(1966年8月中共中央主要领导人毛泽东主持召开了党的八届十一中全会，根据他的意见制定了《十六条》(即《中国共产党中央委员会关于无产阶级文化大革命的决定》)，其中规定“文化大革命”的目的“是斗垮走资本主义道路的当权派，批判资产阶级的反动学术权威，批判资产阶级和一切剥削阶级的意识形态，改革一切不适应社会主义经济基础的上层建筑，以利于巩固和发展社会主义制度”。这就是“斗、批、改”的内容。党的九大(1969年4月)后，“斗、批、改”的内容有变化，改变为：建立三结合的革命委员会，大批判，清理阶级队伍，整党，精简机构、改革不合理的规章制度，下放科室人员。)
　　1968年2月，中共中央、国务院、中央军委、中央文革小组作出关于福建问题的决定，并组成福建省革命委员会筹备小组，设法控制福建严重混乱局势。由于福建各群众组织之间意见分歧和连续不断的武斗，致使原定在3月成立的福建省革命委员会一再推迟。8月，在中共中央、国务院的一再敦促下，特别是在周恩来总理的亲自主持下，福建各派群众组织终于在北京达成协议。8月19日，福建省革命委员会和福州市革命委员会同时成立。韩先楚任福建省革命委员会主任，军队干部皮定均、朱耀华，地方干部蓝荣玉、叶松、伍洪祥、黄亚光，以及工人代表庄志鹏、田毓民，农民代表洪秀枞，学生代表郑火排、王云集等11人任副主任。在此前后，全省各地、市、县的革命委员会也相继成立。少数“靠边站”的地方领导干部进入各级革命委员会领导班子，一些熟悉经济工作的领导干部也回到生产指挥系统。
　　在全国极“左”思潮泛滥的形势下，刚刚成立的革命委员会，仍然主要“抓革命”、搞“斗、批、改”运动。“斗、批、改”在“清队”、“一打三反”、“清查五一六”、整党建党等历次运动中，把大批干部其中包括历史问题早已作正确结论的干部，打成“叛徒”、“特务”、“假党员”、“阶级异已分子”等。全省被立案审查的脱产干部近5万人，占干部总数的15.7％，其中，处以上干部1500余人，占处以上干部总数的47.5％。全省立案审查的有17万余人，未立案而受审查和冲击的有20余万人，加上受株连的亲属，直接受害的达200万人左右，被迫害致死的有7500余人。(中共福建省落实政策办公室：《关于完成复查“文化大革命”案件善终工作情况的报告》，1982年12月8日。)许多反对“文化大革命”，特别是抵制和反对林彪、江青反革命集团倒行逆施行为的干部和群众，遭到残酷打击和迫害，被定为“反革命分子”的达345人。因为刘少奇等老一辈无产阶级革命家鸣不平，反对林彪、江青等人，而被定为“反革命分子”的福清陈寿图、三明赵大中分别遭到杀害和迫害。
　　从1968年秋起，各地普遍开展“斗、批、改”运动，运动持续六七年之久。10月25日，福州军区、福建省革命委员会指示各地：立即掀起革命大批判和清理阶级队伍的新高潮，逐步地审查、挑选一批产业工人，组织“工人毛泽东思想宣传队”(简称工宣队)进驻学校和没有搞好“斗、批、改”的重点单位，去领导那里的“斗、批、改”。所谓“斗”、“批”，即斗“走资派”，批“资产阶级反动权威”，把大批领导干部当成“走资本主义道路的当权派”，把大批专家、学者当成“资产阶级反动学术权威”,进行批斗。后来这种批斗扩展到对待不同观点的一般干部和群众。“清理阶级队伍”贯穿“斗、批、改”运动全过程，实际上是一次大规模的“群众审查干部运动”，整所谓家庭成份不好的干部，批斗领导干部和“有问题”的干部。除派出“工人毛泽东思想宣传队”外,还派出“解放军毛泽东思想宣传队”和“贫下中农毛泽东思想宣传队”(简称“工宣队”、“军宣队”、“贫宣队”)占领上层建筑领域，领导管理全省大中小学校以及部分科研、卫生、新闻出版等部门。与“清队”相配合，1970年初起在群众中开展“一打三反”运动。运动虽然打击了一部分坏人，但也制造了许多无中生有的反革命案件,伤害无辜群众。至1972年底，“清队”、“一打三反”运动中的重点审查对象就达10.3万多人，其中定为敌我矛盾的有1.1万人。(中共福建省委：《落实政策汇报会中全省几个统计数字》，1973年。)
　　“斗、批、改”还包括所谓教育改革，废除历年来实行的统一考试、择优录取的招生办法。与此相适应，全省发动大中学生等知识青年上山下乡，“接受贫下中农再教育”。1969年1月23日，省革命委员会暨福州市革命委员会欢送福州市首批知识青年1264人赴闽北顺昌县山区插队落户。从1969年到1973年4月，全省共动员15.5万多名青年上山下乡。(中共福建省委：《落实政策汇报会中全省几个统计数字》，1973年。)
　　下放干部也是“斗、批、改”的一项重要内容。省革命委员会于1969年9月20日发出《关于下放干部问题的通知》，要求下放干部到农村宣传毛泽东思想、接受贫下中农再教育。10月12日，首批下放的省直机关4600多名干部和职工(包括科技人员、教员、演员)分赴各地农村。随后，省、地、县三级机关、企事业单位的干部和职工分散下放，连同家属和户粮关系也一起迁到农村，仅1969至1970年，全省各地共动员30余万城镇居民下乡落户。
　　整党建党是“斗、批、改”阶段的一项重要任务。根据中共中央主席毛泽东“五十字建党纲领”,(“五十字建党纲领”——“党组织应是无产阶级先进分子组成，应能领导无产阶级和革命群众对于阶级敌人进行战斗的朝气蓬勃的先锋队组织。”)把“对于阶级敌人进行战斗”作为建党的宗旨，要求党组织照此进行整顿和吸收新党员(“吐故纳新”)。结果一部分合乎条件的党员被错误开除党籍，一部分不合乎党员标准的人却被接纳为党员。
　　1970年4月，省革命委员会建立党的核心小组，由韩先楚、周赤萍、蓝荣玉、卓雄、朱耀华、黄亚光、叶松、谭启龙、朱绍清、严政10人组成，韩先楚任组长，周赤萍、蓝荣玉为副组长。核心小组临时行使党委的部分职权。核心小组成立后，开展“批陈整风”运动，集中批判原中共中央政治局常委陈伯达的反党罪行。同时，核心小组还对“文化大革命”以来福建的一些重大动乱事件进行检查。次年4月，在“整党建党”中省委恢复，在福州召开省委第二届委员会第一次全体会议，全会选举马兴元、叶松、江礼银、朱绍清、朱耀华、严政、杨思禄、卓雄、周赤萍、周曼天、倪南山、黄亚光、韩先楚、蓝荣玉、谭启龙为省委常委，韩先楚为第一书记，周赤萍为第二书记，卓雄、谭启龙、朱绍清、黄亚光、倪南山为书记。各级党委、党组织也相继恢复。
　　在“斗、批、改”中，贯彻“左”的指导思想，把国民经济调整时期推行的比较切合实际的经济政策视为“反革命修正主义路线”的产物；以阶级斗争代替生产建设，认为“路线对了，生产自然而然就上去了”，坚守岗位、努力生产的干部群众被扣上“唯生产力论”的帽子；重视价值规律、讲究经济核算被诬蔑为修正主义的“利润挂帅”。此间，福建还以高度集中的“军事化”办法管理工业，全省组建生产兵团，在兵团下面设基建师、林业师、煤炭冶金师等，师下面也按军队建制设团。这种管理办法违反经济规律，给生产建设带来损失。
　　在农村，还错误地批判按劳分配，搞“政治评分”，以“政治表现”决定社员的收入分配；重刮“共产风”，无偿调用社队的劳力和物资；在一些地方搞“穷过渡”，以生产大队为基本核算单位；视社员自留地、副业为“资本主义尾巴”，关闭农村集贸市场，一些从事农村商品生产经营活动的社员被批判斗争，有的被戴上资本主义“暴发户”的帽子。在农业生产指导方针上，片面强调“以粮为纲”、“战备夺粮”。在1969年12月福建省革命委员会召开的工作会议上，其主要领导人提出：“走社会主义道路还是走资本主义道路，就要看是不是坚定不移地贯彻‘以粮为纲’的方针。”于是，一切经济作物给粮食让路，农业经济单一发展。山区一些地方劈山填沟，搞“人造小平原”，劳命伤财，得不偿失；沿海盲目“围海造田”，破坏了海涂养殖生产。在一些较大的江河地带，还搞“围滩造田”、“围沙造田”，导致江河淤塞、航运受阻，加剧洪涝灾害。“文化大革命”期间，虽然全省粮食播种面积扩大，粮食总产量增长，但经济作物和多种经营受到重大损害。
　　1971年9月13日，中共中央副主席林彪叛国外逃，其反革命集团宣告覆灭。10月起，省委按中央部署领导全省开展“批林整风”运动，揭发批判林彪反革命集团的罪行，清查与林彪反革命集团阴谋活动有关的人和事。省委成立由韩先楚、黄亚光、江礼银、周曼天、胡维志组成的清查领导小组，清查林彪及其死党在福建的反革命活动，省委第二书记周赤萍因与林彪反党集团有关联，被撤职反省、交代问题，但整个清查工作没有充分展开。
　　在粉碎林彪反革命集团以后，主持中共中央日常工作的周恩来总理，采取措施力挽“左”倾错误造成的危机。省委根据中央的部署，开始批判极“左”思潮和无政府主义，着重整顿企业管理，提出抓好岗位责任、考勤、质量检查等七项制度建设。发布有关农村经济政策的“十六”条规定，提出要坚持按劳分配原则、允许社员经营自留地和家庭副业等具体意见。全省整顿渔区，重视海洋捕捞，发展海水养殖和淡水养殖。1973年，全省工农业总产值达65亿元，比1971年增加11.44亿元。
　　1973年底，福州军区司令员、省委第一书记、省革命委员会主任韩先楚调离福建。与此同时，中共中央主要领导人毛泽东要把批判林彪同批判中国历史上的孔子和儒家、推崇法家联系起来，发动“批林批孔”运动。这个运动为江青反革命集团所利用，他们借“批林批孔”反击“右倾”，把矛头指向周恩来。省委对全省的“批林批孔”运动作了部署和动员。1974年1月30日，福州军区党委、省委联合召开共有军队、地方2万多人参加的“批林批孔”动员大会。省委直接抓省军区司令部机关、省军区独立团十三连、省计委机关、福州城门公社店前大队4个运动试点。各地区随后分别召开公社书记以上参加的地、市委扩大会，部署、动员“批林批孔”运动，除莆田外，各地区和兵团还专门成立“批林批孔”办公室。
　　1974年2月，江青反革命集团派亲信新华社记者戚休到省军区搞“批林批孔”运动试点，煽动省军区的一些人把省军区第一政委、省委书记倪南山，省军区副司令员周子韬抓起来，并开车带人冲击省委。福州军区司令员皮定均及省委领导批评并阻止了这一做法。戚休指责省委“捂‘批林批孔’的盖子”，并向江青反革命集团作了汇报。3月初，中共中央、中央军委电复中共福建省委、福州军区党委(即中共中央［1974］9号文件)，对省委、福州军区党委提出批评，要求彻底揭开“批林批孔”的“盖子”，并要求省委、省革命委员会、福州军区党委和省军区党委联合召开全体委员参加的联席会议(即“四联会”)，对前段“批林批孔”中的“错误”作出检查。“四联会”从3月10日一直开到9月28日，历经6个多月。在中央9号文件精神的压力下，福州军区党委、省委对前一阶段“批林批孔”运动中所“犯方向性错误”作了检查。
　　年底，中共中央派廖志高任省委第一书记、省革委会主任。至此，“文化大革命”的“斗、批、改”阶段基本结束。