1941年4月，日军为了切断美、英援蒋的补给线，完善华南方面的沿海封锁，巩固和扩大台湾海峡这一重要战略交通线两侧的“安全范围”，为发动太平洋战争作准备，派兵进攻福州。由于国民党执行“有限度的抗战”方针，招致军队精神涣散，国民党驻福州及周围地区的陆军第二十五集团军第一百军等部队虽然作了一些抵抗，但未能阻止日军的进攻。4月21日，福州及周围的闽侯、长乐、连江、福清等地均告沦陷。
　　在福州及其周围地区第一次沦陷后，福建党组织在力量单薄，同时还要应付国民党顽固派的军事进攻的极为困难的情况下，仍然积极地开展敌后抗日游击战争。1941年4月底，福建省委机关由江西上饶迁回邵武大王山。5月，省委向下属党组织发出了《关于抗日游击战第一次指示》，同时派出熟悉闽中情况的上饶中心县委书记黄国璋为军事特派员，随带军事干部林兆荣南下闽中，组织发展抗日队伍。黄国璋到达闽中特委机关驻地永泰后，即召集省委委员苏华和闽南特派员李铁，召开闽中特委机关干部紧急会议，部署建立抗日武装等问题。至7月下旬，沿海地区党组织先后组建了7支抗日武装，总人数达1600人，枪支500多支。其中，最具规模、最为活跃的是长乐抗日游击总队。总队长刘润世是福建省委直接领导下的秘密党员，曾在长乐国民抗敌自卫团担任副司令。长乐沦陷后，被任命为长乐游击总队总队长。特委派人向刘润世传达省委领导批示和特委会议精神，并沟通他与福清党组织负责人陈亨源领导的福清抗日游击队的联系。随后，长乐、福清、平潭、莆田各支抗日游击队合并组成“长乐抗日游击总队”，对外仍沿用国民党福建省保安司令部规定的番号，由刘润世任总队长，爱国民主人士林宝荣任副总队长，陈亨源任参谋长，下设3个大队，分别由陈亨源、林宝荣、陈金来任大队长。6月14日，日军派步兵200多人到长乐三溪、江田一带进行第二次“扫荡”，长乐抗日游击总队三中队伏击日军，毙敌7名，使敌仓皇逃窜，此后再也不敢到江田一带“扫荡”。8月4日，日军100多人分乘两艘汽艇从营前到蕉岭视察，长乐抗日游击总队派出50名敢死队员在琅尾港伏击，击毁敌汽艇一艘，毙敌42人，日酋田中岛中佐和村野分队长均被击毙，而游击队无一伤亡。战后，参战人员受到中共福建省委和中共中央华中局嘉奖，许多爱国华侨也从海外发来慰问信表示祝贺。9月初，游击总队获悉日军将从县城撤退的消息后，积极反攻，于9月3日收复长乐县城。
　　由中共长(乐)平(潭)中心县委领导的连江抗日游击队(后改称“闽海人民抗日游击队”)也是一支取得较好战绩的队伍。该队由马透中心党支部组建于连江首次沦陷后，共有170多人枪，分为两个中队，第一中队中队长陈凯斌，指导员林广；第二中队中队长梁仁钦(后为陈位郁)，指导员邱惠。8月初，日军驻连江最高指挥官原田大佐带领200多名日伪军到连江丹阳、长龙、下洋等游击区“讨伐”，游击队和国民党第七十五师一部联合设伏，击毙原田等7名日军。8月底，驻扎在浦口镇的百余名伪军再次对下洋“扫荡”，游击队与国民党第一○七师三一九团协同作战，又歼敌16名。日军遭此打击后，只得龟缩在县城、浦口、东湖等据点和炮楼里。9月3日，游击队配合国民党第一○七师一部及县保安中队，收复连江县城。
　　这期间，国民党第二十五集团军，也乘日军收缩兵力，其陆军陆续调离闽海之机，发动光复福州的战役。至9月5日止，福州及周围地区全部收复。
　　1944年9月，日军为了维护沿海交通，防止盟军在中国东部沿海登陆，在对浙东沿海用兵之后，又对福州发动攻势。10月4日，福州以及闽侯、长乐等地第二次沦陷。
　　福州及周围地区第二次沦陷后，省委又领导沿海人民积极开展抗日游击战争。1944年10月，黄国璋与长乐县共产党员、县抗日游击总队副司令郑乃之取得联系，组织一支以共产党员为骨干的抗日突击队，闽中特委派共产党员王其珠出任队长，这支突击队活动于长乐县一带。在福清，中共福清中心县委书记陈亨源和共产党员何胥陶领导的游击队吸收江德乡自卫队成员，建立“福建抗日先遣队福清支队”，由何胥陶任支队长，队伍发展到100多人。在连江，中共福(清)长(乐)平(潭)中心县委指示下洋党支部，重新组织下洋抗日游击队。11月10日，下洋抗日游击队与国民党八十师一部联合攻打琯头镇，歼灭日军三四十人，击沉敌运军火的汽艇一艘，缴获一批无线电台。1945年1月，下洋抗日游击队配合国民党第八十师一个连攻打浦口镇日军据点，打死打伤日军13人。在长乐，1944年10月，周裕藩、林慕增等人集中原“沿海突击队”队员100多人，在壶井成立抗日游击队，由林慕增任队长。其后，周裕藩又带领部分队员到福州鼓山成立鼓山游击队。11月，鼓山游击队成功地袭击日军一艘运粮船。