1966年至1976年的“文化大革命”时期在福建大体经历三个阶段：从《五一六通知》发布到1968年秋省革命委员会成立是第一阶段；从省革命委员会成立后开展“斗、批、改”到1974年底省委、省革命委员会改组是第二阶段；从1975年的全面整顿到1976年10月江青反革命集团覆灭是第三阶段。
　　“文化大革命”期间，以阶级斗争代替生产建设，全省国民经济到了崩溃的边缘。10年间，全民所有制工业企业的全员劳动生产率平均每年仅增长1.5%，虽然工业总产值有所增长，但1976年全省工业企业的产值利税率比1965年下降三分之一。全省农民人均出售农副产品和劳动收入每年仅递增0.7元，农副产品收购量也大幅下降，1976年生猪、水产品分别为197万多头、12万吨，分别比1966年下降76万多头、1.5万吨。商业也由于否定商品交换、取消许多有效的管理制度、撤并商业机构和网点而遭重大损失。至1976年，全省城镇社会商业网点由1965年的1万多个、从业人员6万多人下降到5000多个、4万多人，出现网点不足、流通不畅、商品供应紧张的局面。
　　“文化大革命”严重破坏了福建的经济建设，造成了无可挽回的巨大损失。但在另一方面，由于福建广大干部、群众抵制“文化大革命”的一些“左”的做法，同林彪、江青反革命集团及其在福建的帮派势力进行了艰难曲折的斗争，在十分困难的条件下坚持生产建设，也由于70年代两次纠“左”整顿，经济建设才有所发展。“文化大革命”期间，福建省农业总产值年递增2.2%，工业总产值年增长9.2%，工业部门完成基建投资24.33亿元，新增固定资产14.96亿元。
　　“文化大革命”使福建省的科学、教育等事业遭到严重破坏。省、地、市、县各级科研机构被撤并，省属34个科研所被砍掉31个；全省原有10所全日制高等学校被撤并成3所，全省被停办的中等职业学校、技术学校、师范学校等达1000多所。全省百分之九十以上的教授、专家和百分之五十以上的讲师、主治医生被打成“反动学术权威”，被剥夺了工作和科研的权利，代之以无休止的批斗。大批专家、学者、教师、科研人员被下放到工厂、农村“接受再教育”，大量科研资料丧失，科研仪器设备被毁，科研事业基本瘫痪。教学贯穿着“以阶级斗争为纲”的极“左”路线，耽误了一代人接受正规教育的机会；全省高考招生长期中断，少为国家培养5万多名大学本科和专科毕业生，人才培养出现了近10年的空档，尤其是“读书无用”、“知识越多越反动”等谬论，严重毒害了青少年。