闽江为穿过福州境内最大河流，在福州市汇集安仁溪、梅溪、大目溪、大樟溪、陶江、邢港、林浦港等溪流，在市区接纳晋安、白马等内河和长乐各内港之水，东流入海。沿海有鳌江、龙江等许多独流入海构成外流区单向性格子状水系。由于受地形和气候影响，河流均具有流程短、含沙量少、险滩多、水流急、水量丰富、流量和水位季节性差异大等特点，因滩多水急，使许多河段航行困难或不能航行。1994年，全区在枯水季节水深保持0.3米以上的航道总长有560.9公里，其中水深1米以上的航道有146.5公里，大部分属于闽江干流(123.5公里)，小部分属于鳌江(23公里)。
　　(一)闽江干流航道
　　闽江主流全长559公里。在沙溪口汇富屯溪后为闽江干流，经福州由长门入海，全长231公里，其中福州境内(水口至长门)123.5公里。闽江干流自水口经闽清、闽侯至福州市区南台岛北端的淮安分为南北两汊。北汊经洪山、市区至马尾称北港，又称白龙江、台江；南汊经湾边至马尾，称南港，又称乌龙江。马尾至长门为通海航道，目前闽江主流走北港。北港入口处淮安至洪山是一条深窄河段，长4.5公里，江面平均宽度250米，流速大，河道深(枯水水深3～5米)；再下至市区台江，长8公里，江面展宽(三县洲附近江面宽600～1000米)，有数个浅滩相连，维持航道水深1.5～1.7米；台江至马尾长16.4公里，江面一般宽1000～2000米，江中有6个水深不足3米的浅段，长约5公里。南港是天然的泄洪排沙水道，接受大部分中游来沙，河床中沙洲浅滩比北港发育。淮安至湾边长16公里，江面宽2000～3000米，最宽处达4000米以上，枯水期一般浅槽水深1.5米。
　　(二)大樟溪航道
　　大樟溪发源于德化县戴云山主峰西面，是闽江下游最大的支流，流经德化、永泰，由闽侯县江口注入闽江南港，干流长234公里，其中福州境内150公里。
　　大樟溪具有山区性河流特点，河床是南北两向陡坡组成的峡谷，地势西高东低，落差很大，平均每公里下降两米；溪上岩礁密布，水量受降水量影响，季节性变化较大。永泰水文站水位最大涨幅7米。大樟溪洑口至嵩口段水浅滩多，难行木船，多为筏放。嵩口至梧桐枯水期间亦难行舟，只有梧桐至新岐间可以常通航。中华人民共和国成立后，多次对大樟溪航道进行综合治理，后沿溪修建阳光、东风和东方红3座电站，电站堤坝只留筏排通道，木船只能勉强通过；加上公路汽车运输的发展，大樟溪航运逐渐萎缩。1994年，大樟溪通航里程总长78公里，其中梧桐至塘前57.5公里，枯水季节航道水深0.4～0.45米，航道宽3米，通航5～10吨木机船；塘前至新岐20.5公里，枯水水深0.5～0.8米，航道宽5米，可趁潮通航30吨级轮船。
　　(三)梅溪航道
　　梅溪是闽江下游主要支流之一，发源于闽清县省璜乡谷洋莲花山。梅溪上游多滩濑，水浅流急，马鞍以下水流量增大，河床宽约60米，洪水暴涨时水位高6米，河床宽至100余米。常年日平均流量每秒2.2立方米，最大流量可达每秒69.4立方米。
　　梅溪航道有两条：一由城关经白樟、坂东、到塔庄乡莲宅村，全长42公里；一由城关往白樟、五峰桥、朱中、入芝溪到莲浦村，全长50公里。今梅溪航道仅闽清城关至闽清口两公里河段可常年通航5吨船只，枯水期间航道水深0.3米，宽3米。
　　(四)鳌江航道
　　鳌江又称岱江，发源于古田县杉洋乡，上源为霍口溪，南流纵贯罗源县的霍口乡，经连江县的小沧、潘渡、城关、浦口、东岱等地，于官岭与百胜之间独流入海。干流全长138.6公里，流域面积2533平方公里。1954年炸滩后，航道条件有所改善，小沧至连江城关41.7公里，可以通航载重4吨的船舶，潮水期间能通过19吨左右的船只。1980年后，鳌江航道通航能力逐年降低，城关至官尾航道，每月只能在大潮期间通航30吨船舶5～6天，而在小潮5吨小船进出都有困难。1956年和1987年经过整治通航能力有所提高，连江城关以下航道，一般潮流可通10吨机动船。
　　(五)龙江河
　　龙江河位于福清市境内，是单独入海的河流之一，通航里程25.5公里。其中东张水库库区航道11公里，枯水期水深1.2米，宽度10米，通航20吨机动船；城关至海口14.5公里，趁潮通航13吨级船舶。龙江河流程短，单独入海，具有较高的水运价值。
　　(六)福州市区内河航道
　　福州市区河道纵横交错，构成一个内河系统网络。明代内河左翼由打铁港引江潮入直渎新港，从河口尾经南水关(俗称水部门闸)入城内河道；右翼则引洪塘江水，自西河口经西禅浦三十六曲，由柳桥西水关(西闸)入城，过太平桥、观间桥至澳门桥与南水关之水交汇，左右两翼都和江水相通，水量充沛。
　　1952～1959年，市人民政府在原宋外城护城河的基础上开挖了纵贯市区南北的运河——晋安河，1972～1973年改造另一条纵贯南北的白马河，使市区内河航运更加便利，但由于长期沿河居民乱倒污水、垃圾，违章塔盖，加上河道弯曲卡口过多，致使许多内河日渐淤塞。1994年，市区可以通航的内河航道共有28条，通航里程达138.34公里。
　　晋安河　市区最大的人工运河。原来河道既不直，规模也不大，一般统称为“护城河”。开挖后历年很少疏浚，使多处淤塞，成为一条臭河沟。1951年，福州市人民政府以河上晋安桥为名，成立晋安桥开河委员会，将这条护城河加以疏浚、延长、截弯取直，始定名为晋安河。改造工程自1951年冬开始，分3期陆续施工，至1954年完成。整治后的晋安河从台江区鸭姆洲起，接通闽江之水，往北流经埔下、塔头。并以此为中心点，再延伸至琴亭、水头火车站附近，接新店、盘石两溪，全长9.45公里。1994年大潮期间能通航载重15吨的船只。
　　安泰河　是市区东西走向的一条主要内河，其前身是五代时闽王王审知新建罗城的护城河。水从琼东河入古仙桥下，经武安桥、津门桥，复经澳门桥、虹桥、仓桥、金斗桥至观音桥与西水关之水交汇，再由观音桥流至太平桥与白马河相通，全长2.52公里。解放后，由于城市发展，污水排入，河床逐渐淤积，1958年后已不通舟楫。
　　白马河　位于市区西侧，是市区又一条南北走向的内河。南从三保、彬德水闸引闽江水北上穿越工业路，注入西湖，中间在太平枯、白马路、浦东村分别与安泰河、东西河、茶亭河相通，全长5公里(其中工业路至西湖长3.3公里，1972年开挖)。至1994年，全程5公里，可通航5～25吨船舶。
　　新西河　从西河公园至白马河，全长3.5公里，河宽6～12米。该河是西区河网络系统的重要河流。