三明市河流受地形起伏影响，具有以下特点：(1)流程短，切割较深，比降大，河床裂点多。(2)水流湍急，多峡谷险滩。(3)含沙量少。河流自然落差多在万分之五以上，如沙溪干流平均坡度为0.8%。河谷多为盆地，峡谷相间的串珠状排列，其形状多数为“V”型谷，少数为“U”型谷。河流中、上游多险滩急流。《福建通志·渠志》载：“沙溪……，其水滩碛甚多，内有梦龙、伤龙、安龙、三龙、长龙、马龙、三吾龙、五日龙等滩”，“沙源水水势悬峻，声殷如雷，险戏如龙门过”，即是对沙溪中、上游深切河谷的真实写照。下游略宽广，间有心滩和沙洲。
各水系均以天然降水补给为主，地下水补给为辅。
(一)闽江水系
1.沙 溪
沙溪是闽江上游三大溪河之一，沙溪发源于建宁县均口乡严峰山南麓，向南经宁化、清流、永安、三明、沙县至南平市沙溪口与富屯溪汇合，注入闽江。沙溪是三明市主要河流之一，在三明市境内流域面积1.18万平方公里，干流总长322公里。通常将贡川镇以上河段称九龙溪，贡川镇以下河段称为沙溪。
九龙溪 因其中游有著名的九龙十八滩而得名。其源头河——水茜溪发源于建宁县严峰山南麓，向南流至建宁县溪口与泉湖溪汇合后称东溪，后向西南流至宁化县合水口与西溪汇合后称九龙溪。九龙溪自合水口向东南流经鱼龙、横锁、肖家、南岐、东华、嵩口、沙芜、安砂、燕江镇，折向东北流至贡川镇，长约209公里，其中自源头至合水口长约59.8公里。通常将清流沙芜以上河段称为九龙溪上游，其中宁化翠城—肖家河段称翠江，清流县峰头—嵩口河段称龙津河，沙芜至永安安砂为九龙溪中游。1970年，在九龙口筑坝修建安砂水库，该河段现为安砂水库库区；安砂以下至贡川镇为下游，其中燕江镇西门—兴平河段又称燕江。
沙溪 自贡川镇向北流经黄沙口、莘口镇、三明市区、洋口仔、凤岗镇、高砂、青州镇至南平沙溪口，注入闽江。干流在三明市区内长约113公里。河床自然落差约50米，沿途多滩碛、沙洲。南宋时李纲曾以太史贬官谪居沙县，故三明市区、沙溪河段古称太史溪。
沙溪两岸支流甚多，其中河流长度在10公里以上的主要支流有：
泉湖溪 发源于宁化县泉上乡联群，经泉上、泉永、店上至溪口入东溪，长约56.8公里。
中沙溪 发源于宁化县河龙乡仙脑山麓，经河龙、下伊、沙坪、楼家、中沙、下沙、廖家、饭罗墩汇入东溪，长22.8公里。
西溪 发源于宁化县禾口枫树排之大小漈，经江口、南田、石壁、禾口、翠城至合水口注入九龙溪，长42.5公里。
嵩溪溪 发源于清流县林畲乡黄连地，经嵩溪至嵩口汇入九龙溪，长约34公里。
罗口溪 发源于长汀县童坊乡林屋，流经连城县北团镇、清流县的灵地镇至田源乡田口村注入安砂库区。三明市境内河道干流长约48公里。
文昌溪 发源于清流县赖坊寨下塘，流入安砂库区，长16公里。
罗坊溪 发源于永安市罗坊高畲，经溪源、罗坊、吴坊、桥头汇入九龙溪，长20.5公里。其支流有丰山源、横溪、左拔溪、垅安坑溪。
罗峰溪 发源于明溪县胡坊乡，流经清流县林畲、莒林至曹田注入九龙溪，长21公里。
拔溪 发源于永安市安砂罗岗，经石碧、小江坊、曹田注入九龙溪，长14.9公里。
小苔溪 发源于永安市罗坊乡上半村，经苔茹至马枯岭流入九龙溪，长28.8公里。
文川溪 发源于连城县曲溪乡，经永安市小陶至燕江镇的吉山叉溪口汇入九龙溪，长约68公里。
南溪 发源于永安市西洋坑，沿途纳岭头、吉岭、内炉、小螺、蚌口、桂溪、洛溪、永浆等小溪，至永安市区下桥尾注入九龙溪，长31.4公里。
后溪 发源于永安市上坪乡，沿途纳大家坊、小梅、漈下三条小溪，至龟山入九龙溪，长16.2公里。
益溪 发源于永安市大湖乡李坊，经吴坊、魏坊、上甲、坂头、百叶车、益溪、飞桥至益口入九龙溪，长28.5公里。
胡贡溪 发源于明溪县胡坊乡，经永安市大湖、新洋、新冲，至贡川镇会清桥注入沙溪，长26.8公里。
溪源溪 发源于明溪县秋竹岭，流经三元区增坊、星桥、楼源，至溪口注入沙溪。主河道长34公里，其支流有田沙溪。
黄沙溪 发源于明溪县五顶嶂，流经雪峰、沙溪、三元区吉口、岩前，至黄沙口注入沙溪，长82.5公里。自源头至明溪县瑶奢河段又叫渔塘溪。主要支流有夏阳溪、瀚仙溪、田丰垄溪。
薯沙溪 又叫上坪溪，发源于永安市十八
，流经莘口镇的后溪、沙阳至莘口镇汇入沙溪，长23公里。台溪 发源于明溪县紫云台，经台溪台镜头汇入沙溪，长23公里。
东牙溪 发源于大田县时大峰，经三元区中村、富兴堡入沙溪，长24.7公里。
碧溪 发源于明溪县黄连地，流经碧溪、陈大，至碧口注入沙溪，长23公里。
洋溪 发源于梅列区洋溪乡吕峰，至洋口仔注入沙溪，长10公里。
垄东溪 发源于沙县垄东岩山寨，经垄东、水尾汇入沙溪，长10公里。
洛溪 发源于尤溪县黄山头，至洛溪桥注入沙溪，长41.7公里。
洛阳溪 发源于沙县罗岩，经琅口注入沙溪，长22公里。
沙县东溪 发源于沙县夏茂镇，经水头、官庄、漈口注入沙溪，长60公里。主要支流有佑溪、高桥溪、西霞溪等。
鸬鹚溪 发源于沙县西霞乡莲花山，至高砂乡龙慈村鸬口坑注入沙溪，长10公里。
玉溪 发源于沙县百丈漈，经玉口桥注入沙溪，长10公里。
高溪 发源于沙县高溪，至高砂迎仙桥注入沙溪，长12公里。
杨溪 发源于沙县天湖山，经下洋口仔注入沙溪，长15公里。
渔溪 发源于沙县上柳源，经渔溪湾桥注入沙溪，长10公里。
筼筜溪 发源于沙县郑湖乡黄洋溪，至马铺桥注入沙溪，长20公里。
涌溪 发源于沙县天湖山，经涌溪桥注入沙溪，长10公里。
澄江楼溪 发源于沙县郑湖乡上洋村，经青州镇流至澄江楼注入沙溪，长30公里。
洽湖溪 发源于沙县高桥乡正地村，流经潩洲至洽湖桥注入沙溪，长约15公里。
2.金 溪
因上游产砂金而得名，属三明市第二大河流，也是闽江上游富屯溪重要的支流之一。其源头有二：一为宁溪，发源于宁化县安远乡武夷山麓；二是澜溪，发源于建宁县客坊乡中畲，自源头至沙洲河段称都溪，沙洲至合水口河段称为澜溪。二溪自合水口汇合后始为金溪。金溪自合水口向东北经濉城镇、器村、袁庄入泰宁县，后流经茅店、池潭(水库)、杉城镇、八里桥，将乐县的万全、黄潭、蛟湖、城关、高唐至顺昌县注入富屯溪。在三明市境内河道长245公里，流域面积约6920平方公里。习惯上将建宁县濉城镇以下金溪河段称为濉溪。
主要支流有：
里沙溪 发源于建宁县里心乡武夷山麓，经里心至沙洲汇入都溪，长34.6公里。
桂阳溪 发源于建宁县客坊乡九龙头峰，流经桂阳、贤河、石舍注入都溪，长约20公里。
伊家溪 发源于建宁县伊家乡隘上，经伊家至罗坊注入澜溪，长约10公里。
富田溪 发源于建宁县溪口乡狐狸隘、百丈隘，经兰陂水库、溪枫、杨林、枧头，注入濉溪，长34公里。杨林以上河段亦叫黄溪。
开山溪 发源于建宁县朝风隘珠坊，经紫岭、安寅、马源、桐源，注入濉溪，长约21.8公里。
黄坊溪 发源于黄桑畲、茶庵隘、马头峰、薯岭、坊家寮、石排、饶家源和高坊多条小溪流，先后于上龚家、黄坊、仍田、横口汇为黄坊溪，流经武调、洋源，纳九流磜、樟溪、稠坪之水，流至小溪口注入濉溪。流域面积187.8平方公里，河道长35.5公里。
楚溪 发源于建宁县溪源乡叶竹隘山麓，经梨树丘、溪源、泰宁县大田、谙下，注入池潭水库，长66.4公里。楚溪在泰宁县境内又叫大田溪。支流有大田西溪、料坊溪等。
杉溪 由朱溪、北溪、黄溪于杉城汇合而为杉溪，经南会、水漈注入池潭水库，长约24.8公里。朱溪源头有二：一为龙湖溪，发源于邵武道峰山，经游源、龙湖、官田至交胜，在三明市境内河道长29.2公里；二为交溪，发源于邵武市大埠岗加洲，经黄厝、神下、渠高、洋发至交胜，在三明境内河道长24.5公里。两溪于泰宁县交胜汇合为朱溪，经梅林、朱口、音山于杉城东入杉溪，长21公里。北溪发源于泰宁县新桥乡茶花隘，经大源、新桥、丘洪、梅桥入杉溪，长37公里。黄溪发源于将乐县隆兴、洋源，经东石、八里桥入杉溪，长21.5公里。黄溪在将乐县境内河段称梅溪。
大渠溪 发源于泰宁县宝阁峰和将乐县张源，经上渠、下渠、渠口、大湖、拥坑、梅口(旧洋地)入金溪，长46公里。
仁寿溪 发源于泰宁县下渠乡王坑，经大坑、云内坊入池潭水库，长18公里。
大布溪 发源于建宁县官常，经泰宁县双坪、大布入池潭水库，长33.5公里。
开善溪 发源于泰宁县九峰山，经余源、余上、儒仿、洋坑至将乐县竹丹入金溪，长17公里。
盖洋溪 发源于明溪县雪峰镇沙坑寨，流经画桥、盖洋、楼前、水口隘、泰宁县角溪、狮子岩，入池潭水库，长63.1公里。主要支流为枫溪、夏坊溪、温庄溪、城岗溪。
常溪 发源于将乐县万全乡圣水岩，经陇源、阳源、常安入金溪，长27公里。
将溪 发源于将乐县龙栖山南麓，经马带、将溪入金溪，长33公里。
漠口溪 发源于将乐县九峰山，经上峰、漠口入金溪，长约12公里。
龙池溪 发源于将乐县光明乡，经永吉、张公、城关入金溪，长30公里。
安福口溪 发源于将乐县安仁乡羊角峰，经大源、万安、积善入金溪，长50公里。其中自源头—大源河段又叫石帆溪。
赖地溪 发源于将乐县高唐乡陈地，经廖坊、赖地、赖口入金溪，长15公里。
常口溪 发源于将乐县高唐乡常源，经村尾、常口入金溪，长10公里。
漠村溪 亦叫漠源溪，发源于将乐县漠源乡，经坑口、漠源、下村入金溪，长25公里。
池湖溪 亦叫白莲溪，发源于将乐县白莲乡铜岭，经白莲、上仰、温坊、南口入金溪，长40公里。主要支流为水口溪。
3.尤 溪
尤溪别称沈溪，是闽江中游的一级支流。其上游有二：一为均溪，发源于大田县南部，由屏山溪、武陵溪、小湖溪于石牌汇合后向北流经大田县城关(岩城)、京口、嵩才、尤溪县街面、下尾村，长49公里；二是文江溪，发源于永安市青水乡南部山间，流经槐南，大田县文江、德州、沧州至尤溪县下尾村，长70公里(文江溪在尤溪县境内河段又叫赤目溪)。均溪、文江溪在下尾村汇合后始称尤溪。尤溪由南向东北流经坂面、沈城、梅仙、西滨和尤溪口，注入闽江，长171公里，流域面积5436平方公里。
主要支流有：
和平溪 发源于德化县境内戴云山西麓，流经大田县大儒、京口入均溪，长27公里。红坑—石头坑河段为大田、德化两县界河。和平溪支流有仙峰溪、美阳溪。
铭溪 发源于大田县斗峰，北洋崎东麓，经东景、铭溪入文江溪，长17.5公里。
广平溪 发源于大田县龙宫岬、铁钉岩，经万宅、丰庄、广平入文江溪，长12.5公里。
朱坂溪 发源于大田县上京镇上平，经太华乡上坂、龙潭、琼口、朱坂入文江溪，长46公里。
新桥溪 发源于尤溪县管前东上村，经上地、池田、下桥、夏阳、中洋村入文江溪，长15公里。
清溪 发源于尤溪县中仙乡牛角岩，经小坂面、清溪、下川入尤溪，长38公里。
青印溪 发源于尤溪县八字桥乡玳瑁山北麓，经坑头、八字桥、洪田、柳塘水库、湆头、团结、沈城入尤溪，长55公里。团结乡大坪以上河段又叫湆头溪。主要支流为西溪口溪、管前溪、文峰溪、东村溪、七尺溪。
吉木溪 发源于尤溪县联合乡莲花山，经联合、吉木入尤溪，长16公里。
华兰溪 发源于尤溪县汤川乡北山岩，流经光明、下井、黄林、安阳、华兰、雍口入尤溪，长32公里。主要支流有纲纪溪、后楼溪、汤川溪。
际后溪 发源于尤溪县西滨乡彩城，经厚丰、际后、西洋入尤溪，长14公里。
古迹口溪 发源于德化县十八灶，经古迹口入尤溪，长11公里。
京口溪 发源于尤溪县坂面乡棋盘顶、九阜山，经京口、坂面入尤溪，长18公里。
4.洋中溪
洋中溪是闽江一级支流，发源于尤溪县汤川乡上洋，经溪滨、后庄、漈下、洋中、漈口至南平市樟湖坂、溪口入闽江，长32公里。支流有桂峰溪、洪坑溪、山重溪、西碧溪、自漈溪。
5.高洲溪
高洲溪为闽江一级支流，发源于尤溪县汤川乡山岭，经山兜、溪尾、上塘至古田县湾口入闽江。在三明市境内河道长24公里。
6.大樟溪
大樟溪是闽江下游主要支流之一。它发源于尤溪县汤川乡珠峰，经珠建、吉安、岭下、华仙入永泰县。在三明市境内河道长约24公里。
(二)其它水系
1.属于韩江水系的河流
下坪溪 又称奄香溪，发源于宁化县治平乡赖家山，经下坪、扬屋流入汀江，是韩江的上游。在三明市境内河道长约15公里。
叶公岭溪 发源于宁化县治平乡田畲、杨梅岭，流经北坑、叶公岭出境。
2.属于九龙江水系的河流
冷水溪 发源于永安市小陶乡吴地，经张家山、上长坂、下长坂入漳平县石寮溪。在永安市境内河道长约15.5公里。
桃源溪 发源于大田县桃源乡，由高星、桂洋、上车坂等6条小溪汇合后，经桃源、赤头坂入漳平县。在大田县境内河道长41.5公里。
上京溪 发源于大田县上京，经溪尾、丰田电站入漳平县新桥溪。
梅溪 发源于大田县上京，流入漳平新桥溪。
3.属于赣江水系的河流
横江 横江是江西省赣江支流琴江的上游。它发源于宁化县泗溪，经桥下水库、小朱坊，沿武夷山流入琴江。在三明市境内河道长约20公里。
米子迳溪 发源于宁化县淮土塘家山，经米子迳出宁化县边界入横江。