境内水系发育，河流走向为北西和北东向，主流多与山脉走向垂直，支流与山脉走向平行，形成格状水系网。河流多发源于境内，属山溪型外流河。九龙江是漳州第一大河，福建省第二大河，水量丰富，年径流量稳定，年内季节性变化甚大，丰水期径流大，枯水期径流小。东溪、漳江、鹿溪等河流的流程短，流域小，河道比较平缓。全市流域面积在100平方公里以上的河流有11条。芦溪、九峰溪流入韩江，其余都在境内入海。
　　(一)九龙江
　　位于福建省南部，《八闽通志》有九龙戏于江的记载，九龙江因而得名。江由北溪、西溪、南溪组成，流域面积14741平方公里，其中漳州境内流域面积7566平方公里。北溪为九龙江干流，河长274公里。
　　1.北　溪
　　九龙江干流。流域面积9640平方公里，发源于永定县高陂乡赤峰溪村后，此地属玳瑁山脉。文献记载，九龙江发源均泛指出于龙岩，实际离源头高陂乡还有相当距离。北溪源头出赤峰溪村为红坊溪，至龙岩城关汇龙门溪、象溪后流向东北，称雁石溪，与万安溪汇流后流入漳平市地界，在西园汇合新桥河后折向南流，旋又折向东行过漳平市城区，至华口营处，流向由向东北突折为正南，并在折角顶点汇溪南河，在漳平小杞进入漳州华安县地界，经华安县城关、新圩、利水、丰山至磹口，华口营以下至磹口有浙溪、赤水溪、温水溪、罗溪、仙溪、高层溪、坂里溪、汰内溪等支流汇入，出磹口北溪进入下游，到丰山后，北溪流向改向东南，经浦南，到洛宾汇龙津溪。到蓬莱汇马洋溪，穿江东峡谷进入河口段。出江东桥北溪在郭洲头分流为南北两港，南港在福河与九龙江最大支流西溪汇合，两港并流到浒茂洲头又分流为南北中3港，穿绕紫泥、石码，于龙海县秋租，另一支流南溪汇入，最后于海门岛一线注入厦门港。北溪干流于浦南段设有一流量站，控制流域面积8490平方公里，占北溪流域面积的88.07％。
　　2.西　溪
　　九龙江的最大支流。流域面积3940平方公里，主要支流有永丰溪、芗江、船场溪、琯溪4条，干流为船场溪。船场溪发源于南靖县南坑乡高港村内舰山北麓。船场溪出源头后向北偏西经书洋、梅林，折向东进入南一水库，出南一水库，至合溪口又折向东南方向，流经船场、南坑、南靖城关，于双溪口与琯溪汇合，以下称荆江。至靖城与芗江汇合，以下为西溪干流，至福河汇入北溪，河流全长172公里。荆江原指靖城至船场河段，现今双溪口河段以上至河源通称船场溪，双溪口以下至靖城仍名荆江。
　　琯溪　现通称花山溪。西溪支流，发源于平和县霞寨乡大片洋村后双尖山东麓的大尖坑。出源头以下溪流曲折向东，经霞寨、国强、坂仔至虎下庵纳南胜溪改西北流经平和城关、山格，至洪赖出平和县进入南靖县境内，在汤坑汇文峰溪，至龟仔寨双溪口与船场溪汇合，河流全长85公里，流域面积1065平方公里。
　　龙山溪　又名芗江，发源于漳平市适元乡四旺村后漳平与龙岩交界处，历史上龙山溪通航里程长，小木船可上达金山水潮，龙山溪河谷成为漳州通龙岩的交通走廊，知名度较高，可能因此早年曾将芗江误作为西溪正源。龙山溪源出四旺村后流经龙岩适中边界地区，在南靖县和溪乡乐土附近进入境域，向东南流经和溪、金山、龙山，至港仔口河流有个180度大拐弯，后曲折向东流，在宝林汇永丰溪，至靖城汇入西溪干流，河流长94.5公里，流域面积为690平方公里，包括永丰溪为1107平方公里。西溪4条支流实际上是花山溪与船场溪、永丰溪与龙山溪，先是两两汇合后才在靖城再汇合形成西溪干流，但由于4条支流汇合口很近，所以习惯上仍称为4条独立支流。
　　3.南　溪
　　发源于平和南胜乡邦寮山自然村东南红婆石东侧，源头小溪叫笼仔，早年因地形图有误，南溪源头有多种说法。自笼仔以下经欧寮进入漳浦境内，曲折向东流过漳浦县的南浦、马口、官浔，龙海县的东泗、白水、浮宫，于秋租、草埔头交界水域汇入九龙江南港，同时入海。南溪河流长68公里，流域面积660平方公里。
　　(二)东　溪
　　发源于平和大芹山南麓，经大溪乡流入诏安县境，称石陂面河，在官陂下葛圩与庵下溪合流，以下称为东溪。向南流至太平乡汇金溪，向东南至新安纳湖内溪，集赤水溪，在诏安城关分出浒溪支流，到澳仔头有支流西溪汇入，并与浒溪合流注入宫口湾。
　　东溪流域总面积1066.9平方公里，河道长度93公里。
　　(三)漳　江
　　漳江位于云霄县境内，自北向南贯穿全县，呈向心状水系。干流全长66.2公里，流域总面积1038平方公里。主要支流有安厚溪、车圩溪、火田溪、南溪和山美溪。干流发源于平和国强乡顶城村西南2公里多处大档尖东侧山凹中，经平和水口进入云霄县境，原流经车墩至峰头汇安厚溪，1989年底建成峰头水库以后，水库回水马铺溪至观音亭、安厚溪至龙透，两溪分别汇入峰头水库，水库以下在上河汇车圩溪，在莱埔汇火田溪，在下楼汇南溪，在云霄折向东南，在下尾分南、北江绕佳洲，在南洋汇合，至竹塔入海，近年由于竹塔至荷步间内湾被围垦，出海口已推进到湖丘至下寨一线。漳江实际上是条双源河流，从峰头汇合口起算，安厚溪长度与马铺溪等长，安厚溪发源于平和灵通山狮头咀尖南麓一绝壁下。
　　(四)鹿　溪
　　鹿溪在漳浦县境内，独流入海，干流全长54公里，平均坡降9.1‰，流域面积643平方公里，主要支流有龙岭溪、盘陀溪、割后溪、龙潭溪、申内溪、万安溪和城关后溪。干流发源于平和南胜乡矾山东南麓，从五寨侯门流入漳浦，经石榴绕县城由旧镇入海。
　　(五)韩江支流
　　芦溪和九峰溪流入韩江，从广东入海，境内流域面积878.2平方公里。
　　芦溪发源于平和双尖山北麓，由平和县西北部自北向南流经芦溪、长乐，至良坝，进入广东大埔纳入韩江支流，境内流域面积510平方公里，河长52.8公里。
　　九峰溪发源于平和崎岭上官峰后双坑北的一个海拔1057.1米无名峰南麓。溪向南流经崎岭、九峰后转入广东大埔与芦溪汇合流入韩江干流。境内流域面积368.2平方公里，河长40.7公里。
　　此外，沿海还有浯江溪、佛昙溪、梅洲溪、赤湖溪、杜浔溪等小河。