县境有鹿溪、南溪、浯江、赤湖溪、佛昙溪、杜浔溪6条大河系，除南溪流入龙海县九龙江下游入海外，其余都在境内入海。
　　(一)鹿　溪
　　鹿溪源自平和矾山，经五寨乡入于县境内石榴镇，纳盘龙溪、胜利溪、东山溪、盘陀溪，流经绥安镇，又有查岭溪、罗山溪、万安溪、后港溪汇入，从旧镇港入海。全长57公里，流域面积700平方公里(其中在县境内的长40公里，流域面积631.4平方公里)，是境内最长的河流。平均坡降9.1‰。上游河谷地带山陡谷深，河床窄深，河流湍急，比降32%。石榴坂至县城附近为中游，流量骤增，河床一般宽100～150米，流势转缓。自县城以下为下游，河床宽200～400米，水流平缓，比降1.5%。
　　鹿溪的支流有：
　　盘龙溪　源自石屏山东南，蜿蜒于崇山峻岭间，经龙岭、盘龙，于象牙庄割尾汇入鹿溪，水源丰富。
　　东山溪　源于石屏山支脉大瑁山大坪尖下，流经东山、田寮、长兴至石榴坂汇入鹿溪。
　　盘陀溪　即绥安溪，源于梁山，流经盘陀，于蒲野附近汇入鹿溪，水源丰富。
　　马坑溪　源于石古，于梅林附近的九曲山下汇入鹿溪。
　　割后溪　旧名岩前溪，主源陈井山东北面，至割后纳掷石溪，经下店、查岭、霞潭，棕口，在高罗山附近汇入鹿溪。
　　罗山溪　旧名北溪，源于罗山大小洞，从水磨岭流经罗山村，纳水吼山之水，经石斋村，过县城东门兜汇入鹿溪。
　　后井溪　源于梁山金刚、吴公2峰之间，流经龙潭、后井、瓷窑，至溪南汇入鹿溪。
　　万安溪　一源东罗山东北面，一源海云山西南面(东水西流)，在草埔村附近汇合，流经铁炉桥、黄仓，纳来自叠石湖之水，至柘港汇入鹿溪。
　　(二)南　溪
　　南溪，一源于石屏山南坡，流经中西林场内过溪、内堀；一源石屏山支脉平和三坪山。两源在南浦乡鸽水潭汇合后，南流经美林、龙溪墟，在墟附近作360度大转弯，北流经兴巷、马苑、火烧埔，进入龙海县程溪镇辖属的官园，南流经县境北端的马口桥，折向东流经溪坂、省炉、横口、赵厝、官浔，有源自长桥横内山的支流汇入，经下炉入龙海县白水镇辖内的董门头、白水营，再折北流，至浮宫汇入九龙江下游。主河道长55.6公里，流经县境30公里，流域面积509.9平方公里，其中288.7平方公里在县境内。上游皆石滩，深谷陡峭，平均坡降4‰，河床宽30～50米，雨季山洪奔泻，响声如雷。中游河床宽200～300米，深6米，坡降3‰。从前自龙溪墟以下皆通小舟，官浔墟以下通帆船、汽船，后因下游筑桥闸，河床逐渐壅塞，已不通航。
　　(三)浯　江
　　浯江发源于县境长桥甘棠赤尾岭山，流经旧镇镇辖内的乌石、寨内，至埔尾村注入浮头湾。长26.3公里，流域面积182.06平方公里。平均坡降2‰，从前下游可通小舟，20世纪30年代浯江桥下水深1米多，后因上游水土流失，河沙淤积，河床增高，枯水期部分河段干涸。
　　(四)赤湖溪
　　赤湖溪发源于县境赤岭乡石椅村北的玳瑁山南侧，流经湖西乡，至赤湖镇亭里村附近注入将军湾。长30.8公里，流域面积170平方公里。河流蜿蜒曲折，河床狭窄，平均坡降4.9‰，常溢洪为害农田。1975年人工改道，从赤湖东城村之东开1条人工河，宽20米，取直入海。
　　(五)佛昙溪
　　佛昙溪，下游有黄如屿，故唐代称黄如江，至宋代雅称鸿儒江，发源于大瑁山东南面，至京野村附近有马坪溪汇入，过佛昙桥注入佛昙湾，长24公里，流域面积178平方公里。平均坡降1.3‰。
　　(六)杜浔溪
　　杜浔溪发源于梁山莲花等峰，流经杜浔、沙西2镇，注入东山湾，长18公里，流域面积126平方公里，平均坡降6.5‰。下游入海处原有杜浔港，已淤，围垦成田。河道弯曲，1975年人工改造，取直从新墟桥入海。