闽江位于东经116°23′～119°35′，北纬25°23′～28°16′之间，是中国东南沿海最大河流，流经38个县、市(含浙江省庆元、龙泉两县)，流域面积60992平方千米，其中福建省境内59922平方千米，约占全省土地面积的一半、人口总数的1/3。闽江上游水力资源丰富，不少河段利于航行，尤其是下游河段，航行之利冠于福建省诸河。
(一)水系与河道
1.上 游
闽江自西向东流入海，主流上源为沙溪的水茜溪，发源于武夷山脉东侧建宁县均口乡台田村严峰山(海拔1016.9米)西南坡。水茜溪源头呈浅凹地形态，宽30～40米，由东北向西南呈阶梯状延伸。源头径流为下降泉，出自第四纪堆积层，水质类型CINa，为中性极软水。流经张家山盆地(海拔850米)后转向南东，河谷展宽，第四纪堆积发育，多已辟为梯田；出张家山盆地，河床沿裂点下切，形成200余米落差；至台四盆谷，流向又转为南西，河谷拓宽，有阶地发育，在北东与北西向两组构造控制下，宽谷与窄谷相间，多呈串珠状；至宁化县城东纳入武义溪转向南东流入九龙溪。闽江正源确定为水茜溪。九龙溪至永安与文川溪汇合称沙溪，流经沙溪口称西溪，到南平双剑潭以下称闽江。由源头至南平双剑潭，闽江主流长度为351千米；若以连江县琯头镇长门作为闽江长度的量算终点，则闽江主流全长为562千米。
沙溪于沙溪口以上流域面积为11793平方千米，占闽江流域面积19.33%，河道平均坡降0.8‰。
闽江在南平双剑潭以上称上游，除沙溪为干流外，还有富屯溪和建溪。
富屯溪在顺昌县城以上分为两支：北支为富屯溪，西支称金溪。在顺昌汇流口以上，金溪长度为253千米，流域面积7201平方千米。富屯溪长度为228千米，流域面积5285平方千米。根据“河源惟远”原则，富屯溪应是金溪支流，但早已公认富屯溪是闽江上游三大河流之一，因此依历史习惯，仍称金溪为富屯溪的支流。富屯溪源(金坑溪源头)位于武夷山脉东南侧邵武市桂林乡巫山村叶竹隘山北坡，但富屯溪主流长度则宜改为以金溪上游的兰溪为源头(即建宁县客坊乡元头村舞雨塘)，到沙溪口全长为310千米，流域面积13733平方千米，占闽江流域面积22.51%，河道平均坡降1.2‰。
建溪上游有崇阳溪、南浦溪、松溪三大支流，其中崇阳溪与南浦溪在建瓯长源汇合后称为建溪。在汇流口以上，南浦溪的长度为199千米，流域面积4018平方千米；崇阳溪的长度为162千米，流域面积5458平方千米。建溪长度应从南浦溪上游海溪源头算起。松溪在建瓯水西(松溪口)汇入建溪，建溪长度又大于松溪。确定南浦溪为建溪的主流，南浦溪源即为建溪溪源，它位于仙霞岭南侧浦城县忠信乡关口村将军山南坡。建溪主流全长295千米，流域面积为16396平方千米，占闽江流域面积26.88%，河道平均坡降0.8‰。
闽江是一条山区性河流，其特点是两岸多高山峡谷，溪流密布，流程短促，河道坡降大，河床岩石裸露，滩多流急，流经山间盆地则形成宽谷，两者相间排列，呈串珠状展布。主流沙溪与富屯溪、建溪在南平汇合，三溪流域面积共计41922平方千米，占全流域的68.7%。
2.中 游
闽江中游是指南平到安仁溪口的峡谷河段。这一段闽江横切鹫峰山—戴云山脉形成峡谷，长达97千米，比降在0.5‰以上，是福建省最长的河曲深切大峡谷。其最大支流是尤溪，其次为古田溪。
尤溪发源于戴云山西北麓(即大田县屏山乡)，源头为屏山溪。红湖至白马寨称均溪，白马寨至尤溪县城关称坂面溪，尤溪县城关以下称尤溪，有文溪、湆头溪等汇入。尤溪自南向北于尤溪口注入闽江，流域面积5436平方千米，河长202千米，河道平均坡降2.0‰。
古田溪位于闽江干流中段北侧，发源于鹫峰山(屏南县岭下乡)，源头称长桥溪，在平湖附近汇入长潭溪后称古田溪，全长123千米，流域面积1794平方千米，河道平均坡降6.6‰，已建成古田、龙亭、高洋、宝湖四级水电站。
中游地段河谷狭窄，滩多水急，不利航行。坡陡加上植被受破坏，在暴雨冲刷下水土流失较为严重。但中游地区水力资源丰富，不仅流量大而且水位落差大，又有不少宜建水库的优良坝址。已建成的水口电站水库，总库容23.4亿立方米，装机容量140万千瓦，年发电量49.5亿度，保证出力26万千瓦，为华东地区最大的水力发电站。水库正常蓄水位为65米(黄海基面)，电站平均水头50米，改善中游河道的航行条件。
3.下 游
安仁溪口到闽江口为下游，下长约113.7千米。河床宽度一般由400米到2000米，河床比降小，在0.1‰以下，河水流速缓慢，沉积作用占优势，河床由中游的岩床转为沙床为主。下游除了几小段峡谷外，大部分属于河漫滩曲流型河流。
安仁溪口至侯官河段长55千米，侯官至长门河段长59千米。闽江在侯官处开始分汊两支：北支穿过福州市区至马尾港称北港；南支绕南台岛南侧，至江口接纳大樟溪后出峡兜至马尾称南港(乌龙江)。南、北港汇合后折向东北，再穿过闽安峡谷(河宽由1.7千米，再次缩窄为0.6千米)至亭江又分两支：南支梅花水道绕琅岐岛南侧至梅花镇入海，主流北支长门其中被岛屿分割为四支，即乌猪水道、熨斗水道、川石水道和壶江水道分流入海；其中川石水道为主航道。闽江口是一个陆相强潮河口，潮汐为正规半日潮型，平均潮差4.1米(琯头)；潮汐沿江上溯逐渐衰减，潮区界可抵侯官(距长门59千米)，潮流界北港可抵洪山桥(距长门51千米)。
大樟溪在闽江干流南侧，发源于戴云山(德化县赤水乡)，源头为国宝溪。德化至南埕称浐溪，南埕以下称大樟溪，有后亭溪、潼关溪等汇入；至闽侯县江口注入闽江下游南港，大樟溪流域面积4843平方千米，河长234千米，河道平均坡降2.1‰。
(二)地表径流与泥沙
1.径流的空间分布
闽江流域多年平均年径流深变化在500～1900毫米之间，一般是随着流域高程的增加而增大，年径流深高值区都分布在河源地带。全流域大体上有两个高值区：一是闽北高值区，多年平均年径流深大于1100毫米，以光泽、武夷山为中心，主要受武夷山脉影响，在武夷主峰附近，平均年径流深可达1962毫米，为全流域最高值；二是闽中高值区(仅少部分在流域内)，多年平均年径流深大于1000毫米，以仙游、德化为中心，主要受戴云山脉的影响，在本流域内的最大值为1300～1400毫米。全流域多年平均径流深的分布，呈现两起两伏，与地势相一致。两大山带的迎风坡是本流域径流最丰富的地区；两大山带之间的山间盆谷地是径流的中值区，其多年平均径流深在800～900毫米；河口平原沿海是径流的低值区，其多年平均径流深大部分都小于700毫米。
闽江干流竹岐水文站(控制面积54500平方千米)50年(1936～1985年)实测资料统计，最大年径流量842亿立方米(1937年)，最小年径流量268亿立方米(1971年)，平均年径流量为561亿立方米。大樟溪永泰水文站(控制大樟溪流域面积4032平方千米)34年(1951～1985年)实测平均年径流量为48亿立方米。闽江口未控区(面积2460平方千米)平均年径流量约为11亿立方米。因此，闽江多年平均径流量为620亿立方米。
竹岐站实测最小洪峰流量为9530立方米/秒(1945年)，实测最大洪峰流量为30300立方米/秒(1992年)，实测最大一日洪量23.4亿立方米，最大三日洪量为58.2亿立方米。竹岐站洪峰流量均值为17800立方米/秒。
竹岐站历年最小年径流量为268亿立方米，平均流量为850立方米/秒。最小日平均流量为200立方米/秒，实测最小流量为196立方米/秒(1971年8月30日)。最小10日平均流量为256立方米/秒。
2.径流的时间分布
在全流域同步期年径流量系列中，最大值为1975年的896亿立方米，次大值为1973年的853亿立方米；最小值为1971年的314亿立方米，次小值为1963年的358亿立方米。根据各站实测资料，最大年径流量与最小年径流量之比，一般为2.3～4.0倍。年径流变差系数为0.30，各分区CV值变化在0.26～0.33之间，沙溪流域最大为0.33，大樟溪流域最小，为0.26。
径流量年内分配不均匀，汛期(4～9月)多年平均径流量占年径流量的71%～80%，枯季(10月至翌年3月)多年平均径流量只占年径流量的20%～29%。四季分配情况：春季占35.7%，夏季占40.8%，秋季占13.4%，冬季占10.1%。最大3个月为5～7月，占50.9%，最大水月份为6月，占22.6%，最小水月份为1月，占2.8%，最大月份与最小月份之比为8.07。闽江竹岐站断面来水主要依靠上游三大溪，占全流域71.1%。竹岐站反映情况与上游大体相符。仅是三大溪最大水3个月提前为4～6月，所占比例提高到52%～53%。
闽江下游支流大樟溪流量的季节变化是春水多于秋水，秋水占全年的18.1%(闽江主流和上游支流均在15%以下)。大水月5～7月占48.1%，而春季为29.7%，夏季为44.6%，秋季为18.1%，冬季为7.6%。最大水3个月5～7月占48.1%，最大月份为6月占20.6%，最小月为12月占1.9%，最大水月与最小月份之比为10∶55。
山区河流与沿海河流对比，山区河流春季水量比例大，秋季比例小，冬季又稍大。沿海河流由于受台风雨影响最大，洪峰流量有时出现在9月，最大水3个月出现时间，有从山区逐步向沿海推迟的趋势。
3.潮 汐
闽江口为半日潮区，属于强潮河口。枯水期大潮的潮区界可抵侯官，一般的只到北港观音亭和南港的科贡，潮流界可抵洪山桥。闽江口潮型为正规半日潮，最大潮差达7.04米，平均潮差大于4米。潮波沿河上溯，潮差不断减少，径流影响增强，落潮历时不断加长。白岩潭(马尾)以上河段历史最高水位是由洪水造成的，白岩潭及以下河段历史最高水位是由台风暴潮造成的。1969年9月27日第8号强台风在晋江登陆。台风引起的增水：梅花1.6米，琯头1.5米，白岩潭1.5米。
枯水期魁岐以下以潮流为主，中水期竹岐流量4060～6990立方米/秒，魁岐已无涨潮流，洪水期竹岐流量大于8000立方米/秒，马江便无涨潮流。闽江口段潮流为往复流，流向大致与河岸平行。平均潮流周期为12小时29分，涨潮流历时5小时20分，落潮流历时7小时9分钟。
4.泥 沙
全流域多年平均含沙量为0.138公斤/立方米(1956～1985年)，枯水期一般河水清澈。沙溪含沙量0.13公斤/立方米，富屯溪0.072公斤/立方米，建溪0.11公斤/立方米，尤溪0.28公斤/立方米，大樟溪0.14公斤/立方米。全流域含沙量最小是建溪洪尾站，多年平均含沙量为0.054公斤/立方米，最大为梅溪潭口站，多年平均含沙量0.315公斤/立方米。竹岐站多年平均输沙量233公斤/秒，年输沙量735万吨，平均输沙模数136吨/平方千米。最大年输沙量为2000万吨(1962年)，最小年输沙量为272万吨(1971年)。全年输沙主要集中在汛期5～7月，这期间来水量占全年来水量的51%，来沙量却占全年输沙总量的76%。1952年7月17～23日发生洪水期间，输沙量为446万吨，占该年输水量1070万吨的41%。枯水期10月至第二年2月5个月来水量占全年来水量的14%，来沙量只占全年的4.2%。
(三)水质与河口盐度
闽江水质属于低矿化度地表水，以重碳酸盐类水为主，总硬度低，为极软水区。据《全国河流水化学分区》，本流域属于“潮湿区”，多年平均年降水量大于1700毫米，含沙量变化范围在0.05～0.32公斤/立方米，离子总量小于100毫克/升，硬度小于2.5度，pH值为6.0～7.0，水的类型为［CIca］型。
闽江水体污染来源于工业废水，生活和医疗污水以及农药化肥的使用，而以工业废水为主，约占废水总量的70%。各河段情况如下：
1.沙溪渔潭、清流和永安(上)断面水质较好，属Ⅱ、Ⅲ类水质；永安断面由于受到永安维尼纶厂等污染，水质急剧恶化，其中BOD5超标1.5倍，CODMn超标0.6倍，属Ⅴ类水质；下游数千米兴平断面水质较好，属Ⅲ类水质；三明断面受到三明市部分工厂污染，非离子氨超标1.9倍，属Ⅳ类水质；沙县断面受到三明和沙县部分工厂废水污染，非离子氨超标1.9倍，属Ⅳ类水质；沙县断面受到三明和沙县部分工厂废水污染，挥发酚超标1.4倍，属Ⅴ类水质；青州断面主要受青州造纸厂污染，溶解氧、亚硝酸盐氮超标，属Ⅳ类水质。
2.建溪武夷山、武夷宫、建阳、浦城断面水质受轻度污染，属Ⅱ、Ⅲ类水质；而松溪、七里街、南平水东大桥断面，主要受到上游城镇造纸业等污染，挥发酚偏大，属Ⅳ类水质。
3.富屯溪将乐、邵武(上)断面水质较好，属Ⅱ类水质；邵武(下)断面受到邵武造纸厂等污染，挥发酚超标3.4倍，属Ⅴ类水质；洋口和西溪南平水南大桥断面，因受上游造纸业污染，挥发酚偏大，属Ⅳ类水质。
4.大樟溪风洋、永泰断面受到轻度污染，属Ⅱ、Ⅲ类水质。
5.闽江干流十里庵、闽清下浦、竹岐、文山里和福州解放大桥断面，都受到不同程度污染，由于河段水量大，水质还比较好，属Ⅱ、Ⅲ水质；福州鳌峰洲断面，由于受到福州市造纸、化工等行业以及生活污水污染，挥发酚超标0.8倍、属Ⅳ类水质；魁岐、马尾断面水质较好，属Ⅲ类水质。
闽江口区是咸淡水交汇部位，河口区的盐度随径流、潮流相互消长而变化。洪水期(径流量4942立方米/秒)大潮高潮憩流时，长门以外表层盐度为6.2‰～14.5‰，中、底层盐度15.1‰～27.6‰；长门以内盐度向上游沿程递减，琯头英屿断面以上河段盐度小于2‰。洪水期大潮低潮憩流时从表层到底层均被淡水所占据，各站盐度均小于1.2‰。枯水期(径流量360立方米/秒)高盐度海水从长门水道、梅花水道涌入。大潮高潮憩流时表层盐度熨斗水道最高达28.7‰，亭江断面达8.5‰；中、底层熨斗水道达30‰，亭江断面达11.9‰；涨潮时2‰盐度等值线侵入亭江以上河段，马尾罗星塔断面表层盐度达2.61‰，底层盐度最高达3.2‰(1986年10月20日枯水大潮)。枯水期，大潮低潮憩流受洪水影响，盐度比高潮时低得多，表层及中、底层盐度变化在1.0‰～14.3‰之间，2‰盐度等值线可退到亭江以下河段。
(四)水力资源与水利建设
闽江流域(省境内)水能理论蕴藏量为631.69万千瓦，占全省理论蕴藏量的60.3%。理论蕴藏量在1万千瓦以上的支流62条。装机容量500千瓦以上可开发的水电站址566处，可能开发的装机容量462.71万千瓦，年发电量205.82亿度，占全省可开发资源的65.7%。目前已建成的古田溪梯级开发4个电站，总装机容量25.9万千瓦，沙溪口电站装机容量30万千瓦，华东最大的水口电站，总装机容量140万千瓦。
中华人民共和国成立以来，闽江流域内兴建了许多水利工程。目前全流域有效灌溉面积38.6万公顷，其中保灌面积31.6万公顷，占总耕地面积56.8%。闽江下游修建江海堤防160多千米，保护耕地2.2万公顷，人口105万人。
目前干支流通航里程1940千米，占干支流总长2600千米的74.6%。位于闽江河口段的马尾港及新港区，可停泊万吨轮船，是福建省对外贸易的重要港口。