平潭处在南亚热带北界，气候温暖，县境内各地年平均气温19.0～19.9℃。最热月7～8月，月平均气温27.0～28.2℃；最冷月2月，月平均气温9.7～10.8℃。历年极端最低温0.9℃，≤3℃日数平均仅0.5天；极端最高温度37.4℃，≥30℃日数平均为20.9～68.4天(1960～1968年)。冬无严寒，夏无酷暑，霜雪罕见。气温年较差17.0～17.7℃，日较差3.6～4.8℃，比内陆同纬度地区分别偏小2～3℃和4～5℃。春温回升迟，秋温下降慢，春温低于秋温，海洋性显著。
　　在季风环流影响下，平潭冬季11月至翌年1月偏北风频率占90%左右，夏季6～8月偏南风频率占50%左右。春秋两季风向多变，仍以东北风为主。全县年平均风速6.5～8.5米/秒。君山顶年平均风速为13.9米/秒。全年≥8级大风日数，中部90天左右，沿海130天左右。影响平潭台风每年3～5次，最多达11次，强度比内陆大，常达40米/秒以上。一年四季几乎都有大风出现。
　　全县各地年降水量在900～1200毫米。全年82%的降水集中在3～9月，其中5～6月梅雨占34%，而10～2月5个月降水量仅占18%。多年平均7～9月降水量约占全年三分之一，分配不均，年际变化大，夏秋旱十分突出。其中连续30天以上无透雨的大夏旱，约占总年数的60%；连续40天以上无透雨的大秋旱，约占总年数的40%。