金溪(鸡)港：位于丰州，是晋江流域入海处的深水港，港区方圆近1平方公里，水深8～12米。宋元时代为泉州对外通商通航的重要港口，是往返船舶的停泊地和起航点。九日山现存宋代祈风石刻10多处，记述当时海船祈风盛况。清至民国时期设“驿运站”，是水陆物资转运港，曾建石台阶码头(已废)。中华人民共和国成立后，仍是东西溪和金鸡航区及晋江县大量舢舶的停泊地。金鸡拦河水闸建成后，船舶停泊减少。
　　洪濑港：位于东溪中游，靠近洪濑街，早年水深6～8米，船运方便。明代，洪濑设市，市场兴盛，水运繁忙。清至民国期间设“驿运站”，是东西溪各类船舶及物资的转运地。民国20年(1931)陈国辉倡建洪濑大桥，同时在金狮宫口建条石码头一座。中华人民共和国成立后，对航道进行整治，1956年在主航道处建钢筋混凝土泊位码头一座，台高6米长50米，取代金狮宫口的码头。1965年又在“来舟宫”口建石台阶码头一座，后来由于建拦河坝，船运减少，现已无船停泊。
　　土皮芸港：位于东溪上游，在码头镇鹅角髻山下，是诗溪流入东溪冲成的深港，水深20米，呈天蓝色，故又名土皮芸潭，方圆可同时停泊溪船百艘。民国以前是南安北部通永春、安溪驿运的转运点。民国时期，陈国辉令商户在该处建造客货船钢筋混凝土小码头一座。
　　英溪港(也称大宇港)：位于仑苍镇英溪流入西溪的汇合处，形成宽300米、深6～8米的小湖泊。其汇合处的四边溪岸，一直被利用为天然码头，是英溪及西溪上游的“湖头尖舶”常年运接货物处。民国以前为大宇驿站的转运点，现尚有船舶靠泊装卸。
　　溪美港：在县城南安大桥下，处于西溪中游兰溪流入处，港中称“石鼻潭”，水深20多米，是西溪各种船舶的停泊地，民国以前是驿运站的转运点。民国25年(1936)南安县治迁到溪美后，港区船运繁荣，溪美井脚街居民组织码头工人，利用天然石岸装卸货称。中华人民共和国成立后，县人民政府拨款建钢筋混凝土台阶码头一座，可同时停靠船舶三艘。1960年县运输公司在旧南安大桥下侧又建混凝土条石码头一座，安装人工装卸吊杆2台。该码头地址现已建为民房，只有钢筋混凝土台阶码头尚在使用。
　　水头港：在水头镇安平桥下，清嘉庆年间，南安知县盛本号召居民辟埭挖泥沙，引潮入港泊海船，并重修港边石隘门，镌“水国安澜”四字。该港外通石井港，内接安海港，是南安海陆物资转运点和通海港口。民国期间，水头街商户“东南街”建造一简易码头，中华人民共和国成立后，水头搬运工会曾数次重修简易码头。1958年2月旅菲侨胞吕达民捐资在安平桥下建一座条石混凝土结构立体式码头，长73米，台高5米，可泊100吨位轮船2艘。1965年10月水头搬运社投资修建，码头延伸至146米，可泊200吨位轮船4艘。1975年8月在码头设置4吨级电动吊杆4台。
　　莲河港(俗称莲河沃)：位于南安县南端海域，面积1平方公里，水深9.5米，无风险，利于船舶停靠。民国21年(1932)陈国辉在此建条石混凝土结构码头一座，300吨位货船及500人客轮可停靠，同时修筑一条宽4.5米长350米的码头公路。1966年晋江专署拨款修建莲河和大　2座花岗石码头，大　码头伸海长150米，宽3.5米，高3.7米，莲河码头长250米，宽3.6米，高3米。1971年，大　及莲河码头归属同安县，但港航管理仍属南安石井港务中心站。
　　石井港：在南安石井镇，东与晋江东石、南与金门相望。宋置“巡检司”，明建“靖海寨”，是泉州对外通航的重要港口。明末，郑成功在石井“望金(门)山”下，开挖方圆百丈可容船数十的深水避风港，筑简易码头。船舶可随时停靠。民国21年(1932)陈国辉在“五马朝江”处建造钢筋混凝土立式码头一座，东南两面总长150米，高6米，可泊500吨位货船及500人客轮四艘。抗日战争期间被日机炸毁大半。中华人民共和国成立后，人民政府曾发动石井船民投工修复。1984年南安县政协部分委员考察石井港，并向县人代会提议建设石井港。同年，县水产局在原码头基础上扩建一座条石、混凝土结构渔业码头，长100米、高7米。1986年4月，县政府成立石井港工程建设指挥部，筹建千吨级泊位码头，总投资760万元，由国家交通部、省交通厅、南安县政府共同分担，主体工程于1988年底竣工。码头为工字形空心方块重力式混凝土结构，填筑形成陆域18000平方米，其上建货物堆场4800平方米、货物仓库1900平方米，年吞吐能力为12～15万吨。主要装卸设备有16吨轮胎吊杆1台，3及5吨叉式装车机各1台。