福建省宗教门类齐全，是全国汉族地区信教群众和宗教活动场所较多、宗教工作任务较重的省份。据1988年统计，全省五大宗教可统计的教徒人数在63万以上，宗教活动场所4750座。其中：佛教有僧尼1万多人、居士7万多人，寺院2757座，批准开放259座，寺院数和僧尼人数均居汉族地区首位；基督教有教徒37万人，批准开放的教堂468座；天主教有教徒18万人，批准开放的教堂148座；道教有道士、道姑70多人，批准开放的宫观2座；伊斯兰教有教徒1350人，批准开放的清真寺4座。此外，名目繁多的民间信仰、民间崇拜活动相当盛行，特别是在闽南沿海地区的群众中有相当广泛的影响。
　　福建省宗教活动历史悠久，与海外联系密切，特别是佛教同东南亚各国和日本及港澳台地区关系密切，省内许多名山古刹在海外设有下院。菲律宾、新加坡、印度尼西亚、马来西亚等国的佛教领袖大多为闽籍僧人。日本佛教两大宗派黄檗宗、真言宗和福建省渊源很深，黄檗宗尊福清市黄檗山万福寺为祖庭。伊斯兰教则因著名的泉州清净寺、先贤墓等国内罕见的史迹和“海上丝绸之路”的独特的历史价值，在发展中国同伊斯兰世界的友好往来方面具有重要的作用。福建省基督教界与海外联系也很密切，到1990年已与20多个国家和地区的基督教友好团体和人士互有来往。道教界也同台、港、澳和东南亚地区有较多的联系。
　　(一)设立工作机构
　　1951年8月，根据中央人民政府政务院命令：“……兹鉴于各地宗教事务日益繁重，必须加强指导，决定在宗教工作较多之省、市及省辖市，亦均设立宗教事务处。”省委、省人民政府批准成立福建省人民政府宗教事务处兼福州市人民政府宗教事务处。1952年9月后，各行政专区也相继设立宗教事务处。
　　“文化大革命”期间，省和各地宗教工作部门受到严重冲击，工作停顿，机构瘫痪。
　　粉碎江青反革命集团后，1978年4月,省委在批复省委统战部《关于统战部、外事办分开设置，设立侨务办公室及编制的请示报告》中，批准恢复设置省革命委员会宗教事务处。随后，福州、厦门等重点地(市)、县也先后恢复或新设宗教事务处、局。
　　1983年5月4日，省委下发《关于改革省级机关机构设置的通知》，决定将宗教事务处改为宗教事务局，为二级机构。
　　(二)贯彻宗教政策
　　尊重和保护宗教信仰自由，是中国共产党对待宗教的基本政策。中华人民共和国成立后，遵照党中央对宗教工作的方针、政策，在省委、省人民政府的领导下，宗教工作部门和其他有关部门密切合作，结合各时期的中心任务，积极开展工作。
　　1950年至1951年，福建各级党委和政府积极支持和推动基督教和天主教界爱国人士和信教群众，开展反帝爱国运动，清除教会中的帝国主义势力，推行“自治、自养、自传”和“独立自主，自办教会”的方针。1950年10月7日，闽南各地基督教界爱国人士纷纷集会，声明爱国立场，坚决拒绝接受帝国主义的任何“资助”。1951年1月至2月，福州、厦门、漳州、泉州等市基督教、天主教界爱国人士和信教群众纷纷发表“抗美爱国宣言”、“三自革新”等宣言。1951年4月，召开全省天主教界反帝爱国代表座谈会，通过《告全省神友书》。在此期间，朝鲜战争爆发，美帝国主义出兵朝鲜，同时，又派军舰进入台湾海峡，严重威胁中国的安全，继而，美国政府宣布管制中国在美国的公私财产，这一系列事件激起中国人民的强烈愤慨。省内基督教、天主教界也受到强烈震动和深刻教育，积极投入反帝爱国运动。1958年2月和10月，福建省基督教三自爱国运动委员会筹备委员会和福建省天主教爱国会筹备委员会相继成立。基督教和天主教开始由帝国主义的侵略工具变为中国教徒独立自主自办的宗教事业。
　　在佛教、道教方面，结合土地改革运动，推动和引导佛教、道教进行民主改革，废除宗教封建特权和压迫剥削制度，揭露和打击披着宗教外衣的坏分子，使佛、道教摆脱反动阶级的控制和利用，成为信教群众自办的宗教事业。1958年4月，中国佛教协会福建省分会筹委会成立。
　　党和政府对宗教人士实行争取、团结、教育的方针，团结宗教界的广大爱国人士。不少宗教界代表人物当选为各级人大代表和政协委员，参与国家、地方的政治生活和大政方针的讨论和协商。
　　“文化大革命”期间，宗教信仰自由政策被全盘否定，宗教工作被取消。各级宗教爱国组织被迫停止活动，全省寺观教堂被查抄、关闭或摧毁，宗教界人士和信教群众受到迫害，正常的宗教活动被禁止。
　　粉碎江青反革命集团以后，特别是党的十一届三中全会以后，党和政府纠正了“文化大革命”的错误，实现宗教工作指导思想上的拨乱反正，正确的方针政策逐步得到贯彻。
　　1978年11月，省委召开第一次全省宗教工作会议，传达中共中央转发中共中央统战部《关于当前宗教工作中急需解决的两个政策性问题请示报告》的通知。1979年3月，省委召开第二次全省宗教工作会议，学习、讨论中共中央转发中共中央统战部《第八次全国宗教工作会议纪要》的通知，省委统战部部长袁改在会上作关于贯彻执行中央文件的意见的讲话。省委两次宗教工作会议后，于1979年5月11日，下发《关于坚决贯彻执行中共中央［1978］65号和［1979］10号文件的通知》，要求各级党委要充分认识宗教工作的重要性和长期性，切实加强领导，把宗教工作列入议事日程，主管统战工作的书记或常委要亲自抓；并提出了当前首先抓紧做好以下两项工作：(1)根据中央指示，经过调查研究，提出开放教堂寺庙的方案，报请省委批准。(2)落实对宗教人士的政策，妥善解决他们的政治和生活待遇问题，彻底平反和纠正冤、假、错案，对迫害致死的应予昭雪，长期下放的应予收回。同年8月26日，省委统战部在厦门召开全省宗教工作干部会议，讨论贯彻执行问题。次日，厦门市基督教新街礼拜堂举行开放仪式，这是“文化大革命”后全省第一个开放的基督教堂。随后一年多的时间内，重点地、市和县恢复了宗教工作机构并配备了干部；并抓了宗教界人士的落实政策工作，对一些具有代表性的宗教界人士在政治上作了适当安排，省和一些地方的宗教团体开始恢复活动；福州、厦门、漳州、泉州等地(市)陆续开放了一些寺庙教堂。
　　1980年6月13日，省委召开第三次全省宗教工作会议，研究部署进一步落实宗教政策，加强宗教事务的管理，抵制外国宗教渗透等工作。省委书记伍洪祥到会讲话。省委统战部部长袁改在会上作报告。会后，全省继续开放一批宗教活动场所(截至1981年8月，全省批准开放教堂69座，活动点55个，寺庙30座)；省和各市、县爱国宗教团体恢复活动，新成立了省天主教教务委员会和省基督教协会；继续平反和纠正宗教界人士中的冤假错案；部分市、县落实宗教团体的房产房租政策，解决了一部分教会的自养问题；一些地方在党委领导下，开展了同海外宗教势力的渗透活动和利用宗教进行违法、破坏活动的斗争。
　　1981年8月27日至9月2日，省委召开第四次宗教工作会议，会议学习中共中央有关宗教工作的指示，检查第三次宗教工作会议以来的工作情况，交流经验，提出继续肃清“左”的影响，全面贯彻党的宗教政策，打击披着宗教外衣进行违法、破坏活动的反动分子，继续同海外宗教势力的渗透活动作斗争。会议期间，省委常委会听取会议情况的汇报，省委书记伍洪祥到会讲话。
　　1982年3月，中共中央下发《关于我国社会主义时期宗教问题的基本观点和基本政策》的文件，这是中国社会主义时期指导宗教工作的纲领性文件。5月，省委发出《关于认真学习和贯彻中央［1982］19号文件的通知》，指出中央19号文件的贯彻落实，对于国家的安定和民族的团结，对于团结全体信教和不信教的群众，共同建设社会主义现代化强国，具有重要的现实意义和深远的影响。各级党委一定要有力地领导并组织有关部门把这项重要的工作切实地抓起来。7月，省委将学习贯彻中央19号文件，列入地(市)委书记会议议程。随后各地(市)委和宗教工作的重点县(市)委也先后召开宗教工作会议，贯彻中央文件精神，部署落实措施。
　　1983年10月，由省委、省人民政府等五套班子联合组成落实政策检查团，把检查宗教政策的落实列为重要内容之一。省委领导人项南、伍洪祥、袁改分别检查了漳州南山寺、福州鼓山涌泉寺、泉州开元寺。
　　1985年3月18日至19日，省委召开第五次宗教工作会议，省委书记项南在会上作《要认真落实党的宗教政策》的讲话，省委常委、省委统战部部长张克辉作《统一认识、加强领导、进一步做好我省宗教工作》的讲话。会议检查全省宗教工作情况，着重讨论正确认识社会主义时期宗教问题和加强党对宗教工作的领导问题。
　　由于对中共中央文件反复进行宣传教育和深入贯彻执行，福建省的宗教工作取得重大成绩。据1985年统计，全省平反纠正宗教界的冤假错案362起，补发“文化大革命”中停发工资54万元，迁回被遣送山区的宗教职业人员141人，清退被占用的宗教房产66.2万平方米，清退房租62万元；各级宗教爱国人士的代表人物在政治上得到适当安排，共有283人被选为各级人大代表和政协委员，全省经批准开放的宗教活动场所有：基督教堂406座，简易活动点67处，天主教堂101座，简易活动场所20处，佛教寺院260座，其中14座列入全国佛教重点寺庙，伊斯兰教清真寺4座。同时，帮助宗教界修缮这些活动场所。全省恢复和建立了各级爱国宗教组织128个。这些爱国宗教组织协助党和人民政府贯彻宗教信仰自由政策，维护宗教界合法权益，组织正常宗教活动，成为党和人民政府争取、团结和教育宗教界人士的“桥梁”和“纽带”，1983年起，福建省先后开办和复办了福建佛学院、闽南佛学院、福建神学院、福建天主教男女修院等4所省级宗教院校及一些地(市)级宗教院校、培训班，培养一批年轻的爱国宗教教职人员。宗教团体和广大信教群众在独立自主自办教会的同时，面向社会，在扶贫救灾、助教助残、社会公益等方面做了不少好事。
　　1987年至1990年，省委常委会议、省人民政府常务会议多次专题听取宗教工作汇报，研究宗教工作形势和今后工作意见，要求各地各单位领导要根据中央文件精神，结合省内宗教问题的复杂性，认真分析，进一步加强对宗教工作的领导，解决宗教工作机构、经费方面的一些困难问题。
　　(三)管理宗教事务
　　中华人民共和国成立后，福建省各级党委和人民政府在认真宣传贯彻党对宗教工作的路线、方针、政策，依法保护人民群众宗教信仰自由的权利的同时，依照国家有关政策、法令对宗教事务进行管理，制止和打击利用宗教进行的非法违法活动，巩固国家政权，维护了生产、生活和社会秩序。
　　1950年，福建省镇压了天主教“福宁教区”中一些反革命分子的武装暴乱。随后，取缔了全省各地天主教“圣母军”和一些地区的天主教“中国平民革命军”、“德兰姐妹会”以及基督教的“恩曲院”等反动组织。依照国家有关法规、法令，福建省有关部门接管了外国教会所办的学校、医院、企业、慈善事业等367个，驱逐190多位帝国主义传教士，清除了教会中的帝国主义势力。
　　1956年，在全省天主教和基督教“小群派”中，开展肃反运动，肃清隐藏在宗教界中的一些反革命分子和坏分子。
　　1957年至1966年，福建省的宗教活动基本正常。“文化大革命”期间，由于林彪、江青反革命集团在宗教问题上把信教群众当作专政对象，使宗教活动处于秘密和分散状态，少数反革命分子和坏分子趁机在宗教活动掩盖下大搞违法犯罪活动和反革命破坏活动。
　　1978年，在境外敌对势力的策动和扶持下，闽东天主教内个别神职人员利用部分教徒对“文化大革命”中宗教政策遭破坏的不满情绪，多次秘密串联、聚议，成立福建第一个天主教非法组织“福建总牧区”，进行有组织、有领导、有计划的非法活动。1982年，有关部门明令取缔“福建总牧区”，先后依法逮捕、收审多名进行非法活动的骨干分子，查封了秘密活动点和非法出版物。
　　1979年，境外“呼喊派”邪教组织乘改革开放之机，派人入境联络原基督教“小群派”的部分骨干分子，策划建立“呼喊派”组织，蒙骗群众。1983年，全省开展打击取缔“呼喊派”邪教组织的第一次斗争，各地公安部门依法打击首恶分子和其他重要分子171人，查获一批罪证。
　　1985年，省内一些地区“呼喊派”邪教组织死灰复燃。7月15日，省委统战部、省公安厅、省宗教局联合向省委作了报告。根据省委的指示，全省各有关地(市)、县在当地党委和人民政府的统一领导下，严惩一批骨干分子和新的违法犯罪分子，第二次打击了“呼喊派”邪教组织。
　　1986年至1988年，境外敌对势力不甘心失败，又派人入境传达指令，策动福州、闽东天主教界坏分子先后成立“福州总主教区”和“闽东教区”两个秘密组织。1989年初，福建省召开有关地、市、县宗教局长会议，贯彻中央指示精神，就支持和依靠爱国神职人员，分化瓦解地下势力，团结广大信教群众等工作作了部署。9月，省委统战部和省宗教局联合下达《关于加强对我省天主教地下势力斗争的通知》。10月，陈明义副省长主持召开有省直11个单位参加的省人民政府宗教工作专题会议。1990年6月5日，省委书记陈光毅主持召开省委常委(扩大)会议，要求各级切实加强对宗教工作的领导，反对境外敌对势力的渗透，依法加强对宗教工作的管理。取缔非法组织，禁止非法活动，同时要加强正面教育，大力提倡社会主义精神文明，以正压邪。会后，下发了《中共福建省委、福建省人民政府关于加强宗教工作的领导，反对敌对势力的渗透，维护社会稳定的意见》，各级党政领导认真贯彻上级指示，正确处理宗教问题，依法加强对宗教事务的管理，使这两个宗教非法秘密组织被分化瓦解，促进了社会的稳定和发展。