平潭地质构造以断裂构造为主，属华夏构造体系。
　　在区域构造上，平潭位于武夷—戴云复式隆折带东侧的闽东南沿海变质带，东与台湾海峡沉降带相邻。通过卫星遥感信息处理，认为平潭地质构造背景，属于平潭—东山逆冲—推覆构造带，其基底由前泥盆纪变质岩和印支—燕山早期构造层组成，受燕山早期至晚期大规模构造—岩浆活动的改造，形成以燕山晚期为主的火山构造和断裂构造格局，成为比较完整的以花岗岩为主体的构造块体。
　　根据福建省卫星影像地震构造显示，平潭县处于福建省最大的活动断裂构造带北北东—北东向的长乐—诏安带的东北端。长乐—诏安断裂带的主断裂形迹大致沿闽江口—长乐—福清、惠安、泉州、厦门至漳浦、诏安一线出露，总长度大于350公里，宽度约40公里，总体走向为北北东向。该断裂形成于燕山期，明显控制燕山期花岗岩侵入和火山喷发活动。长乐—诏安带的东侧两条活动断裂穿过海坛岛域内：第一条为平潭县东南—东山县兄弟屿断裂线，位于离大陆30公里，水深40～50米等深线附近的海域，断裂线状界面清晰。第二条为平潭县平原乡—东山县澳角断裂线，切过海湾，是沿海丘陵岛屿链带和平原台地区的界域。平潭北部海域诸岛，又受福建北西向活动的断裂带南平—福州断裂控制，呈条带状排列。
　　除上述的构造线外，其中规模相对较大的区域性断裂有平原—高山断裂及平潭岛东侧的滨海断裂。这些次级断裂均发育在燕山期火山熔岩和花岗岩中，并以近乎平行的方式展布。
　　平原—高山断裂　该断裂出露于平潭岛北部平原，经过海坛海峡至福清高山一带，断裂成群出现，地表可见长度5～10公里，总长达36公里以上。在平原附近可见两条呈北东40度走向断层平行出露，中间被第四纪覆盖，倾向北西，倾角60～80度。该断裂自燕山晚期形成后，还多次发生活动，但在晚更新世时期基本停止活动而进入侵蚀风化作用时期。
　　平潭东侧滨海断裂　该断裂大致沿福建滨海50米等深线分布，总体走向北北东向，倾向南东，倾角较陡，由数条呈雁列式排列的压扭性断裂组成，总长度大于400公里，宽度约12公里。断裂形成于燕山晚期，在喜山期仍有明显活动，至第四纪断裂活动有所减弱。该断裂中南地段，曾多次发生中强地震，说明该断裂是福建沿海最主要的地震断裂。
　　通过对断裂活动产物形成年代鉴定，平潭断裂活动年代以第四纪中更新晚期为主，即大约在距今12～27万年间有过明显活动，至全新世(1.0万年)趋于稳定。