境内分为南北两区域。南区主要是闽江口鹫峰山南亚热带雨林小区，即祥谦镇的联丰村至肖家道村这一线；北区主要是闽中东戴云山至鹫峰山这一线的常绿槠类照叶林小区。其中：
　　(一)线南区
　　具有南亚热带部分气候特征，地貌类型为平原、台地、丘陵和低山，地带性原生植被属于南亚热带雨林。但由于当地人烟稠密，采樵频繁，这种原生植被所剩无几。仅青口镇东台杨梅山地方尚有一小片不典型的南亚热带次生雨林残迹。在这小区中，主要栽培树种有荔枝、龙眼、橄榄、芒果、樟树、香蕉、榕树、合欢、番石榴、相思树、木麻黄、兰花楹等。常见的坡地植被有水冬哥、马尾松、桃金娘、杜荃山、九节木、柏拉木、三桠苦、百两金、算盘子、畏芝、山药、胡香子、毛天仙果、藤黄檀、海芋、龙舌兰、仙藤、葛藤、薜荔、天南星、凤尾莲、五节芒、鸟毛蒴、福建观音座莲等植物。
　　(二)线北区
　　属于中亚热带气候带，地貌类型为中山、低山、丘陵、平原，除了沿江丘陵外，海拔一般多在400米以上。地形变化复杂，植物种类繁多。山地以照叶林为主，针叶林次之。其中以壳斗科、樟科、冬青科、山茶科、金缕梅科，以及松科、杉科、竹亚科分布最多。建群种以米槠、丝栗栲、罗浮栲、大叶栲、闽粤栲、青冈栎、石柯、南岭栲等占优势。甜槠、苦槠较少，且多散生在其它树种中。常见的次层伴生树种有红楠、黄杞、绒楠、虎皮楠、厚壳桂、冬青。个别林地中还混生有少量的落叶树种，如枫香、酸枣、山乌桕等。灌木层多由杜鹃、柃木、桂木、乌药、毛冬青、三花冬青、荚迷、黄瑞木等组成。沿江平原丘陵地段主要植物有荔枝、龙眼、橄榄、榕树、番石榴、野芭蕉、青冈栎、桃金娘等。
　　在针叶林中，马尾松分布较广，杉木主要分布在北部和南屿、鸿尾、竹岐的西南部。这些地方是全县杉木的中心产区。此外，其他针叶树种如建柏、油杉、红豆杉、三尖杉、水松等也有少量分布。