青)、半夏、独角莲(土半夏)，鸭跖草(竹仔草)、饭包菜、杜若、吊竹梅(红鸭舌草、鸭舌红)，福州薯蓣、黄独(土首乌)、薯蓣(淮山)、日本薯蓣，阳春砂(砂仁)、山姜(土砂仁)、益智、高良姜、姜黄、莪术、姜(生姜)，建兰(官兰花)、高斑叶兰(石蕉、溪蕉)、石仙桃(石橄榄)、细叶石橄榄(石枣)、绶草(仙龙抱柱)，仙茅(山棕仔)、石蒜(鬼蒜)、龙舌兰。