从闽侯县荆溪昙石山、白沙溪头山、榕岸庄边山、小箬牛头山等遗址发掘来看，在距今五千年前的新石器时代，就有人类在县境繁衍生息，昙石山遗址发现的人骨骼，经鉴定，确属海洋蒙古利亚和尼格罗人种，这支海洋蒙古人进住福建(含境内)后，成为“闽族人”。到战国时期，被楚国灭亡的越国人“无疆子孙或王或君，散处海滨”，其中一部分入闽与当地“闽族人”结合，史称“闽越族”。这些人中一部分就生活在今天闽侯境内。这从庄边山西汉宗族墓地、关口东汉墓群的发掘可以佐证。
　　西晋以后，中原战乱频仍，割据政权迭起，大批士族地主和平民“衣冠南渡”入闽。“永嘉三年(309年)，中州板荡，衣冠始入闽者八族，林、黄、陈、郑、詹、邱、何、胡是也。以中原多事，畏难怀居，无复北向……”。这些人中一部分林姓后代聚居于今闽侯县尚干镇的尚干，祥谦镇的枕峰村、兰圃村，青口镇的青口村；一部分黄姓后代聚居于现闽侯县的祥谦镇傅翼村、荆溪镇的昙石村；一部分陈姓后代聚居于现上街镇的桥头村、南屿镇的浦口村；一部分郑姓后代聚居于现鸿尾乡的超墘村；一部分詹姓后代聚居现荆溪镇的西山村；一部分邱姓后代聚居于现荆溪镇的瀛洲村；一部分何姓后代聚居于现荆溪镇沙溪、曲马自然村；一部分胡姓后代聚居于现大湖乡的兰田村等。是时，侯官人口大量增加，“建元元年(479年)侯官户数殷富”(《南齐书》)。到了唐末，光州固始王氏宗族随王潮入闽，后来有一部分王姓聚居于现上街镇金桥村。随同者中的刘姓有一部分后代聚居于现白沙镇黎明村；吴姓一部分后代聚居于现鸿尾乡的元口村、上街镇建平村、董屿自然村；郭姓一部分后代聚居于荆溪镇永丰村的文山里；程姓一部分后代聚居于现甘蔗五福、横屿等村；洪姓一部分后代聚居于现甘蔗镇三英、洽浦村等；叶姓一部分后代聚居于现青口镇扈屿村、荆溪镇的港头村；徐姓一部分后代聚居于现荆溪徐家村；谢姓一部分后代聚居于现上街镇马保村、洋里乡安仁村等；李姓聚居于现上街镇蔗洲村等；杨姓一部分后代聚居于现青口镇扈屿村、杨厝村、南屿镇的澳岐村；赵姓一部分后代聚居于现上街镇沙堤村等；唐姓一部分后代聚居于南屿镇尧沙村等；宋姓一部分后代聚居于现南屿镇江口村；潘姓一部分后代聚居于现南通镇潘厝边村。境内其他姓氏，则是历代由福建省其他县份迁徙而来，如今大湖乡六锦村为畲族的雷、蓝、钟三姓，多是明、清时期从闽东、闽北、闽南一带迁来，也有学者认为，这是古越族的后裔。如今百余姓氏遍布境内各乡村，并逐渐形成村庄以同姓亲属聚居、集镇以杂姓聚居的格局。
　　县内姓氏计有林、陈、黄、王、郑、刘、张、程、吴、洪、徐、谢、李、叶、杨、赵、唐、宋、施、何、潘、周、余、俞、钟、翁、郭、马、江、梁、董、倪、严、朱、柯、游、姚、任、庄、薛、高、丁、于、百、方、邓、牛、毛、卢、冯、邢、安、孙、汤、华、邵、关、沈、邱、苏、杜、汪、邹、巫、卓、蓝、罗、欧、范、苑、岳、侯、胡、姜、郝、袁、柳、秦、殷、贾、陶、原、钱、聂、龚、雷、曹、康、章、常、崔、傅、曾、温、蒋、赖、卞、韩、虞、简、雍、廉、裴、廖、蔡、缪、谭、樊、鲁、霍、戴、瞿、肖、连、金、熊、池、陆、彭、骆、颜、侯、韦、尹、史、吕、纪、乔、牟、项、祝、夏、葛、涂、危、钱、莫、祁、尤、申、苗、孔、鞠、官、敖、詹、靳、鲍、虞、鄢、檀、伍、童、欧阳等154姓。