1945年8月9日，党中央对闽粤赣边区的工作方针和部署作了重要指示，指出：“闽、粤、赣边区党的工作方针，应以党的政治口号，放手发动群众，坚持与发展各地武装据点，实行人民武装自卫的斗争，并领导群众实行革命的两面政策，掩护党的工作，发展和保护群众利益，以达到树立华南革命根据地的右翼基础的目的。”要求闽粤赣人民武装巩固和发展边区的据点和工作，争取一年内，在闽粤边建立星罗棋布的支点，以便“在大规模内战时能起华南一翼的牵制作用”。(《中共中央关于闽粤赣边工作方针与布署的指示》，1945年8月9日。)
　　8月28日至9月3日，中共闽粤边区委员会在平和水尖山举行扩大会议，贯彻中央指示，确定边区党组织新的任务：争取和平民主，反对内战，保存和发展革命力量。决定王涛支队在不打乱建制的原则下，实行分散发展的方针，即以大队为单位，分散发动群众，扩大队伍，解决经济和创造新支点。会后，王涛支队分散活动。
　　9月，国共两党正在重庆进行和平谈判，但是国民党福建当局却在闽西、闽南、闽中、闽东、闽北设立5个“绥靖区”，配备5个保安团，加上各县反动武装，向人民武装发动进攻。其时在杭武蕉梅边的王涛支队与韩江纵队第一支队在王寿山会合，于9月11日与国民党军在梅县松源发生战斗，闽西特委副特派员陈卜人等3人牺牲。10月，国民党福建省政府主席刘建绪出巡闽西、闽南，在南靖召开会议，部署保安第二、三团继续“清剿”闽西。为反击“清剿”，加强边区人民武装的领导，闽粤边委决定设立闽西、闽南军分区。闽西军分区由刘永生任司令员，林映雪任政委，杨建昌任副政委。闽南军分区由郑金旺任司令员，罗炳钦任副司令员，陈仲平任副政委。
　　11月4日，中共中央转发香港分局书记方方《关于闽粤赣边区工作的意见》，指出：“目前形势决定你处不是集中大搞，而是分散发展的时期。”“去发展汀、瑞、宁、清、归、安、南、永隐蔽据点工作”；“王涛支队目前应采取分散行动，以班排为单位，配合工作人员向三年游击战争据点恢复工作”；“对漳州、厦门、汀州各城市及厦大等部门工作……采取精干隐蔽政策，长期埋伏。”该意见为闽粤边委的工作指明方向。同月，根据党中央的指示，成立中共闽粤边区临时委员会，由魏金水任特派员。
　　1946年2月3日，国民党福建当局纠集优势兵力向闽西南地区进攻。临委决定集中王涛支队第一、三大队，于2月25日在闽粤赣中心县委领导的长胜支队配合下，攻下广东大埔高陂镇，筹款2200多万元，缴获一批枪支及军用品。但此战也暴露了目标，王涛支队一、三大队在平和锅子山东受到国民党吴子高部的追击，数人伤亡，副支队长巫先科牺牲，部队转移到南靖休整。王涛支队第四大队也受到国民党军队进攻，转入乌山休整。
　　3、4月间，国民党当局把全省划分为4个“清剿”区，加紧进攻。鉴于人民武装力量较弱，集中行动十分不利，边区临委于5月20日发出《关于进一步执行分散隐蔽方针的指示信》。10月，王涛支队在成立两年后奉命解散，部队人员疏散到各地坚持斗争。
　　7月，中共第七次全国代表大会代表王维到达闽西，向闽粤边临委传达党的七大路线和延安整风精神。11月，根据中共中央南方局的决定，中共闽粤边临委撤销，另行成立中共闽粤边工作委员会，由魏金水任书记。
　　此后半年内，国内形势开始向有利于人民的方向发展。11月6日，中共中央发出《关于对南方各省乡村工作方针给方方等的指示》，指出：“凡有可能建立公开游击根据地者，就即建立公开游击根据地”，“凡条件尚未成熟之地区，则采取隐蔽、待机方针，以待条件成熟，……但总目标仍然是积极发动公开游击战争，建立游击根据地，……而不是不管条件是否成熟一概采取隐蔽方针。”并明确指示，闽西闽南等地原有根据地“应鼓励原有公开或半公开武装，紧紧依靠群众继续奋斗，不应采取消极复员政策。”次年2月，中共中央香港分局又派员向闽粤边传达分局关于开展游击战争的指示，提出可在闽西、闽南首先发动，尔后向粤东发展。根据中央和香港分局的指示，闽粤边工委经过认真讨论，于3月9日发出《关于新形势与新任务》的指示，认为：国内形势已经发生变化，和平之门已经关死，因此，“现在一切和平幻想都是错误的了”，当前的任务是逐步引导群众从胜利的经济斗争走上反抗国民党征兵、征粮及其统治的政治斗争，“建立群众武装，掀起广泛的群众斗争”。鉴于闽西南反动势力比较强大，而粤东敌人统治力量比较薄弱，工委提出：武装斗争应首先在粤东地区发动，而后是闽西南。同月，魏金水赴香港向分局汇报工委的意见，香港分局同意。魏于4月返回闽西，5月召开工委会议讨论新形势下的工作问题。会上，根据香港分局的指示，决定把闽粤边工委改为闽粤赣边区工作委员会，以魏金水为书记。
　　1947年初夏，国民党军放松“清剿”，撤销“闽粤赣边清剿委员会”，从闽粤边抽走部分兵力，应付各地民变和补充前线。工委按原定的工作方针，从闽西抽调许多军事骨干入粤东。5月，工委在大埔将粤东武装和闽西部分武装组成中国人民解放军粤东支队，由刘永生任支队长，杨建昌任政委，程严、廖启忠、徐达任副支队长，王立朝任副政委兼政治部主任，郑金旺任参谋长。粤东支队于6月10日袭击大埔县梓良乡，没收国民党东北“剿总”副司令范汉杰的家产，烧毁乡公所的征兵名册。接着在粤东地区筹集经费，为扩大部队、大规模出击准备条件。
　　6月18日，工委在大埔隘头召开工委执委扩大会议，决定工委和地委均建立主力部队，党委书记任部队的政委，正式成立闽粤赣边人民解放军总队，由刘永生任总队长，魏金水任政委，朱曼平任副政委。8月，在永定成立闽粤赣边总队闽西支队，支队长蓝汉华，副支队长郑永清，闽西特委书记林映雪兼任政委，邱锦才任副政委。闽南支队也在乌山建立，支队长李仲先，副支队长王汉杰，闽南特委书记卢叨兼任政委，陈文平任副政委。
　　1947年6月底，中国人民解放军开始转入战略进攻，国民党后方的统治日益空虚。边区没有国民党正规军，只有零星保安部队、少数专员公署或县的自卫队及乡村地方反动武装。在兵力对比发生有利变化的情况下，工委提出“加速准备力量，迎接大军南下，壮大人民武装，配合全国总反攻，推翻闽粤赣边蒋匪统治，解放闽粤赣苦难人民”的新的奋斗目标。9月18日，工委又发出《关于武装斗争方针致总队及各地委的信》，提出今后的武装斗争应实行“普遍进行小搞，准备进行大搞”的方针。此后，边区总队在粤东频频向国民党军发动进攻，至1948年3月，先后创建6块游击根据地，人民武装发展到2000多人。与此同时，闽西支队也积极开展游击战争。至4月，永和埔3县边区迅速发展成纵横100多华里的游击根据地。闽南支队则多次打退国民党军对乌山的围攻，并派出人员到诏安平原和诏饶边一带开辟游击区。从1947年2月至1948年3月，闽粤赣边区人民武装共消灭国民党武装2000多人，摧毁区乡反动政权100多个，边区人民武装发展到4个支队、20多个游击大队和100多个武工队，总兵力达5000余人，开辟游击根据地15块，人口达100多万。
　　人民武装的迅速发展使国民党当局十分恐慌。1948年2月，广东省政府主席兼广州行辕主任、广东省保安司令宋子文和国民党福建省政府主席刘建绪经过协商，成立“闽粤边区剿匪总指挥部”，以涂思宗为总指挥，调集闽粤两省1万多兵力，企图消灭边区人民武装。为粉碎国民党军队的进攻，促进与迎接全国革命高潮，同月，中共香港分局发出《粉碎蒋宋进攻计划，迎接南征大军的指示信》。根据分局的指示，工委确定的行动方针是：普遍发展与建立主力，冲破国民党军队的包围限制，不要强调一时一地的得失，积极向外发展；大胆领导非党武装(包括土匪及民主人士武装)，注意战术的运用，在有利条件下袭击占领城镇，尔后分散四郊发动群众，组织群众。根据这一方针，春节过后，总队在永定消灭刘永图自卫中队。3月2日，总队和杭武蕉梅大队一举攻入蕉岭县城。宋子文、刘建绪、涂思忠等慌忙调整部署。但是,总队越打越勇,接连打败国民党军队的“六路进攻”。粤东支队也在大埔县马头山重创国民党军。涂思宗由于连连失败而被撤职，国民党军队的进攻被粉碎。人民武装则进一步发展壮大，7月，中共闽粤赣边工委决定成立闽粤赣边军事委员会，由魏金水任主席，朱曼平、林美南、刘永生任副主席。统一领导边区的武装斗争。至8月，边区共有总队及潮汕、粤东、韩江、闽西、闽南等5个支队，兵力约7000人，民兵近6000人。
　　8月，中共闽粤赣边区第一次代表会议在广东省大埔县召开，会议总结了一年工作，研究战略战术、群众斗争、统一战线、党的财政经济等重要问题。会议根据香港分局指示，撤销中共闽粤赣边工委。8月7日，选举成立中共闽粤赣边区委员会，以魏金水为党委书记兼闽粤赣边区人民解放军总队政委，刘永生为总队长，朱曼平为党委副书记兼总队副政委，林美南为党委副书记兼宣传部长、总队政治部主任，王维为区党委组织部长。
　　国民党当局不甘心失败,9月,宋子文又任命喻英奇为“闽粤边区剿匪总指挥部”总指挥，派兵对闽粤边区进行新的“清剿”。人民武装积极应战。1949年1月10日，边区总队一举解放大埔湖寮，全歼国民党美式装备1个中队，震动了整个边区。国民党军军心动摇，黄国权团的3个营长、9个连长押黄前来总队投诚。驻高陂市的李鹏大队长亦率部起义。闽西支队四战四捷，控制了永和埔大片地区。闽南支队也开辟了新的游击区。