(一)龙江
　　全长56公里，流域面积538平方公里，县内长35.51公里，流域面积474平方公里。平均流量每秒5.34立方米，年迳流量1.69亿立方米。是福清县第一大河流。
　　龙江有两源：一源在莆田县北部观音坑附近的瑞云山北麓；一源在永泰县东南楼梯石南麓。两源于莆田县西北部汇合，流经大渡口谷地进入福清境内，经东张镇的漈头、岭下、芦岭、溪北、道桥、东门盆地到石坑入东张水库。穿过水库大坝，出真武殿，经宏路镇的东坪、大埔，在石门与北向来的石塍溪之水相汇合，于观音埔又与南向来的关溪之水相汇合，然后进入天宝陂。在县城西门纳入北向来的虎溪、大北溪之水，经音西镇的玉塘、霞楼、倪埔、松峰、松潭，过海口镇的里美、梧光、东峤、后路、晨光，于海口注入福清湾。
　　龙江流程长，分为五段：源头——县境称西溪，县境——东张水库称雀溪，东张水库——天宝陂称交溪，天宝陂——龙首桥称龙首河(古称河头)，龙首桥——海口称龙江(古称螺纹江)。按河流形态特征，以真武殿与龙首桥为分界，分上、中、下游。西溪、雀溪为上游，流经峡谷和小盆地，河谷狭小，水流湍急；交溪、龙首河为中游，河谷宽，河床浅，卵石多，水流和缓；县城以东的龙江为下游，江心泥沙淤积，潮汐作用大，大潮时可通航20吨货船，小潮时也能行驶15吨货船，下游江水因咸淡交混，不宜灌溉。龙江支流有：
　　石塍溪(太城溪)　是龙江的最大支流，长18公里，流域面积81.1平方公里。有两源：一源在五子岩西麓，一源在棋仑山东麓。两源在镜洋乡北部的红星(牛埕埔)村汇合，向南流经东升、波兰、镜洋，到可溪村汇入西来的可溪之水，后转向东南，切太城峡谷，经宏路镇的北前亭，至石门纳入无患溪之水，入龙江。
　　虎溪(可洛溪)　长13公里，流域面积48.6平方公里。有四源：一源在闽侯县双奶顶南麓，一源在大尖(尖)山东麓，两源南流汇于阳下镇的芦院村，称芦溪；一源在虎尾山西麓，一源在纱帽山东麓，两源向东南流汇于音西镇的龙溪村，称龙溪。芦溪和龙溪又在阳下镇的溪下汇合南流称虎溪，经油楼、奎岭入龙江。
　　北溪(大北溪、涧溪)　小支流较多，成树枝状水系，长17.5公里，流域面积68.9平方公里。有两源：一源在黄晶岭南麓，一源在石湖岭西南，两源南流于阳下镇的作坊汇合，经东田、溪头、阳下等地，在县城西门注入龙江。
　　关溪(交溪)　长12公里，流域面积32.1平方公里，是龙江南岸最大的一条支流。发源于玻璃岭，分支较多，向东北流经宏路镇的南峰、金印、周店、大埔，至溪下纳入东南方向来的小南洋溪水后，注入龙江。
　　(二)渔溪
　　位于县境西南，长25公里，流域面积68平方公里，是福清县第二大河。发源于大帽山西麓，向南流入建新水库，出水库向东流经渔溪镇的建新、步上、双墩(王厝)、上张、南前亭及上迳镇的南湾、县圃，至北屿附近入迳港。上游水流急，河床比降大，河道弯曲，多礁石。中游纳入黄檗山来的小支流，河道宽，水量丰富。下游进入渔溪平原，水流缓慢，河道平直，河床浅，多卵石，出口处沙洲分布其上。
　　(三)迳江(六亩河)
　　位于渔溪之北，长16公里，流域面积39平方公里，是福清县第三大河。有两源，一源在大帽山东麓，一源在罗汉山东麓，两源于大溪寺汇合后东流至三落厝以西，纳入源于黄檗山的小支流，经渔溪镇的联华，进入渔溪平原北部，在后郑与源于虎暗山东麓的支流汇合后继续东流，经上迳镇的牌边、海头，又与源于玻璃岭的支流相汇，在上迳入迳港。上游河谷深，两岸悬崖削壁，有著名的珠帘瀑布；下游河床浅，上张一段河道连续弯曲，蔡厝一段河道呈牛轭状。
　　(四)大坝溪
　　位于县境东部，长17公里，流域面积58平方公里。发源于福、长交界的水口顺(泉嘴顶)西南麓，流向西南，经南岭乡的梨洞和城头镇的五龙、凤屿、星桥等地，于海口镇的斗垣入福清湾。河道出口处沙泥淤积，河床浅。
　　(五)江阴溪(沾泽河)
　　位于江阴半岛的南半部，长11公里，流域面积21.7平方公里。发源于双髻山南麓，穿过内坑底水库，经洋门、浔头入沾泽湖，出湖后于何厝注入兴化湾。
　　(六)一都溪(龙屿溪)
　　位于县境西北，全长28公里，流域面积126.4平方公里。福清境内长19公里，流域面积106平方公里。发源于天竹岭南麓，流向西南，经镜洋乡的半岭和一都乡的山坑、罗汉、普礼，至一都后拐向西北，经东山，进入永泰县的赤鲤溪。在永泰塘前人大樟溪，是大樟溪的一条支流。
　　(七)凤迹溪(三叉河)
　　位于县境西南，全长31公里，流域面积83.7平方公里。福清境内长22公里，流域面积80平方公里。发源于尖山南麓，经东张镇的金芝和新厝镇的凤迹，穿过东方红水库，进入莆田县境。在桥尾汇入萩芦溪，是萩芦溪的一条支流。